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万見
- PDB-4wy6: Crystal structure of human BACE-1 bound to Compound 36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wy6
タイトルCrystal structure of human BACE-1 bound to Compound 36
要素Beta-secretase 1
キーワードHydrolase/hydrolase inhibitor / BACE beta secretase protease / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / multivesicular body / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VP / IODIDE ION / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vajdos, F.F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of a Series of Efficient, Centrally Efficacious BACE1 Inhibitors through Structure-Based Drug Design.
著者: Butler, C.R. / Brodney, M.A. / Beck, E.M. / Barreiro, G. / Nolan, C.E. / Pan, F. / Vajdos, F. / Parris, K. / Varghese, A.H. / Helal, C.J. / Lira, R. / Doran, S.D. / Riddell, D.R. / Buzon, L.M. ...著者: Butler, C.R. / Brodney, M.A. / Beck, E.M. / Barreiro, G. / Nolan, C.E. / Pan, F. / Vajdos, F. / Parris, K. / Varghese, A.H. / Helal, C.J. / Lira, R. / Doran, S.D. / Riddell, D.R. / Buzon, L.M. / Dutra, J.K. / Martinez-Alsina, L.A. / Ogilvie, K. / Murray, J.C. / Young, J.M. / Atchison, K. / Robshaw, A. / Gonzales, C. / Wang, J. / Zhang, Y. / O'Neill, B.T.
履歴
登録2014年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,70411
ポリマ－46,4411
非ポリマー1,26310
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.871, 102.871, 170.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 46440.980 Da / 分子数: 1 / 断片: protease (UNP Residues 46-454) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-3VP / (4aR,6R,8aS)-8a-(2,4-difluorophenyl)-6-(fluoromethyl)-4,4a,5,6,8,8a-hexahydropyrano[3,4-d][1,3]thiazin-2-amine / (4aR)-6α-(フルオロメチル)-8aβ-(2,4-ジフルオロフェニル)-4aβ,5,6,8a-テトラヒドロ-4H(以下略)


分子量: 316.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15F3N2OS
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 20% PEG5000MME 200 mM NaI, 200 mM NaCitrate, PH 6.9, BACE (8.3 mg/ml in 20 mM Tris, 250 mM NaCl, pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→89.09 Å / Num. obs: 31982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 44.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 581013
反射 シェル解像度: 2.1→2.42 Å / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured all: 206184 / Num. unique all: 10947 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.215 / Rejects: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.5データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.1→27.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9483 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9442 / SU R Cruickshank DPI: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 1641 5.15 %RANDOM
Rwork0.1849 ---
obs0.1858 31871 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 149.69 Å2 / Biso mean: 42.4 Å2 / Biso min: 22.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3706 Å20 Å20 Å2
2--0.3706 Å20 Å2
3----0.7412 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.229 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→27.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 66 314 3312
Biso mean--75.31 51.27 -
残基数----373
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1031SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes460HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3099HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion391SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3461SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3099HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4244HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 145 5.07 %
Rwork0.2217 2713 -
all0.2233 2858 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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