+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5p94 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | humanized rat catechol O-methyltransferase in complex with 5-(4-fluorophenyl)-2,3-dihydroxy-N-[[3-[(1H-indazol-5-ylamino)methyl]phenyl]methyl]benzamide at 1.20A | ||||||
要素 | Catechol O-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / renal filtration / developmental process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / negative regulation of dopamine metabolic process / renal albumin absorption / catecholamine metabolic process / habituation / artery development / response to salt / short-term memory / S-adenosylmethionine metabolic process / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / cellular response to phosphate starvation / glomerulus development / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to corticosterone / response to pain / prostaglandin metabolic process / dopamine metabolic process / glycogen metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / : / learning / kidney development / response to cytokine / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / memory / cognition / regulation of blood pressure / response to wounding / response to estrogen / gene expression / cell body / methylation / postsynaptic membrane / postsynapse / vesicle / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / glutamatergic synapse / dendrite / magnesium ion binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of a COMT complex 著者: Lerner, C. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5p94.cif.gz | 116.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5p94.ent.gz | 87.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5p94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5p94_validation.pdf.gz | 690 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5p94_full_validation.pdf.gz | 692 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5p94_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5p94_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/5p94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/5p94 | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002009 (8エントリ) |
---|---|
タイトル | Crystal Structure of COMT complex |
タイプ | undefined |
解説 | Crystal Structure of COMT complex |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24694.332 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM (UNP RESIDUES 44-264) / 変異: M91I, Y95C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase |
---|
-非ポリマー , 6種, 272分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NHE / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-76T / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→40.32 Å / Num. obs: 68073 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.92 % / Biso Wilson estimate: 14.203 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 16.22 / Num. measured all: 334657 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: inhouse model 解像度: 1.2→40.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.003 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.31 Å2 / Biso mean: 9.933 Å2 / Biso min: 4.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→40.32 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
|