温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16 mg/ml protein in 20mM Tris/HCl pH 8.4, 5 mM benzamidine, 0.1 M NaCl, 50 mM CaCl2 mixed 1+1 with 32-35% AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 4000, 0.1 M Bicine-NaOH pH 8.5, 15% glycerol
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54177 Å
検出器
タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月19日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.54177 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.84→49.67 Å / Num. obs: 46187 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 9.57 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.22
反射 シェル
解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 7.07 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.363 / Rejects: 0 / % possible all: 90.1
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
REFMAC
5.4.0077
精密化
PDB_EXTRACT
3.22
データ抽出
DENZO
データ削減
SADABS
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: inhouse model 解像度: 1.84→47.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.894 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: the numbering follows that of the unprocessed precursor Gln426 omitted due to lack of clear electron density. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.1998
2320
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.1853
-
-
-
obs
0.186
43544
98 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK