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- PDB-5qac: OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 6c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qac
タイトルOXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 6c
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Oxacillinase / Inhibitor / Complex / OXA / Antibiotic resistance / beta-lactamase / fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-methoxyphenyl)benzoic acid / Beta-lactamase OXA-48
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lund, B.A. / Leiros, H.K.S.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - Oxacillinase-48: Synthesis, structural evaluation and inhibitor design.
著者: Akhter, S. / Lund, B.A. / Ismael, A. / Langer, M. / Isaksson, J. / Christopeit, T. / Leiros, H.S. / Bayer, A.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group
Item: _pdbx_deposit_group.group_title / _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32021年11月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,20215
ポリマ－112,9084
非ポリマー1,29411
水15,313850
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6155
ポリマ－28,2271
非ポリマー3884
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6155
ポリマ－28,2271
非ポリマー3884
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5173
ポリマ－28,2271
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4552
ポリマ－28,2271
非ポリマー2281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.161, 106.805, 124.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 25 through 36 or (resid 37...
21(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116...
31(chain C and (resid 25 through 36 or (resid 37...
41(chain D and (resid 25 through 36 or (resid 37...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRPTHRTHR(chain A and (resid 25 through 36 or (resid 37...AA25 - 363 - 14
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 25 through 36 or (resid 37...AA3715
13GLUGLUPROPRO(chain A and (resid 25 through 36 or (resid 37...AA24 - 2652 - 243
14GLUGLUPROPRO(chain A and (resid 25 through 36 or (resid 37...AA24 - 2652 - 243
15GLUGLUPROPRO(chain A and (resid 25 through 36 or (resid 37...AA24 - 2652 - 243
16GLUGLUPROPRO(chain A and (resid 25 through 36 or (resid 37...AA24 - 2652 - 243
21TRPTRPALAALA(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116...BB25 - 1143 - 92
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116...BB116 - 13794 - 115
23LEULEUILEILE(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116...BB139 - 170117 - 148
24PHEPHETRPTRP(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116...BB172 - 225150 - 203
25GLUGLUASNASN(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116...BB227 - 231205 - 209
26TRPTRPPROPRO(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116...BB233 - 265211 - 243
31TRPTRPTHRTHR(chain C and (resid 25 through 36 or (resid 37...CC25 - 363 - 14
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 25 through 36 or (resid 37...CC3715
33GLUGLUPROPRO(chain C and (resid 25 through 36 or (resid 37...CC24 - 2652 - 243
34GLUGLUPROPRO(chain C and (resid 25 through 36 or (resid 37...CC24 - 2652 - 243
35GLUGLUPROPRO(chain C and (resid 25 through 36 or (resid 37...CC24 - 2652 - 243
36GLUGLUPROPRO(chain C and (resid 25 through 36 or (resid 37...CC24 - 2652 - 243
41TRPTRPTHRTHR(chain D and (resid 25 through 36 or (resid 37...DD25 - 363 - 14
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 25 through 36 or (resid 37...DD3715
43TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 25 through 36 or (resid 37...DD25 - 2653 - 243
44TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 25 through 36 or (resid 37...DD25 - 2653 - 243
45TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 25 through 36 or (resid 37...DD25 - 2653 - 243
46TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 25 through 36 or (resid 37...DD25 - 2653 - 243

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28226.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-U4J / 3-(4-methoxyphenyl)benzoic acid / 4′-メトキシビフェニル-3-カルボン酸


分子量: 228.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 8-11% PEG 8000 and 4-8% 1-butanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87258 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87258 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.1 Å / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.73
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6465 / Num. unique obs: 38213 / Rrim(I) all: 0.72 / Net I/σ(I) obs: 2.28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 5dtk

5dtk


解像度: 2→49.1 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 3994 -
Rwork0.1736 --
obs-79863 99.51 %
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7919 0 164 850 8933
Biso mean--94.35 37.82 -
残基数----967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71711276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2164923
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5976X-RAY DIFFRACTION6.132TORSIONAL
12B5976X-RAY DIFFRACTION6.132TORSIONAL
13C5976X-RAY DIFFRACTION6.132TORSIONAL
14D5976X-RAY DIFFRACTION6.132TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02350.30541360.263425812717100
2.0235-2.04820.29991320.24826122744100
2.0482-2.07410.30061330.24222547268099
2.0741-2.10140.2691290.22326512780100
2.1014-2.13020.26441420.205825632705100
2.1302-2.16070.23971210.203426162737100
2.1607-2.19290.21451300.19722594272499
2.1929-2.22720.24741300.186925822712100
2.2272-2.26370.23911320.18925972729100
2.2637-2.30270.23261380.177825862724100
2.3027-2.34460.25761340.184726092743100
2.3446-2.38970.23921370.189526192756100
2.3897-2.43850.22681120.172725932705100
2.4385-2.49150.24031370.17492600273799
2.4915-2.54940.21391510.17062593274499
2.5494-2.61320.22051310.166525962727100
2.6132-2.68380.20081480.168825852733100
2.6838-2.76280.22381260.158726232749100
2.7628-2.8520.19131360.160426272763100
2.852-2.95390.19691200.162726412761100
2.9539-3.07210.19671380.165926142752100
3.0721-3.21190.19921360.16726412777100
3.2119-3.38120.19071460.16582622276899
3.3812-3.5930.18281470.163826052752100
3.593-3.87030.18971300.15092648277899
3.8703-4.25960.1871470.14572637278499
4.2596-4.87550.19091550.14752623277899
4.8755-6.14080.22931860.17626582844100
6.1408-49.11780.22731540.20722804295899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94641.0332-0.28714.3290.75561.9034-0.0457-0.13120.16910.25920.00840.6743-0.095-0.77440.07910.25480.06040.00210.58260.10340.1873-17.3726-1.545341.3988
26.09973.1278-0.60484.171-0.13792.2282-0.1371-0.15610.09630.19430.06740.0145-0.4133-0.093-0.02830.23440.0189-0.00520.2742-0.01720.1212-8.13050.625938.4058
31.9895-0.761-0.57991.6008-0.14581.8499-0.1062-0.171-0.05760.01740.07790.04620.414-0.06660.0150.2409-0.0527-0.02910.20450.03990.1766-1.7948-13.467135.4286
43.68112.1038-0.53763.0548-0.07671.4498-0.14-0.1694-0.363-0.64060.00870.01240.69080.05230.11780.4717-0.0034-0.00110.18270.01470.27630.9165-24.888816.8759
52.95020.5465-1.46143.2339-0.8191.80580.03970.1447-0.3594-0.10030.2391-0.11650.2417-0.2716-0.32190.3212-0.0614-0.04630.2071-0.00510.1701-5.2659-20.66717.933
62.63090.0535-0.61672.6368-1.06752.7511-0.0508-0.1061-0.1398-0.2881-0.1345-0.35570.3210.14750.12430.2620.00440.00760.15850.05550.22786.9536-21.941632.4962
70.8548-0.51880.07781.7415-0.5172.2688-0.0063-0.15640.04270.209-0.00580.060.0942-0.1240.06520.1933-0.0329-0.02890.22860.02340.18090.8095-11.936436.0139
81.4135-0.6734-0.20621.2769-1.05671.95910.03610.03410.0671-0.07790.0125-0.0410.1335-0.0516-0.06530.1819-0.0419-0.01390.1352-0.01610.1623-1.3717-9.201926.1315
92.35890.8501-0.25112.043-0.01712.44850.1018-0.1579-0.1776-0.00730.01760.31260.2117-0.3567-0.0590.1722-0.0130.00090.22170.05160.1827-8.3684-5.041831.6162
102.5752-0.8969-0.11927.2116-0.36663.46580.0790.2405-0.0403-0.003-0.01930.50930.02-0.3415-0.02480.1551-0.0366-0.00130.32750.06140.2127-16.9179-3.711630.4039
111.4752-0.53550.3471.99680.3281.62290.0433-0.359-0.16170.3074-0.20670.2631-0.2182-0.30480.13740.21290.03270.04890.3445-0.00780.1806-55.63461.810940.6702
121.98310.0360.26711.76960.04043.29750.0774-0.0557-0.1932-0.2713-0.004-0.08140.4564-0.014-0.08030.26370.01780.00350.16450.02750.2157-41.7002-16.638522.9043
130.8291-0.5609-0.21082.1803-0.97631.92270.0251-0.05480.00230.12070.07940.0116-0.09150.0048-0.10120.17510.0043-0.00870.19970.01420.1896-44.6942-5.514830.6867
142.40091.7083-0.34544.299-0.24432.1908-0.10910.0587-0.0931-0.17620.17990.1116-0.1165-0.2953-0.09940.15430.01930.00930.25620.05190.1921-58.6828-0.546731.7279
155.9819-3.1713-1.22775.24921.09523.125-0.27030.4772-0.2225-0.351-0.01390.4922-0.0236-0.10440.22990.2032-0.088-0.00240.23250.01460.1642-58.79052.8932-10.642
163.6131-2.92912.086.1422-2.36433.45530.0188-0.1007-0.3858-0.19470.18420.24510.4279-0.0299-0.13650.234-0.02390.04430.2141-0.02940.2015-51.1721-0.7782-7.0291
171.38210.69041.50141.20680.37342.6798-0.06040.08650.0569-0.07780.035-0.0226-0.0790.20330.06050.1822-0.01910.03690.198-0.0030.2057-40.870811.6844-1.3877
182.4473-2.2645-0.66255.3059-0.10080.4117-0.0717-0.0410.02060.37370.12670.1172-0.0577-0.0099-0.01010.266-0.0649-0.05030.2327-0.06010.2179-38.499721.073316.8915
191.71561.41011.17074.36620.24561.68450.0476-0.19090.11650.44180.1395-0.29270.12710.1937-0.08740.25970.0092-0.00950.2183-0.00460.1808-45.484518.363515.0609
203.3221-1.2674-0.28984.98291.97724.1774-0.09670.06260.0444-0.31170.0714-0.5665-0.26980.31530.05810.1868-0.03070.02160.22250.01580.2394-30.88217.49244.7857
211.0957-0.0689-0.29281.2664-0.79671.6759-0.02410.0718-0.0451-0.1041-0.0541-0.25430.00210.28220.06110.2021-0.00310.02360.2327-0.01050.2291-36.38318.45831.1275
220.8292-0.76770.0274.0245-2.47643.307-0.0884-0.0170.028-0.1490.1199-0.23170.06710.0084-0.13060.1639-0.02150.00010.1582-0.01260.1712-50.12379.90954.5666
231.1528-0.79290.63531.5291-0.05461.4938-0.05680.0004-0.04260.08790.13140.00160.1548-0.0971-0.02540.2262-0.01470.02960.22450.00850.1793-50.49023.82290.8008
241.90460.6436-0.422.1518-0.62992.6139-0.0252-0.0752-0.1294-0.3111-0.01740.05570.2189-0.2084-0.00490.1402-0.0614-0.010.17970.0230.1678-59.13074.61761.1676
250.6164-0.2097-0.16462.135-0.32932.17660.05920.0562-0.0894-0.3136-0.06250.3680.2233-0.49630.02760.2284-0.0047-0.03920.3104-0.01630.2178-7.2424-0.8863-7.6671
263.5026-0.7548-1.24232.86841.70933.814-0.1161-0.1486-0.15950.4186-0.1098-0.17740.3230.23740.17360.19470.0193-0.03190.1290.02410.19711.34387.172214.1718
271.5362-0.49940.28447.98430.63491.9802-0.1296-0.07910.22040.30630.18450.1456-0.23110.0048-0.13190.23420.03250.02790.193-0.00590.1783-0.55216.927915.2201
284.6583-2.1343-1.48283.68161.3622.466-0.01670.12430.1039-0.09230.0416-0.2386-0.01910.1944-0.0280.1378-0.0301-0.02370.14030.02680.172713.035912.88694.9585
290.78760.1168-0.16061.607-0.86941.4041-0.0410.0738-0.0131-0.15090.014-0.08930.14060.01060.03910.17530.00790.01250.186-0.01630.17087.77863.34281.1376
300.4374-0.3738-0.10082.164-0.31921.45880.110.00920.0314-0.0867-0.0530.17150.0274-0.121-0.03080.1544-0.0138-0.01590.22030.00910.1988-6.22121.74892.4743
311.8430.7177-0.11271.8165-0.26652.5884-0.0933-0.2814-0.0860.18790.21620.86510.3002-0.3915-0.150.2225-0.04480.02880.38410.01570.2966-15.0717-0.39381.0578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 38 )A25 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 56 )A39 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 82 )A57 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 102 )A83 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 103 through 119 )A103 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 120 through 155 )A120 - 155
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 177 )A156 - 177
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 178 through 218 )A178 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 219 through 243 )A219 - 243
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 244 through 265 )A244 - 265
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 25 through 68 )B25 - 68
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 69 through 141 )B69 - 141
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 142 through 231 )B142 - 231
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 232 through 265 )B232 - 265
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 25 through 38 )C25 - 38
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 39 through 58 )C39 - 58
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 59 through 82 )C59 - 82
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 83 through 102 )C83 - 102
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 103 through 119 )C103 - 119
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 120 through 141 )C120 - 141
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 142 through 194 )C142 - 194
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 195 through 218 )C195 - 218
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 219 through 243 )C219 - 243
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 244 through 265 )C244 - 265
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 25 through 74 )D25 - 74
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 75 through 92 )D75 - 92
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 93 through 119 )D93 - 119
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 120 through 141 )D120 - 141
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 142 through 194 )D142 - 194
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 195 through 243 )D195 - 243
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 244 through 265 )D244 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る