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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sbu | ||||||
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タイトル | CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z839988838 | ||||||
要素 | CD44 antigen | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / antigen (抗原) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hyaluronan uptake and degradation / positive regulation of monocyte aggregation / hyaluronic acid binding / macrophage fusion / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of regulatory T cell differentiation / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall ...Hyaluronan uptake and degradation / positive regulation of monocyte aggregation / hyaluronic acid binding / macrophage fusion / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of regulatory T cell differentiation / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process / monocyte aggregation / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of neutrophil apoptotic process / channel regulator activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cargo receptor activity / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / wound healing, spreading of cells / branching involved in ureteric bud morphogenesis / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / 微絨毛 / lamellipodium membrane / Neutrophil degranulation / T細胞 / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / Wntシグナル経路 / negative regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / neuron projection development / 遊走 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / 炎症 / 脂質ラフト / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / ゴルジ体 / 細胞膜 / protein-containing complex / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.044 Å | ||||||
データ登録者 | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CD44 PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5sbu.cif.gz | 82.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5sbu.ent.gz | 65.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5sbu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbu | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002221 (24エントリ) |
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タイトル | CD44 PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | None |
-関連構造データ
関連構造データ | 2jcpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16970.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd44, Ly-24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15379 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-8C2 / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200mM ammonium sulphate, 100mM MES, 24% PEG 5,000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91808 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月1日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91808 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.044→28.386 Å / Num. obs: 52305 / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 5.91 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 154624 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2JCP 解像度: 1.044→15.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU R Cruickshank DPI: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.036 / SU Rfree Blow DPI: 0.037 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.035
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原子変位パラメータ | Biso max: 61.82 Å2 / Biso mean: 11.99 Å2 / Biso min: 4.37 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.044→15.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.04→1.07 Å / Total num. of bins used: 51
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