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- PDB-5oy0: Structure of synechocystis photosystem I trimer at 2.5A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oy0
タイトルStructure of synechocystis photosystem I trimer at 2.5A resolution
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 4
  • (Photosystem I iron-sulfur ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 14
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem I / reaction center / cyanobacteria / electron transfer chain / synechocystis
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK ...Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / : / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-carotene-4,4'-dione / ACETATE ION / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE ...beta,beta-carotene-4,4'-dione / ACETATE ION / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Chem-ZEX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Nelson, N. / Malavath, T. / Caspy, I.
資金援助 ベルギー, イスラエル, 2件
組織認可番号国
European Research Council293579 ベルギー
ISF71/14 イスラエル
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Structure and function of wild-type and subunit-depleted photosystem I in Synechocystis.
著者: Malavath, T. / Caspy, I. / Netzer-El, S.Y. / Klaiman, D. / Nelson, N.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年10月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_src_nat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_asym.entity_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 2.12019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
3: Photosystem I iron-sulfur center
4: Photosystem I reaction center subunit II
5: Photosystem I reaction center subunit IV
6: Photosystem I reaction center subunit III
h: Photosystem I reaction center subunit VIII
7: Photosystem I reaction center subunit IX
8: Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
0: Photosystem I reaction center subunit XI
9: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,087,723476
ポリマ－746,42833
非ポリマー341,294443
水16,015889
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.170, 137.622, 225.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 4種, 6分子 AaB2b1

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83036.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29254, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 81369.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29255, photosystem I
#12: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 81167.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29255, photosystem I
#16: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 82280.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29254, photosystem I

-
Photosystem I iron-sulfur ... , 2種, 3分子 C3c

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8706.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P32422, photosystem I
#13: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8837.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P32422, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 14種, 24分子 DdE5Ff6IiJj7KLlMm9ek4h80

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15663.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P19569
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 7680.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P12975
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 15791.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29256
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 4414.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55330
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4535.415 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55329
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I subunit X 2


分子量: 8237.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P74564
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16631.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P37277
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3382.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P72986
#14: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 7552.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P12975
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I subunit X 2


分子量: 8037.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P74564
#17: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15532.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P19569
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 4227.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55330
#19: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I subunit X 2


分子量: 8124.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P74564
#20: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16300.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P37277

-
糖 , 2種, 6分子

#35: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#37: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 16種, 1326分子

#21: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#22: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#23: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#24: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#25: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#27: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#28: 化合物 ChemComp-45D / beta,beta-carotene-4,4'-dione / Isomer of Canthaxanthin / カンタキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#29: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#30: 化合物
ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#31: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#32: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#33: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物
ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#36: 化合物 ChemComp-EQ3 / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3'-Hydroxyechinenone, 3'-OH-Echinenone / 3′-ヒドロキシエキネノン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2
#38: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 3350, magnesium chloride, tricine, glycine, magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 395994 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 23.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 21.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2947: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.501→49.481 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 7881 1.99 %
Rwork0.2276 --
obs0.2283 395994 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→49.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数52782 0 23440 889 77111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00580232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.412112844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.83332578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0639961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01813267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5008-2.52920.38822650.356912420X-RAY DIFFRACTION96
2.5292-2.5590.3562500.342412724X-RAY DIFFRACTION98
2.559-2.59020.37332800.34412773X-RAY DIFFRACTION99
2.5902-2.6230.35812730.340212791X-RAY DIFFRACTION99
2.623-2.65750.41682690.345112866X-RAY DIFFRACTION99
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6282-0.08450.05410.77830.0340.3878-0.02730.2062-0.0354-0.2605-0.0242-0.06150.03350.0832-0.02530.43580.00530.09860.33720.00990.3894139.2278-67.7845-20.5694
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 5004) or (chain 'B' and resid 1 through 5005) or (chain 'C' and resid 2 through 3003) or (chain 'D' and resid 1 through 141) or (chain 'E' and resid 1 through 70) or (chain 'F' and resid 1 through 4016) or (chain 'I' and resid 1 through 4020) or (chain 'J' and resid 1 through 4013) or (chain 'K' and resid 9 through 1402) or (chain 'L' and resid 1 through 6001) or (chain 'M' and resid 1 through 4021)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'a' and resid 1 through 5004) or (chain 'b' and resid 3 through 5006) or (chain 'c' and resid 2 through 3003) or (chain 'd' and resid 1 through 141) or (chain 'e' and resid 1 through 69) or (chain 'f' and resid 1 through 4016) or (chain 'i' and resid 1 through 4020) or (chain 'j' and resid 1 through 4013) or (chain 'k' and resid 9 through 4001) or (chain 'l' and resid 1 through 5003) or (chain 'm' and resid 1 through 4021)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain '1' and resid 1 through 5004) or (chain '2' and resid 4 through 5005) or (chain '3' and resid 2 through 3003) or (chain '4' and resid 1 through 141) or (chain '5' and resid 1 through 74) or (chain '6' and resid 1 through 4016) or (chain 'h' and resid 1 through 4020) or (chain '7' and resid 1 through 4013) or (chain '8' and resid 9 through 4001) or (chain '0' and resid 4 through 6001) or (chain '9' and resid 1 through 4021)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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