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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qjw | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of NUDT5 in complex with Z198194396 | ||||||
要素 | ADP-sugar pyrophosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / NUDT5 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / ADP-sugar diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / D-ribose catabolic process / ribose phosphate metabolic process ...ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / ADP-sugar diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / D-ribose catabolic process / ribose phosphate metabolic process / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / nucleotide metabolic process / snoRNA binding / nucleotidyltransferase activity / クロマチンリモデリング / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Dubianok, Y. / Collins, P. / Krojer, T. / Wright, N. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Huber, K. / von Delft, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) 著者: Dubianok, Y. / Collins, P. / Krojer, T. / Wright, N. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Huber, K. / von Delft, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qjw.cif.gz | 165.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qjw.ent.gz | 129.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qjw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/5qjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/5qjw | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002057 (43エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) |
タイプ | changed state |
解説 | NUDIX domain of human NUDT5 screened against the DSI Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 6gruS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データの種類: other data / 詳細: Complete PanDDA analysis / Metadata reference: 10.5281/zenodo.1344394 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 23136.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT5, NUDIX5, HSPC115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UKK9, ADP-ribose diphosphatase, 8-oxo-dGDP phosphatase, ADP-D-ribose pyrophosphorylase |
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-非ポリマー , 5種, 266分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 % / Mosaicity: 0.11 ° |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 33 % PEG4k, 0.2 MgCl2 and 0.1 M Tris / PH範囲: pH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.57→34.91 Å / Num. obs: 115029 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 201268 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6GRU 解像度: 1.57→78.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.724 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.2 Å2 / Biso mean: 34.677 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→78.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
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