PDB-5qdd: Crystal structure of BACE complex with BMC020 hydrolyzed

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qdd

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC020 hydrolyzed

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qdd.cif.gz	455.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qdd.ent.gz	376.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qdd	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	4rcd-d 2f3f-3 4k9h-3 5qdc-3 5qco-2 6ej3-d 4wy6-d 3rvi-d 5t1w-d 5qd5-3 5qcx-3 2vij-d 3dm6-1 3s7l-d 5qco-3 3rth-d 3k5d-2 3i25-2 3ine-d 5tol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.729, 102.670, 100.037
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	(CHAIN B AND (RESID -2 THROUGH 156 OR RESID 169 THROUGH 309 OR RESID 317 THROUGH 385))
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 156 OR RESID 169 THROUGH 309 OR RESID 317 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-E7A / (10R,12S)-12-[(1R)-1,2-dihydroxyethyl]-N,N,10-trimethyl-14-oxo-2-oxa-13-azabicyclo[13.3.1]nonadeca-1(19),15,17-triene-17-carboxamide 分子量: 420.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₆N₂O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 7-FOLD EXCESS OF BMC020 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN 90% DMSO, 10% H2O. CRYO-PROTECTANT WAS 1.2M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, 25%(V/V)GLYCEROL, 2.0% DMSO, 1MM BMC020.

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00011
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.003→45.367 Å / Num. obs: 105373 / % possible obs: 98 % / R_merge(I) obs: 0.051

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→45.37 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	5303	5.03 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.171	105373	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8764	0	108	311	9183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9106
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	12367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.665	5335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1582

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5299	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5299	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5299	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.003-2.0258	0.2317	152	0.2101	3094	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0258-2.0496	0.2138	187	0.1979	3301	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0496-2.0746	0.2416	175	0.187	3295	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0746-2.1009	0.2201	177	0.188	3285	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1009-2.1285	0.2067	163	0.1788	3328	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1285-2.1577	0.193	168	0.1771	3302	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1577-2.1885	0.2087	197	0.172	3308	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1885-2.2212	0.1969	199	0.1709	3301	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2212-2.2559	0.1898	157	0.1719	3309	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2559-2.2929	0.1922	172	0.1689	3327	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2929-2.3324	0.2033	161	0.1697	3363	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3324-2.3748	0.1976	175	0.177	3307	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3748-2.4205	0.2553	168	0.1859	3359	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4205-2.4699	0.2329	177	0.186	3324	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4699-2.5236	0.206	192	0.1791	3326	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5236-2.5823	0.198	185	0.1765	3344	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5823-2.6469	0.1942	185	0.1844	3330	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6469-2.7184	0.2192	182	0.1867	3373	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7184-2.7984	0.2106	163	0.1894	3319	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7984-2.8887	0.2074	175	0.1885	3358	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8887-2.9919	0.1974	177	0.1815	3373	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9919-3.1117	0.1914	195	0.1803	3378	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1117-3.2533	0.2367	169	0.1896	3369	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2533-3.4247	0.2045	205	0.1776	3347	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4247-3.6392	0.1645	178	0.1671	3391	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6392-3.9201	0.1389	192	0.1526	3369	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9201-4.3143	0.1551	160	0.1446	3434	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3143-4.9379	0.1375	175	0.1322	3402	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9379-6.2187	0.2092	181	0.169	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2187-45.3788	0.1917	161	0.1891	3317	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4223	-0.4872	-0.1871	0.6128	-0.2702	0.4721	-0.2023	-0.1043	0.3988	0.1677	0.0944	-0.1653	-0.263	0.1332	0.0002	0.5024	-0.0198	-0.0722	0.3356	-0.0161	0.3758	43.2676	9.9283	23.3672
2	0.5197	0.2932	-0.2543	1.2867	0.0745	1.095	-0.1646	0.327	0.5242	-0.342	-0.0827	0.2752	-0.6566	0.0246	-0.4714	0.5879	-0.089	-0.0522	0.2638	0.1262	0.4529	42.0385	19.1746	11.2129
3	0.7904	0.0165	0.2717	0.7555	-0.6207	0.6834	-0.1	0.2396	0.3727	-0.1192	-0.0225	-0.263	-0.2966	0.1401	0.0001	0.4586	-0.0281	0.006	0.3421	0.0476	0.3595	43.6559	9.9915	12.9127
4	0.9578	-0.32	-0.3274	1.8641	-0.3996	1.0004	-0.0018	0.1315	-0.0091	0.0415	0.0692	0.2915	-0.1668	-0.0717	-0.0002	0.3227	0.0519	0.0047	0.2677	-0.0071	0.2679	27.9585	-6.6006	21.6146
5	0.7747	0.4004	0.1753	0.8106	-0.5357	0.8482	0.0657	0.0379	0.1694	0.1745	0.0207	0.2986	-0.3051	-0.128	0.0131	0.4062	0.0894	0.0857	0.2652	-0.0114	0.3601	22.8246	-5.5505	28.3229
6	0.6432	-0.2196	0.1542	1.0794	-0.7477	0.5488	-0.0852	-0.0406	-0.0932	-0.0376	0.0774	0.2139	-0.1874	-0.1086	-0.0002	0.3991	0.0493	0.0547	0.3164	-0.0218	0.2849	33.3807	-11.7861	24.9555
7	2.4988	0.77	0.0739	1.2541	0.136	2.1634	0.0777	-0.1507	-0.1738	0.0451	-0.0636	0.0996	0.0146	-0.4356	-0.0003	0.237	0.0083	-0.0345	0.3242	0.0408	0.2776	17.351	13.9011	-12.1377
8	1.7305	0.5616	0.2183	0.5359	-0.2254	1.5988	0.0571	0.1889	-0.7908	-0.2314	-0.0543	-0.3899	0.4727	-0.0211	0.0373	0.388	-0.0007	0.0059	0.1783	-0.0541	0.61	33.8815	0.891	-21.8316
9	1.0429	0.9032	0.1742	0.7187	0.2626	0.7064	-0.019	0.1204	-0.3826	-0.0072	0.0331	-0.1928	-0.104	0.1799	-0.0085	0.2605	0.0406	-0.0006	0.2752	0.0384	0.3724	37.3623	15.3775	-20.1794
10	0.3549	-0.2541	-0.2807	0.3773	-0.1059	0.6168	0.1098	0.2968	0.0226	-0.0099	-0.0746	0.2987	0.1134	-1.0899	-0.062	0.3097	-0.0239	-0.0244	0.557	0.0035	0.399	-2.4376	-47.9944	34.9123
11	0.363	-0.1162	-0.1639	0.5767	0.0587	0.9019	0.0557	-0.1178	-0.0744	0.2626	-0.0762	0.1802	0.3311	-0.2691	-0.0002	0.4107	-0.1009	0.0197	0.4572	0.0845	0.386	0.4257	-55.1831	48.8854
12	1.2066	0.4665	-0.7647	1.4893	-0.3617	1.943	0.0597	-0.0999	-0.084	0.0399	-0.0652	-0.0472	0.1396	-0.0794	-0	0.244	0.0201	-0.0408	0.3276	0.0373	0.2888	11.3851	-46.0429	39.1668
13	0.6778	0.229	-0.4425	1.5299	-0.5526	1.5196	0.2656	-0.2378	0.2977	0.3711	0.1026	0.0829	-0.4264	-0.1052	0.064	0.3829	0.0616	0.1324	0.4026	-0.0275	0.3781	11.1512	-23.7083	42.0459
14	0.4809	0.4734	-0.654	0.5619	-0.4212	0.6959	0.0895	-0.0791	0.0341	0.0354	0.011	0.0277	-0.0909	-0.0432	0.0002	0.2764	0.0566	0.0061	0.3425	0.0295	0.348	16.6154	-34.5602	31.0344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 42 THROUGH 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 75 THROUGH 143 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 267 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 268 THROUGH 334 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 335 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 346 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 347 THROUGH 385 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 25 THROUGH 74 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 75 THROUGH 233 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 234 THROUGH 334 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 335 THROUGH 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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