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- PDB-5qd0: Crystal structure of BACE complex withBMC006 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qd0
タイトルCrystal structure of BACE complex withBMC006
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / multivesicular body / response to lead ion / trans-Golgi network / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E5Y / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
Model detailsStructures for D3R docking challenge
データ登録者Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7716
ポリマ－134,3323
非ポリマー1,4393
水1,00956
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2572
ポリマ－44,7771
非ポリマー4801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2572
ポリマ－44,7771
非ポリマー4801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2572
ポリマ－44,7771
非ポリマー4801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.919, 102.374, 98.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND (RESID -2 THROUGH 309 OR RESID 315...
211(CHAIN B AND RESID -2 THROUGH 384)
311(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 309 OR RESID 315 THROUGH 384))

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-E5Y / (5S,8S,10R)-8-[(1R)-1-hydroxy-2-{[(5-propyl-1H-pyrazol-3-yl)methyl]amino}ethyl]-4,5,10-trimethyl-1-oxa-4,7-diazacyclohexadecane-3,6-dione


分子量: 479.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H45N5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS, FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS, FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 6.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 7-FOLD EXCESS OF BMC006 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN 90% DMSO-D6 (2.0% DMSO IN DROP). A SOLUTION CONTAINING 1.2M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0, 25% GLYCEROL, 1MM BMC006 AND 2.0% DMSO WAS USED AS CRYO-PROTECTANT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97885
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.168 Å / Num. obs: 47152 / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
CNX精密化
CNX位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000date reduction
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→46.17 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 2360 5.01 %
Rwork0.165 --
obs0.167 47152 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8823 0 102 56 8981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92412444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.925358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061594
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A5356X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B5356X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13C5356X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.65310.31491110.23272411X-RAY DIFFRACTION92
2.6531-2.71080.28471580.22542632X-RAY DIFFRACTION100
2.7108-2.77380.25041350.20452655X-RAY DIFFRACTION100
2.7738-2.84320.24851300.19812646X-RAY DIFFRACTION100
2.8432-2.920.2871430.18982618X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.0060.26671350.18582648X-RAY DIFFRACTION100
3.006-3.1030.21571250.18242648X-RAY DIFFRACTION100
3.103-3.21380.24061150.18892648X-RAY DIFFRACTION100
3.2138-3.34250.2341330.18712658X-RAY DIFFRACTION100
3.3425-3.49460.2191470.17482639X-RAY DIFFRACTION100
3.4946-3.67870.21421500.16222632X-RAY DIFFRACTION100
3.6787-3.90910.17591350.15092628X-RAY DIFFRACTION100
3.9091-4.21070.19791370.14592684X-RAY DIFFRACTION100
4.2107-4.63410.17221620.13332625X-RAY DIFFRACTION100
4.6341-5.30380.17061430.13942653X-RAY DIFFRACTION100
5.3038-6.67910.19421570.17322659X-RAY DIFFRACTION100
6.6791-46.17570.2121440.16922708X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3177-0.0242-0.41830.5641-0.04780.5324-0.2018-0.49790.43460.310.1848-0.2825-0.25230.08020.00150.62010.0437-0.04540.5759-0.03150.562543.79849.46327.2278
20.8468-0.33980.30410.5181-0.11520.7040.05690.07670.4008-0.0969-0.0092-0.1099-0.0927-0.0578-0.00020.7113-0.0610.01750.46290.01730.56343.170918.340314.47
31.4767-0.43420.45972.0931-0.80411.7196-0.03380.18410.3167-0.1164-0.0372-0.14-0.14860.1043-0.00020.5532-0.03350.00150.44670.00630.408442.56987.482816.2335
40.9071-0.066-0.65581.3350.1010.9950.03620.178-0.0377-0.17050.01310.22410.03140.0348-0.00020.4055-0.0186-0.08570.3963-0.02280.351926.0073-10.268217.7735
50.21080.0797-0.21861.159-0.8891.057-0.0561-0.01430.04360.34860.29020.2503-0.1424-0.07690.00040.51080.0770.08140.42890.00060.414617.5569-5.276128.8785
60.44760.22010.00110.607-0.43480.3863-0.05870.1630.02320.12620.01940.2039-0.1072-0.06490.00010.58310.06840.04050.4932-0.01790.523922.1717-0.822327.4206
70.8151-0.55050.2231.8792-1.14050.6809-0.0291-0.05590.11240.01190.09330.1218-0.1219-0.0119-0.00030.45520.01050.04110.4713-0.0380.382633.4323-11.759925.1136
80.9009-0.1756-0.22130.167-0.04820.13650.2061-0.7403-0.40880.5928-0.23650.04450.0304-0.61050.00080.5162-0.0343-0.04470.64890.070.457718.669711.5128-0.1762
90.63270.24180.74790.64750.58591.05680.1188-0.3941-0.32410.0375-0.17630.21520.2548-0.43110.00040.4223-0.06960.01670.78210.1190.59783.784311.0479-4.6144
101.82380.49920.60591.12960.24421.05160.0304-0.2148-0.15630.02150.04550.33170.0538-0.43940.00010.42970.0425-0.02240.5960.05490.5297.886813.251-10.8021
110.84010.7094-0.06080.5706-0.12550.75920.2543-0.4937-0.11650.3865-0.16980.0694-0.165-0.07880.00010.5340.0368-0.01950.50760.05850.432822.720119.8076-5.4099
121.52160.84440.19641.6903-0.47071.769-0.15890.2426-0.2906-0.4810.1361-0.0906-0.0539-0.12570.00010.4279-0.02670.04370.3636-0.06550.372929.386110.8776-26.2988
130.8425-0.02180.20690.1822-0.56421.50020.18930.0522-0.5413-0.1969-0.318-0.14580.35410.362-0.02740.40350.08810.01970.2462-0.01620.729734.7621-2.172-21.8505
140.6498-0.1131-0.30630.3340.23180.6943-0.06090.3028-0.3916-0.3941-0.0604-0.34140.20490.07180.00060.5065-0.0202-0.01080.30610.00480.62230.02070.4514-18.5924
151.52891.3755-0.0031.22270.02930.62040.09430.0559-0.5552-0.0418-0.0476-0.0225-0.0548-0.0033-0.00040.42350.02010.00760.38070.03830.506533.889914.9786-18.0081
160.7136-0.2448-0.40581.49140.66191.52730.0082-0.059-0.20350.1901-0.12150.38770.1288-0.4788-0.00080.4269-0.0702-0.01380.62320.03830.6242-1.8022-53.645540.7647
170.88250.3722-0.54241.9741-0.24711.21820.0463-0.1068-0.07190.0289-0.0344-0.04020.1225-0.0906-0.00010.32150.0113-0.05930.40110.02560.400111.895-43.995939.4326
180.41060.3537-0.55281.1316-1.03651.02980.08070.07990.14330.23410.25960.2404-0.4226-0.07120.00940.53930.13310.09750.50180.03120.499610.2757-21.674839.2989
190.50740.3752-0.19540.63020.08670.55380.2186-0.19360.14830.38330.04060.33040.0394-0.28870.00030.45310.04520.07230.58060.05770.50466.3766-27.009240.6123
200.70060.817-0.53481.1475-0.24961.24630.1295-0.12570.02380.01760.0772-0.0919-0.0862-0.16860.00020.41370.04330.00990.43950.01880.450316.9763-34.704430.0339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 25 THROUGH 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 66 THROUGH 183 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 251 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 252 THROUGH 294 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 295 THROUGH 334 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 335 THROUGH 384 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 25 THROUGH 65 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 66 THROUGH 135 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 136 THROUGH 183 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 184 THROUGH 251 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 252 THROUGH 294 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 295 THROUGH 334 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 335 THROUGH 385 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 65 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 66 THROUGH 251 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 252 THROUGH 295 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'C' AND (RESID 296 THROUGH 334 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'C' AND (RESID 335 THROUGH 385 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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