PDB-5qd1: Crystal structure of BACE complex with BMC011

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qd1

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC011

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qd1.cif.gz	458 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qd1.ent.gz	391.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd1	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	3dv1-1 6dhc-3 5qd9-3 3skg-3 2f3e-2 5qd4-2 3vg1-d 4d83-3 5qcp-2 3k5g-1 3dv5-1 5qcx-2 5qd6-2 4lxa-3 5qd6-1 5qda-2 4b1d-d 5qcp-1 2wf0-d 3pi5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.849, 104.217, 100.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E61 / (10S,12S)-12-[(1R)-1-hydroxy-2-({[3-(propan-2-yl)phenyl]methyl}amino)ethyl]-17-(methoxymethyl)-10-methyl-7-oxa-2,13-diazabicyclo[13.3.1]nonadeca-1(19),15,17-trien-14-one 分子量: 525.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₇N₃O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 6-FOLD EXCESS OF BMC011 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN 90% DMSO-D6 (1.7% DMSO IN DROP). A SOLUTION CONTAINING 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25% GLYCEROL, 1MM BMC011 AND 1.8% DMSO WAS USED AS CRYO-PROTECTANT.

結晶

マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.82 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→80.257 Å / Num. obs: 64959 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.061

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→80.26 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	6515	10.03 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.166	64959	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→80.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8925	0	114	381	9420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91	12619
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.417	5427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1617

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5420	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5420	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5420	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.2668	225	0.2169	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4273-2.4558	0.2502	209	0.2024	1949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.4858	0.2797	237	0.1999	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5173	0.2695	217	0.1969	1976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5173-2.5504	0.2323	202	0.1862	1935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5853	0.2192	225	0.174	1937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6223	0.2228	217	0.1654	1908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6223-2.6614	0.2387	233	0.176	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.703	0.2167	218	0.1804	1935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.7473	0.2494	215	0.1846	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.7947	0.2101	218	0.1845	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7947-2.8455	0.2487	226	0.1769	1936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8455-2.9002	0.2312	204	0.1758	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9002-2.9594	0.2129	214	0.1672	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0238	0.2104	209	0.1667	1938	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0238-3.0941	0.2208	209	0.1736	1940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0941-3.1715	0.2238	206	0.1817	1965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1715-3.2573	0.2521	214	0.1857	1952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2573-3.3531	0.2114	192	0.1808	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3531-3.4613	0.214	230	0.1756	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4613-3.5851	0.1941	212	0.1592	1959	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5851-3.7286	0.1857	217	0.1587	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7286-3.8983	0.1765	205	0.1427	1944	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8983-4.1038	0.1723	226	0.144	1927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1038-4.3609	0.1725	222	0.1362	1988	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3609-4.6976	0.1453	222	0.1226	1933	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6976-5.1702	0.1574	221	0.1314	1967	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1702-5.9182	0.1935	236	0.1587	1950	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9182-7.4554	0.1782	221	0.1671	1972	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4554-80.3018	0.1799	213	0.1848	1985	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0013	-0.274	0.0744	1.376	-0.1735	0.8995	-0.0907	0.1101	0.1986	0.0429	-0.0444	-0.1795	-0.2207	0.1235	-0.0003	0.3307	-0.0262	-0.0324	0.2761	0.038	0.2144	43.5667	10.9682	16.4439
2	0.5229	-0.0813	-0.253	1.2553	-0.2879	0.633	0.0068	0.1749	-0.0737	-0.0489	0.1172	0.2514	-0.0715	-0.0312	0.0114	0.2509	0.0386	-0.0182	0.2463	0.0304	0.2504	25.1193	-8.2131	20.7788
3	0.4693	-0.1855	0.0167	0.5133	-0.2818	0.5791	0.0343	-0.0231	0.1414	0.2522	0.2148	-0.0981	-0.1868	-0.0284	0.0635	0.3543	0.0871	0.131	0.2287	-0.0071	0.2785	23.1254	-4.7914	31.3572
4	0.4956	-0.1616	-0.1741	0.9023	-0.2925	0.2446	-0.0565	0.0486	-0.0606	0.0312	0.0942	0.1754	-0.1589	-0.0087	-0.0007	0.2983	0.0638	0.0266	0.2551	0.0041	0.2256	31.1969	-9.1452	24.331
5	1.7719	0.4031	0.0053	0.6043	0.1144	1.3361	0.0595	-0.1629	-0.2376	0.0022	-0.0645	-0	0.0084	-0.255	-0	0.2162	-0.0135	-0.0224	0.258	0.0388	0.2301	17.1476	14.2106	-12.5183
6	0.6723	-0.1173	0.2667	0.5325	-0.1662	1.1726	0.119	0.256	-0.7288	-0.1588	-0.0467	-0.3356	0.403	0.2372	-0.0222	0.364	0.0495	-0.0222	0.0789	-0.0921	0.6882	34.9685	-1.6146	-22.676
7	1.0991	0.627	-0.1417	0.4377	0.1043	0.5427	0.026	0.0979	-0.3849	0.0126	0.0201	-0.1391	0.0164	0.0698	0.0099	0.2709	0.0016	-0.0332	0.1975	0.0365	0.3461	33.787	11.7601	-19.907
8	0.0978	-0.0583	-0.1028	0.1594	-0.064	0.2014	-0.0428	0.0985	-0.0793	0.057	0.0252	0.0257	0.0369	-0.6153	-0.0002	0.3097	-0.0078	-0.0292	0.4308	-0.0241	0.3455	-1.6666	-48.6415	35.3964
9	0.664	0.3628	-0.3644	0.9546	-0.0688	1.329	0.0289	-0.0641	-0.1127	0.0071	-0.0331	0.0584	0.308	-0.2195	-0	0.2751	-0.0227	-0.0196	0.3012	0.0519	0.328	4.4146	-54.2031	44.8961
10	0.7988	0.0703	-0.6696	0.687	0.0841	0.5789	0.1623	-0.1022	-0.0042	0.0152	-0.0284	-0.1065	-0.0215	0.0684	0.0011	0.2254	0.0127	-0.0048	0.2544	0.0132	0.2626	19.0159	-34.156	38.5176
11	1.3161	-0.2306	0.8854	1.6902	-0.3391	0.6249	0.12	-0.1821	-0.1363	0.5449	0.3359	0.278	-0.7279	-0.8629	0.2411	0.5962	0.2088	0.2635	0.5182	0.0834	0.5409	4.5444	-16.8298	47.5499
12	0.4549	0.1819	0.4387	0.7228	-0.1836	0.6024	0.068	-0.0866	0.1288	0.0129	0.1577	0.171	0.0336	-0.1739	0.0203	0.2368	0.056	0.0693	0.3375	0.0711	0.3626	10.4727	-26.2171	38.6326
13	0.4766	0.4682	-0.1947	0.5584	0.0594	0.6625	-0.0033	-0.0496	-0.1051	0.0301	-0.0311	0.0023	-0.06	0.0333	0	0.2515	0.0532	-0.0165	0.2826	0.0326	0.2996	17.5691	-35.1327	32.7608

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 176 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 177 THROUGH 267 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 268 THROUGH 317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 318 THROUGH 385 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 317 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 318 THROUGH 385 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 25 THROUGH 169 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 170 THROUGH 252 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 253 THROUGH 276 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 277 THROUGH 327 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 328 THROUGH 385 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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