PDB-5s5i: Tubulin-Z295848548-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5i

タイトル

Tubulin-Z295848548-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5i.cif.gz	914.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5i.ent.gz	752.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5i_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5i_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5s5i_validation.xml.gz	84.1 KB	表示
CIF形式データ	5s5i_validation.cif.gz	111.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5i	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bmv-d 5s4w-d 4tv9-d 5s5q-d 5ca0-d 6fkj-d 4tuy-d 5s61-d 4i55-d 5s55-d 5yl2-d 7dad-d 5xke-d 5xkh-d 5ezy-d 5m8g-d 5la6-d 5s5j-d 5s4l-d 5iyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.890, 158.870, 179.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 321分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-X0G / 4-[(3-cyclopropyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methyl]morpholine 分子量: 209.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.49→62.66 Å / Num. obs: 103520 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.66 % / B_iso Wilson estimate: 71.154 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 1.047 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 689436 / Scaling rejects: 1931

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.49-2.55	6.839	2.706	0.67	52528	7702	7681	0.262	2.929	99.7
2.55-2.62	6.654	2.048	0.92	49852	7503	7492	0.378	2.223	99.9
2.62-2.7	6.053	1.799	0.98	38075	7325	6290	0.382	1.968	85.9
2.7-2.78	6.597	1.346	1.41	46999	7128	7124	0.577	1.462	99.9
2.78-2.88	7.061	1.016	2	48393	6865	6854	0.716	1.097	99.8
2.88-2.98	7.012	0.787	2.6	46894	6695	6688	0.817	0.851	99.9
2.98-3.09	6.925	0.549	3.69	44684	6464	6453	0.895	0.594	99.8
3.09-3.21	6.912	0.422	4.95	42742	6192	6184	0.938	0.456	99.9
3.21-3.36	6.759	0.313	6.47	40304	5974	5963	0.967	0.339	99.8
3.36-3.52	6.15	0.238	7.66	32533	5718	5290	0.977	0.26	92.5
3.52-3.71	6.231	0.236	8.88	32028	5430	5140	0.976	0.259	94.7
3.71-3.94	7.033	0.147	12.66	36239	5159	5153	0.993	0.159	99.9
3.94-4.21	6.889	0.094	18	33542	4870	4869	0.996	0.101	100
4.21-4.55	6.7	0.071	22.02	30313	4539	4524	0.997	0.077	99.7
4.55-4.98	6.311	0.06	24.33	26382	4191	4180	0.997	0.065	99.7
4.98-5.57	6.18	0.062	23.66	23408	3795	3788	0.997	0.068	99.8
5.57-6.43	6.886	0.063	25.28	23274	3380	3380	0.998	0.068	100
6.43-7.87	6.683	0.047	31.74	19220	2876	2876	0.999	0.051	100
7.87-11.14	5.995	0.031	42.61	13621	2276	2272	0.999	0.034	99.8
11.14-62.66	6.372	0.026	52.58	8405	1331	1319	0.999	0.029	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.49→62.66 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	5191	5.02 %
R_work	0.2122	98288	-
obs	0.2146	103479	98.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 229.32 Å² / B_iso mean: 84.6588 Å² / B_iso min: 41.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.49→62.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17443	0	202	305	17950
B_iso mean	-	-	75.48	66.95	-
残基数	-	-	-	-	2204

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.49-2.52	0.4227	173	0.4193	3271	3444	100
2.52-2.55	0.4288	156	0.389	3309	3465	100
2.55-2.58	0.3875	154	0.3604	3301	3455	100
2.58-2.61	0.3605	201	0.3347	3279	3480	100
2.61-2.65	0.3717	183	0.3482	3268	3451	100
2.65-2.68	0.4095	106	0.3598	2374	2480	71
2.68-2.72	0.3592	185	0.3365	3273	3458	100
2.72-2.76	0.385	172	0.3113	3328	3500	100
2.76-2.8	0.3287	186	0.2962	3261	3447	100
2.8-2.85	0.3465	184	0.2905	3302	3486	100
2.85-2.9	0.3285	168	0.2837	3308	3476	100
2.9-2.95	0.3401	172	0.2873	3281	3453	100
2.95-3.01	0.3427	184	0.2695	3348	3532	100
3.01-3.07	0.3274	189	0.2679	3298	3487	100
3.07-3.14	0.3588	186	0.2513	3267	3453	100
3.14-3.21	0.279	164	0.2516	3322	3486	100
3.21-3.29	0.3197	177	0.2413	3330	3507	100
3.29-3.38	0.2789	165	0.2298	3349	3514	100
3.38-3.48	0.2476	158	0.2196	2905	3063	88
3.48-3.59	0.2521	178	0.2256	3344	3522	100
3.59-3.72	0.3591	143	0.3152	3022	3165	91
3.72-3.87	0.2441	159	0.2052	3375	3534	100
3.87-4.04	0.2171	156	0.1904	3358	3514	100
4.04-4.26	0.2161	176	0.1748	3335	3511	100
4.26-4.52	0.223	204	0.1649	3347	3551	100
4.52-4.87	0.2175	192	0.1546	3326	3518	100
4.87-5.36	0.2505	159	0.1698	3391	3550	100
5.36-6.14	0.2466	184	0.189	3422	3606	100
6.14-7.73	0.2304	197	0.1886	3409	3606	100
7.73-62.66	0.1851	180	0.1536	3585	3765	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4858	-0.0525	0.1786	4.9506	1.3446	3.5735	-0.0829	0.0598	0.1039	-0.556	0.3772	-0.4325	-0.6975	0.3751	-0.3042	0.7432	-0.1448	0.131	0.6725	-0.1731	0.65	32.2827	90.0669	50.5232
2	4.2184	-0.9287	-2.9649	4.9521	-1.4879	3.6411	0.0879	-0.4907	-0.0808	0.4719	-0.1453	-0.0624	0.2037	0.2793	0.0964	0.5019	0.0361	-0.013	0.487	-0.1374	0.4457	30.2106	74.7105	58.84
3	2.3262	0.012	0.6358	4.5452	1.0826	6.4195	-0.0121	0.0092	0.1759	0.2341	-0.0256	0.3644	-0.1562	-0.3006	0.0225	0.5113	0.0251	0.0807	0.4435	-0.1197	0.5295	17.3464	85.2034	66.6435
4	1.7865	-1.1983	0.1601	6.6227	1.4211	2.9466	-0.1292	-0.2517	0.1565	0.9979	0.2539	0.2288	-0.0093	-0.0069	-0.1316	0.6095	-0.0252	0.1408	0.639	-0.1092	0.5471	19.2692	83.9421	73.0869
5	2.6876	0.1385	1.3362	5.2822	4.2834	7.3933	0.1446	-0.3635	0.034	0.9249	0.6011	-0.7081	0.889	0.8783	-0.7011	0.6818	0.1852	-0.0759	0.5597	-0.1293	0.7317	32.6091	62.7849	61.4707
6	6.4	-2.516	-1.6276	7.9261	1.7505	6.9667	0.1002	0.1074	0.6229	-0.4407	-0.009	0.2822	-1.1851	-0.3239	-0.0738	0.697	-0.0127	0.0206	0.5582	-0.0237	0.6725	15.9269	70.3099	19.0788
7	2.4045	0.0343	0.0248	2.6945	1.3879	4.4411	0.0157	-0.1118	0.0393	-0.0402	-0.0312	0.0904	-0.2605	0.0047	-0.0018	0.4024	0.0116	0.0038	0.564	-0.1045	0.5189	20.1874	56.3848	25.3148
8	6.0668	-3.1504	2.1558	5.4515	-1.2609	4.0563	-0.1896	-0.0796	-0.1734	0.2801	-0.0397	0.7764	-0.1545	-1.2278	0.2169	0.6061	0.0249	0.0863	0.8013	-0.1864	0.6329	5.805	60.5743	42.349
9	1.228	-1.5184	-0.6977	5.2018	3.4988	5.8829	-0.0016	-0.2918	-0.1231	0.8072	0.084	0.0165	0.7672	0.4195	-0.08	0.4333	-0.08	-0.0086	0.4898	-0.028	0.5379	20.9294	41.6769	31.2772
10	1.3131	-0.4632	0.1353	3.8101	-0.1456	1.9007	-0.0361	0.1761	0.008	-0.246	0.0933	-0.0059	-0.0965	0.1236	-0.0498	0.4396	-0.0833	0.0366	0.6061	-0.0513	0.5403	19.9861	33.3998	-12.1081
11	1.1414	-0.8988	-0.063	1.947	0.8404	1.7368	0.0012	0.042	-0.0048	0.0759	-0.0846	0.2091	0.0439	-0.3151	0.0828	0.4137	-0.0761	0.0608	0.5246	-0.0529	0.5527	7.672	26.3233	3.0842
12	6.9567	-2.8086	-0.0701	3.1128	-0.5437	3.4204	-0.1931	0.7405	0.5053	-0.7053	0.2089	-0.023	-0.2067	-0.2665	-0.0548	0.7248	-0.1311	0.0521	0.9598	-0.0632	0.6216	17.2245	10.084	-44.06
13	1.5733	-0.0259	-0.232	1.8994	0.2881	2.9624	-0.0565	0.475	-0.2086	-0.3845	0.1319	-0.2611	0.3517	0.0886	-0.0788	0.6729	-0.0543	0.0813	0.7765	-0.2165	0.6184	22.7451	-1.9507	-34.2666
14	2.7207	-2.5712	-2.2693	6.7017	0.6448	2.4417	0.1089	0.6632	-0.9369	-0.873	-0.0577	0.7438	0.2769	-0.4733	-0.124	0.6965	-0.1877	0.0484	0.88	-0.2336	0.698	1.8128	-5.985	-25.1582
15	3.4056	-0.988	-0.4807	2.4893	-0.1849	3.1334	-0.2108	0.2877	-0.3424	0.0022	0.1574	0.3079	0.4022	-0.4281	0.082	0.5981	-0.1694	0.0203	0.5298	-0.1412	0.5411	8.6393	-1.3684	-20.9639
16	6.0518	-0.4747	-5.128	4.6395	0.7782	6.6837	-0.3958	-0.055	-1.0165	0.0848	0.052	-0.2481	0.898	0.3621	0.2032	0.7805	0.1432	-0.0292	0.7465	-0.254	0.8249	30.2936	-16.7847	-24.6215
17	4.0681	-1.915	0.3737	4.0432	1.5255	0.9598	-0.0172	-0.2055	0.1083	0.9185	0.2511	-0.4782	0.4791	0.1919	-0.2157	1.2116	-0.14	-0.09	0.9678	-0.1971	0.7683	28.0189	93.5581	81.4838
18	-0.0902	-0.4025	-0.6648	6.4178	6.9607	7.8979	-0.0999	-0.0771	-0.0294	0.4437	0.7886	-0.694	0.5466	1.1428	-0.7963	0.6243	0.0903	0.0364	1.0205	-0.26	0.946	42.9691	28.4024	3.9965
19	6.0862	0.8643	-1.9997	7.0164	0.9125	6.3484	-0.405	0.6089	-0.4427	-0.2916	0.2992	0.0176	1.5893	-0.4896	0.0942	1.1162	-0.1631	0.1588	0.7711	-0.127	0.6578	6.6159	55.4149	69.6839
20	3.3958	0.9105	4.42	4.6713	-2.2483	8.919	0.0972	-0.2977	0.24	0.5543	-0.1879	-0.6125	-0.2856	1.7669	0.0852	0.9024	0.0619	-0.0881	1.2308	-0.0678	0.7947	16.7578	65.0103	102.6043
21	6.2477	0.628	4.0989	5.2935	-1.7524	6.663	0.1081	-0.3952	-0.6451	0.8169	-0.262	-0.7449	0.7183	1.7344	0.182	1.0996	0.3328	0.1126	1.107	0.1689	0.8474	11.9376	52.8983	105.3811
22	3.1698	1.5058	-1.0772	4.1862	-0.2825	2.7766	-0.3822	0.1028	-0.5025	0.5482	0.1232	-0.3223	1.1735	0.1415	0.2063	1.336	0.1218	0.2595	0.6191	0.027	0.8748	-2.0217	50.7029	99.3823
23	4.0978	0.8565	-1.9857	1.062	0.6035	5.8853	-0.3827	0.2147	-0.6997	-0.1628	0.3493	-0.2863	1.2146	-0.1012	-0.0132	1.0341	-0.057	0.0999	0.5383	-0.0151	0.6875	1.2519	58.9624	87.6221
24	4.4934	-3.6535	-2.0814	3.0008	1.7323	2.1181	-0.1862	0.3276	-0.0757	-0.3662	0.252	0.5318	-0.2559	-1.3494	-0.0027	0.7367	-0.2454	0.0982	1.0603	-0.1309	0.843	-8.0455	63.9251	79.3322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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