PDB-5opa: The crystal structure of P450 CYP121 in complex with lead compound 7b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5opa

タイトル

The crystal structure of P450 CYP121 in complex with lead compound 7b

要素

Mycocyclosin synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.345 Å

データ登録者

Levy, C.W.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Novel Aryl Substituted Pyrazoles as Small Molecule Inhibitors of Cytochrome P450 CYP121A1: Synthesis and Antimycobacterial Evaluation.
著者: Taban, I.M. / Elshihawy, H.E.A.E. / Torun, B. / Zucchini, B. / Williamson, C.J. / Altuwairigi, D. / Ngu, A.S.T. / McLean, K.J. / Levy, C.W. / Sood, S. / Marino, L.B. / Munro, A.W. / de ...

履歴

登録	2017年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5opa.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5opa.ent.gz	150.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5opa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5opa_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5opa_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5opa_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	5opa_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o4kC 5o4lC 5op9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n40-d 6rq1-d 6rq3-d 6geo-d 6rqe-d 5ibd-d 4dku-1 5ibe-d 4g2g-d 6rq6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mycocyclosin synthase

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.887, 77.887, 263.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-875- HOH
2	1	A-908- HOH
3	1	A-920- HOH
4	1	A-995- HOH
5	1	A-1067- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Mycocyclosin synthase / Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2 分子量: 43305.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌) 遺伝子: cyp121, MT2336 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPP6, EC: 1.14.21.9

-
非ポリマー , 5種, 580分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-A2W / 3-(4-fluorophenyl)-4-(imidazol-1-ylmethyl)-1-phenyl-pyrazole 分子量: 318.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅FN₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 800 nL drops with protein-to-mother liquor at a ratio of 1:1, by vapor diffusion in 1.5 to 2.1 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium MES or Cacodylate from pH 5.5 to 6.15

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.345→53.5 Å / Num. obs: 105311 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 15.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0677 / R_pim(I) all: 0.01637 / Net I/σ(I): 24.27
反射シェル	解像度: 1.345→1.393 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.5036 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 9991 / CC_1/2: 0.798 / R_pim(I) all: 0.235 / % possible all: 96.27

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12rc1_2807: ???)	精密化
xia2		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: In house model

解像度: 1.345→53.5 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.88

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1574	5301	5.03 %	Random
R_work	0.1303	-	-	-
obs	0.1317	105317	99.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.345→53.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3026	0	99	572	3697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	3404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.764	4674
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.357	1276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	609

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3449-1.3602	0.2272	173	0.2107	3084	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3602-1.3762	0.2317	156	0.2027	3180	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3762-1.393	0.2441	148	0.1805	3263	X-RAY DIFFRACTION	98
1.393-1.4106	0.2219	164	0.1593	3259	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4106-1.4292	0.2016	172	0.1423	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4292-1.4488	0.1603	167	0.1302	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4488-1.4695	0.1684	174	0.1173	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4695-1.4914	0.1698	179	0.1077	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4914-1.5147	0.1511	171	0.1052	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5147-1.5395	0.137	183	0.0971	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5395-1.5661	0.1339	155	0.0973	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5661-1.5946	0.1338	181	0.1011	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5946-1.6252	0.1444	169	0.1036	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6252-1.6584	0.1285	178	0.1022	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6584-1.6945	0.134	168	0.1038	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6945-1.7339	0.1427	155	0.1108	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7339-1.7773	0.1406	196	0.1139	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7773-1.8253	0.1442	177	0.1123	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8253-1.879	0.1616	172	0.116	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
1.879-1.9397	0.1392	190	0.118	3326	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9397-2.009	0.1622	174	0.1228	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.009-2.0894	0.16	178	0.1161	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0894-2.1845	0.1312	188	0.116	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1845-2.2997	0.1354	186	0.115	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2997-2.4438	0.1426	182	0.1158	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4438-2.6325	0.1371	185	0.1248	3371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6325-2.8974	0.1682	190	0.1376	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8974-3.3166	0.1413	184	0.1443	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3166-4.1785	0.1473	201	0.1414	3498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1785-60.1029	0.2189	205	0.164	3755	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 580分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 580分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 580分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)