PDB-5sh1: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sh1

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 5-methyl-2-phenyl-4-(2-quinolin-8-yloxyethyl)-1,3-oxazole

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Binggeli, A. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sh1.cif.gz	276.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sh1.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5sh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5sh1	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.514, 135.514, 235.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IZW / 8-[2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)ethoxy]quinoline 分子量: 330.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→43.75 Å / Num. obs: 81908 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.224 % / B_iso Wilson estimate: 41.868 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 0.855 / Net I/σ(I): 12.45 / Num. measured all: 427877 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	5.261	1.415	1.31	32090	6099	6100	0.448	1.573	100
2.26-2.32	5.069	1.095	1.65	29719	5864	5863	0.577	1.223	100
2.32-2.39	5.055	0.886	2.05	29023	5743	5742	0.66	0.99	100
2.39-2.46	5.349	0.715	2.63	30032	5625	5615	0.77	0.793	99.8
2.46-2.54	5.413	0.587	3.22	29146	5384	5384	0.839	0.65	100
2.54-2.63	5.378	0.447	4.22	28021	5211	5210	0.891	0.495	100
2.63-2.73	5.289	0.355	5.23	26720	5053	5052	0.925	0.394	100
2.73-2.84	5.054	0.294	6.1	24801	4908	4907	0.946	0.329	100
2.84-2.97	5.152	0.225	7.85	23832	4630	4626	0.97	0.25	99.9
2.97-3.11	5.456	0.174	10.32	24192	4436	4434	0.983	0.192	100
3.11-3.28	5.382	0.124	13.62	22753	4230	4228	0.99	0.137	100
3.28-3.48	5.296	0.089	18.17	21432	4047	4047	0.994	0.099	100
3.48-3.72	4.97	0.066	22.56	18542	3731	3731	0.996	0.074	100
3.72-4.02	5.156	0.054	27.37	18083	3510	3507	0.997	0.06	99.9
4.02-4.4	5.316	0.045	32.01	17127	3223	3222	0.998	0.05	100
4.4-4.92	5.197	0.039	35.36	15139	2914	2913	0.998	0.043	100
4.92-5.68	4.853	0.04	33.48	12515	2581	2579	0.998	0.044	99.9
5.68-6.96	5.323	0.04	34.74	11536	2167	2167	0.998	0.044	100
6.96-9.84	5.142	0.028	43.88	8582	1678	1669	0.999	0.031	99.5
9.84-43.75	5.035	0.025	49.84	4592	921	912	0.999	0.028	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.2→43.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 7.05 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: at least three different conformations of ligand supported by electron density;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2313	3940	5 %	RANDOM
R_work	0.1862	-	-	-
obs	0.1884	75206	96.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.08 Å² / B_iso mean: 36.905 Å² / B_iso min: 13.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0.02 Å²	-0 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→43.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	108	584	10844
B_iso mean	-	-	50.67	38.38	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10552
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.421	1.655	14285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.298	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.732	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.952	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.335	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.183	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.422	3.766	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.418	3.764	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.635	5.639	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	295	-
R_work	0.334	5207	-
all	-	5502	-
obs	-	-	90.43 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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