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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ryy | ||||||
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タイトル | EPB41L3 PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of the FERM domain of human EPB41L3 in complex with Z57257264 | ||||||
![]() | Isoform 2 of Band 4.1-like protein 3 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization to paranode region of axon / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Newman, J.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: EPB41L3 PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Newman, J.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002181 (51エントリ) |
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タイトル | EPB41L3 PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | The FERM domain of HUMAN EPB41L3 screened against the Enamine DSI-poised fragment library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ibeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33395.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-WGV / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / ![]() | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.075M ammonium nitrate, 0.1M MES pH 6.0, 6.5% PEG 2000, 6.5% PEG 3350, 6.5% PEG 4000, 6.5% PEG 5000, 10% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.69→49.7 Å / Num. obs: 34308 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 218016 / Scaling rejects: 11 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.6 %
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6IBE 解像度: 1.69→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.697 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.01 Å2 / Biso mean: 33.27 Å2 / Biso min: 15.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.69→49.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20
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