PDB-5oha: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oha

タイトル

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with 2-Thiohydantoin

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Teratogenicity / Protein degradation / Substrate recognition / Ubiquitin ligase

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / 2-sulfanylideneimidazol-4-one / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Boichenko, I. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2018
タイトル: Chemical Ligand Space of Cereblon.
著者: Boichenko, I. / Bar, K. / Deiss, S. / Heim, C. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. / Hartmann, M.D.

履歴

登録	2017年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.2	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oha.cif.gz	143.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oha.ent.gz	112.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oh1C 5oh2C 5oh3C 5oh4C 5oh7C 5oh8C 5oh9C 5ohbC 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ami-1 5oh7-1 5oh9-1 4mmj-d 7bni-1 5ohb-1 6r11-2 4v31-2 6r12-2 4v2y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

41.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.595, 59.851, 88.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13703.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-9UW / 2-sulfanylideneimidazol-4-one 分子量: 114.126 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂N₂OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→37.3 Å / Num. obs: 44117 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.41 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 3.39 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 6967 / CC_1/2: 0.79 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4V2Y

4v2y

解像度: 1.55→37.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.229 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19697	2205	5 %	RANDOM
R_work	0.16106	-	-	-
obs	0.16284	41911	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.459 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.51 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.55→37.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2431	0	24	187	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.921	1.922	3535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.843	3	5383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.146	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.334	21.765	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.343	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.554	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.874	6.109	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.866	6.103	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.804	10.185	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.804	10.189	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.395	7.908	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.38	7.909	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.092	12.485	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.879	31.673	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.85	30.782	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	156	-
R_work	0.261	2996	-
obs	-	-	97.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0677	0.27	1.0716	1.2941	0.9982	4.0633	0.0572	0.0739	-0.2011	-0.0012	-0.0112	0.0686	0.1704	-0.0332	-0.046	0.022	0.0117	-0.0098	0.0415	-0.0356	0.0498	19.0819	17.7069	2.1734
2	2.7898	-1.072	0.3411	2.3706	-0.6716	2.2178	0.0301	0.0023	-0.183	0.0184	-0.0311	0.1284	-0.0097	0.0265	0.001	0.0602	-0.0121	0.0105	0.006	0.0001	0.0198	31.9644	7.4922	23.8765
3	3.6623	1.4704	1.0862	3.6615	-0.0666	3.2287	0.0777	-0.0958	-0.1675	-0.1264	0.0091	0.4301	0.2939	-0.5752	-0.0868	0.1651	-0.0444	0.0204	0.2092	-0.0191	0.1582	27.9199	-6.3361	-6.9572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	18 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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