PDB-5ohi: Crystal structure of autotaxin in complex with BI-2545

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ohi

タイトル

Crystal structure of autotaxin in complex with BI-2545

要素

Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

キーワード

HYDROLASE / PHOSPHOLIPASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

dinucleotide phosphatase activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Hoerer, S.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Discovery of BI-2545: A Novel Autotaxin Inhibitor That Significantly Reduces LPA Levels in Vivo.
著者: Kuttruff, C.A. / Ferrara, M. / Bretschneider, T. / Hoerer, S. / Handschuh, S. / Nosse, B. / Romig, H. / Nicklin, P. / Roth, G.J.

履歴

登録	2017年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年10月3日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ohi.cif.gz	359.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ohi.ent.gz	286.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ohi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ohi_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ohi_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5ohi_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	5ohi_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5olbC 3nkmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3waw-d 3nkp-d 6y5m-d 5l0b-1 3nko-d 3nkr-d 3nkq-d 5l0k-2 5olb-d 1zga-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

ヘテロ分子

98.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.057, 93.779, 75.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD 分子量: 95513.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Npps2, Pdnp2 / プラスミド: pCDNA5/FRT / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Gnt1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9R1E6, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

#1: タンパク質

Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD

分子量: 95513.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Npps2, Pdnp2 / プラスミド: pCDNA5/FRT / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Gnt1 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9R1E6, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 8種, 572分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物	ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / テトラエチレングリコ-ルジエチルエ-テル分子量: 250.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₅
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物	ChemComp-9V8 / [3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]methyl (1~{S},5~{R})-6-[(1~{H}-benzotriazol-5-ylcarbonylamino)methyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-3-carboxylate 分子量: 527.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₉F₆N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	PROTEIN USED IN THIS STRUCTURE IS AN ISOFORM OF ANTOTAXIN FROM MOUSE, WHICH IS LACK OF RESIDUES ...PROTEIN USED IN THIS STRUCTURE IS AN ISOFORM OF ANTOTAXIN FROM MOUSE, WHICH IS LACK OF RESIDUES KVEP (UNP RESDIUES 571-574 OF DATABASE ENPP2_MOUSE).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1 %w/v Polyvinylpyrolidine (PVP K15)21 %w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M ZnSO4, 0.5 M KSCN and 0.1 M BIS-TRIS at pH8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.90996 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.90996 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→75.417 Å / Num. obs: 98475 / % possible obs: 69.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.08 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.04 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.662→1.722 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 3.334 / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 188 / CC_1/2: 0.0794 / R_pim(I) all: 2.18 / R_sym value: 3.995 / % possible all: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC	1.1.7	データ収集
XDS	May 1 2016	データ削減
autoPROC	1.1.7	データスケーリング
Aimless	0.5.31	データスケーリング
BUSTER	2.11.7	精密化
PHASER	2.5.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NKM

3nkm

解像度: 1.66→39.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.137 / SU R_free Blow DPI: 0.118 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.117

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	3319	4.81 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.171	68935	68.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4203 Å²	0 Å²	-0.2531 Å²
2-	-	1.6795 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2592 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→39.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6299	0	200	563	7062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	6760	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.96	9206	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2356	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		153	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		964	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6760	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.38
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		874	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		8185	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.66→1.7 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	11	8.33 %
R_work	0.3176	188	-
obs	-	-	1.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.2298 Å / Origin y: -23.1583 Å / Origin z: 35.6996 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.139 Å²	0.0078 Å²	-0.0207 Å²	-	-0.1415 Å²	-0.0074 Å²	-	-	-0.1355 Å²
L	1.0749 °²	0.334 °²	-0.2052 °²	-	0.6942 °²	-0.0408 °²	-	-	1.0349 °²
S	-0.0834 Å °	0.031 Å °	-0.014 Å °	-0.1099 Å °	0.0554 Å °	0.0463 Å °	0.0419 Å °	0.0171 Å °	0.028 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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