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- PDB-5s9q: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5s9q
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX WITH 2-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-7-(2-hydroxypropan-2-yl)-9-[(S)-(oxan-4-yl)(phenyl)methyl]-9H-carbazole-4-carboxamide
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードCELL CYCLE / BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4 ISOFORM LONG / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / CAP / HUNK1 / MCAP / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription ...histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / histone H4K16ac reader activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YW7 / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sheriff, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery and Preclinical Pharmacology of an Oral Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Inhibitor Using Scaffold-Hopping and Structure-Guided Drug Design.
著者: Gavai, A.V. / Norris, D. / Delucca, G. / Tortolani, D. / Tokarski, J.S. / Dodd, D. / O'Malley, D. / Zhao, Y. / Quesnelle, C. / Gill, P. / Vaccaro, W. / Huynh, T. / Ahuja, V. / Han, W.C. / ...著者: Gavai, A.V. / Norris, D. / Delucca, G. / Tortolani, D. / Tokarski, J.S. / Dodd, D. / O'Malley, D. / Zhao, Y. / Quesnelle, C. / Gill, P. / Vaccaro, W. / Huynh, T. / Ahuja, V. / Han, W.C. / Mussari, C. / Harikrishnan, L. / Kamau, M. / Poss, M. / Sheriff, S. / Yan, C. / Marsilio, F. / Menard, K. / Wen, M.L. / Rampulla, R. / Wu, D.R. / Li, J. / Zhang, H. / Li, P. / Sun, D. / Yip, H. / Traeger, S.C. / Zhang, Y. / Mathur, A. / Zhang, H. / Huang, C. / Yang, Z. / Ranasinghe, A. / Everlof, G. / Raghavan, N. / Tye, C.K. / Wee, S. / Hunt, J.T. / Vite, G. / Westhouse, R. / Lee, F.Y.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32026年2月18日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
D: Bromodomain-containing protein 4
E: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,22912
ポリマ－60,8304
非ポリマー2,3998
水5,224290
1
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8073
ポリマ－15,2071
非ポリマー6002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7452
ポリマ－15,2071
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8694
ポリマ－15,2071
非ポリマー6623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8073
ポリマ－15,2071
非ポリマー6002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.120, 59.770, 63.330
Angle α, β, γ (deg.)66.200, 81.910, 89.740
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15207.499 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物
ChemComp-YW7 / 2-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-7-(2-hydroxypropan-2-yl)-9-[(S)-(oxan-4-yl)(phenyl)methyl]-9H-carbazole-4-carboxamide


分子量: 537.649 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 200mM Sodium Formate, pH 7.0, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.85→41.63 Å / Num. obs: 45954 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.59 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.428 / Rejects: 0 / % possible all: 95.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXF

3mxf


解像度: 1.85→41.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9383 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9354 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.127
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 2324 5.06 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
obs0.1972 45931 96.29 %-
原子変位パラメータBiso max: 106.03 Å2 / Biso mean: 24.13 Å2 / Biso min: 9.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4045 Å20.5139 Å2-2.3926 Å2
2--2.3925 Å20.0761 Å2
3----2.7969 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4257 0 176 290 4723
Biso mean--21.15 27.31 -
残基数----510
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1591SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes798HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4713HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion564SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5563SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4713HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6539HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.47
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 156 4.67 %
Rwork0.2094 3181 -
all0.2109 3337 -
obs--96.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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