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- PDB-5qj2: CRYSTAL STRUCTURE OF MYELOPEROXIDASE SUBFORM C (MPO) OMPLEX WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qj2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYELOPEROXIDASE SUBFORM C (MPO) OMPLEX WITH COMPOUND-20 AKA 7-((3-(1-METHYL-1H-PYRAZOL-3- YL)BENZYL)OXY)- 1H-[1,2,3]TRIAZOLO[4,5-B]PYRIDIN-5-AMINE
要素(Myeloperoxidase) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / MYELOPEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / alpha-L-fucopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-JXS / alpha-D-mannopyranose / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Khan, J.A.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Potent Triazolopyridine Myeloperoxidase Inhibitors.
著者: Wurtz, N.R. / Viet, A. / Shaw, S.A. / Dilger, A. / Valente, M.N. / Khan, J.A. / Jusuf, S. / Narayanan, R. / Fernando, G. / Lo, F. / Liu, X. / Locke, G.A. / Kopcho, L. / Abell, L.M. / Sleph, P. ...著者: Wurtz, N.R. / Viet, A. / Shaw, S.A. / Dilger, A. / Valente, M.N. / Khan, J.A. / Jusuf, S. / Narayanan, R. / Fernando, G. / Lo, F. / Liu, X. / Locke, G.A. / Kopcho, L. / Abell, L.M. / Sleph, P. / Basso, M. / Zhao, L. / Wexler, R.R. / Duclos, F. / Kick, E.K.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年5月12日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_deposit_group
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.32024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase
B: Myeloperoxidase
D: Myeloperoxidase
E: Myeloperoxidase
F: Myeloperoxidase
G: Myeloperoxidase
H: Myeloperoxidase
I: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,40159
ポリマ－261,0558
非ポリマー11,34651
水1,13563
1
A: Myeloperoxidase
B: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,53017
ポリマ－65,2642
非ポリマー3,26615
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15090 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
2
D: Myeloperoxidase
E: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,83113
ポリマ－65,2642
非ポリマー2,56711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14850 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
3
F: Myeloperoxidase
G: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,30916
ポリマ－65,2642
非ポリマー3,04514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14990 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area21150 Å2
手法PISA
4
H: Myeloperoxidase
I: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,73113
ポリマ－65,2642
非ポリマー2,46711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15100 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.817, 150.949, 233.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ADFHBEGI

#1: タンパク質
Myeloperoxidase / MPO


分子量: 11974.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase
#2: タンパク質
Myeloperoxidase / MPO


分子量: 53289.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase

-
糖 , 4種, 38分子

#3: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 76分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#8: 化合物 ChemComp-JXS / 7-{[3-(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)phenyl]methoxy}-1H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-5-amine


分子量: 321.337 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 150mM NaCl, 20-25%(V/V)PEG3350.Crystals were cryoprotected by supplementing the mother liquor with 15% (v/v) ethylene glycol and harvested by flash-cooling in liquid nitrogen

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月9日 / 詳細: KIRKPARTICK-BAEZ
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.82→233.1 Å / Num. obs: 61530 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 75.55 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.82→2.97 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.49 / Rejects: 0 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.9.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WDJ

5wdj


解像度: 2.82→116.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9034 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8538 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.408
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 3097 5.07 %RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.2096 61066 99.65 %-
原子変位パラメータBiso max: 137.5 Å2 / Biso mean: 58.87 Å2 / Biso min: 11.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.0953 Å20 Å20 Å2
2---4.7182 Å20 Å2
3----9.377 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→116.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17720 0 730 63 18513
Biso mean--65.58 39.1 -
残基数----2272
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6254SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes462HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2779HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18949HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2516SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22816SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d18949HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg25876HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.95
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3462 232 5.16 %
Rwork0.2292 4260 -
all0.235 4492 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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