PDB-5sfz: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sfz

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1-[2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)ethyl]-3-(2-phenylpyrazol-3-yl)urea

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Koerner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sfz.cif.gz	274.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sfz.ent.gz	221.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sfz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sfz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sfz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5sfz_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	5sfz_validation.cif.gz	70.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/5sfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/5sfz	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.195, 135.195, 234.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IV0 / N-[2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)ethyl]-N'-(1-phenyl-1H-pyrazol-5-yl)urea 分子量: 387.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₁N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.16→43.49 Å / Num. obs: 85791 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.416 % / B_iso Wilson estimate: 43.297 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 0.865 / Net I/σ(I): 10.67 / Num. measured all: 378894 / Scaling rejects: 33

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.16-2.22	4.331	1.073	1.37	27626	6379	6378	0.444	1.225	100
2.22-2.28	4.317	0.998	1.55	26608	6171	6163	0.497	1.142	99.9
2.28-2.34	4.389	0.71	2.06	26327	6000	5998	0.68	0.809	100
2.34-2.41	4.41	0.596	2.46	25852	5865	5862	0.761	0.68	99.9
2.41-2.49	4.423	0.504	2.93	25073	5669	5669	0.811	0.574	100
2.49-2.58	4.426	0.389	3.79	24185	5465	5464	0.873	0.442	100
2.58-2.68	4.432	0.304	4.81	23521	5309	5307	0.912	0.346	100
2.68-2.79	4.439	0.259	5.7	22534	5078	5076	0.934	0.295	100
2.79-2.91	4.45	0.199	7.19	21880	4918	4917	0.967	0.227	100
2.91-3.05	4.461	0.16	8.98	20673	4635	4634	0.976	0.182	100
3.05-3.22	4.466	0.121	11.68	19841	4445	4443	0.987	0.138	100
3.22-3.42	4.445	0.089	15.37	18535	4171	4170	0.993	0.101	100
3.42-3.65	4.424	0.069	19.53	17555	3977	3968	0.995	0.079	99.8
3.65-3.94	4.392	0.057	22.97	16129	3681	3672	0.996	0.065	99.8
3.94-4.32	4.427	0.048	26.5	14781	3341	3339	0.997	0.055	99.9
4.32-4.83	4.444	0.042	29.53	13649	3072	3071	0.998	0.047	100
4.83-5.58	4.457	0.041	29.14	11980	2689	2688	0.998	0.046	100
5.58-6.83	4.486	0.04	28.63	10142	2264	2261	0.998	0.046	99.9
6.83-9.66	4.467	0.029	36.01	7911	1772	1771	0.999	0.033	99.9
9.66-43.49	4.353	0.025	40.13	4092	961	940	0.999	0.029	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.16→43.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.948 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ligand not fully occupied, use molecule A for modelling;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2349	4112	5 %	RANDOM
R_work	0.1905	-	-	-
obs	0.1927	78338	96.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.75 Å² / B_iso mean: 39.198 Å² / B_iso min: 19.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0.24 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→43.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10148	0	124	504	10776
B_iso mean	-	-	70.77	38.84	-
残基数	-	-	-	-	1250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10568
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.417	1.657	14307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.297	1.569	22285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.737	5	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.143	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.518	15	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.95	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.407	4.034	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.405	4.033	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.524	6.041	6253

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	313	-
R_work	0.339	5422	-
all	-	5735	-
obs	-	-	90.06 %

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