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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sc4 | ||||||
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タイトル | CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z927412236 | ||||||
要素 | CD44 antigen | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / antigen (抗原) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hyaluronan uptake and degradation / positive regulation of monocyte aggregation / hyaluronic acid binding / macrophage fusion / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of regulatory T cell differentiation / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall ...Hyaluronan uptake and degradation / positive regulation of monocyte aggregation / hyaluronic acid binding / macrophage fusion / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of regulatory T cell differentiation / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process / wound healing involved in inflammatory response / monocyte aggregation / positive regulation of adaptive immune response / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of neutrophil apoptotic process / channel regulator activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cargo receptor activity / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / wound healing, spreading of cells / branching involved in ureteric bud morphogenesis / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / 微絨毛 / lamellipodium membrane / Neutrophil degranulation / T細胞 / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / Wntシグナル経路 / negative regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / neuron projection development / 遊走 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / 炎症 / 脂質ラフト / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / ゴルジ体 / 細胞膜 / protein-containing complex / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.165 Å | ||||||
データ登録者 | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CD44 PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5sc4.cif.gz | 84.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5sc4.ent.gz | 67.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5sc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5sc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5sc4 | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002221 (24エントリ) |
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タイトル | CD44 PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | None |
-関連構造データ
関連構造データ | 2jcpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16970.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd44, Ly-24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15379 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-8CN / ( | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200mM ammonium sulphate, 100mM MES, 24% PEG 5,000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91808 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91808 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.16→82.2 Å / Num. obs: 33905 / % possible obs: 69.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 7.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 34.2 / Num. measured all: 107189 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2JCP 解像度: 1.165→20.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU R Cruickshank DPI: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.047 / SU Rfree Blow DPI: 0.048 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.044
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原子変位パラメータ | Biso max: 118.02 Å2 / Biso mean: 12.29 Å2 / Biso min: 5.14 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.165→20.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.17→1.23 Å / Total num. of bins used: 51
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