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- PDB-5ogl: Structure of bacterial oligosaccharyltransferase PglB in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ogl
タイトルStructure of bacterial oligosaccharyltransferase PglB in complex with an acceptor peptide and an lipid-linked oligosaccharide analog
要素
  • Substrate mimicking peptide
  • Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Oligosaccharyltransferase / Complex / Protein N-glycosylation / Bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


undecaprenyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / glycosyltransferase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
STT3 subunit PglB, C-terminal beta-barrel domain / STT3/PglB C-terminal beta-barrel domain / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9UB / : / Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter lari (カンピロバクター)
Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Napiorkowska, M. / Boilevin, J. / Sovdat, T. / Darbre, T. / Reymond, J.-L. / Aebi, M. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of lipid-linked oligosaccharide recognition and processing by bacterial oligosaccharyltransferase.
著者: Napiorkowska, M. / Boilevin, J. / Sovdat, T. / Darbre, T. / Reymond, J.L. / Aebi, M. / Locher, K.P.
履歴
登録2017年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
B: Substrate mimicking peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6766
ポリマ－83,8912
非ポリマー7854
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.940, 116.180, 172.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase / Protein glycosylation B


分子量: 83037.312 Da / 分子数: 1
変異: K2E, C17A, C30A, A108T, C360L, N535Q, Q536K, K549P, D550N, F553I, N556P, A600P, A602D, T606K, T607Q, V610I, M611T, I619S, F622Y, A624S, V627I, A630N, F663Y, F670Y
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter lari (strain RM2100 / D67 / ATCC BAA-1060) (カンピロバクター)
株: RM2100 / D67 / ATCC BAA-1060 / 遺伝子: pglB, Cla_1253 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B9KDD4, undecaprenyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#2: タンパク質・ペプチド Substrate mimicking peptide


分子量: 853.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

-
非ポリマー , 4種, 24分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-9UB / [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid


分子量: 651.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H51NO11P2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.4
詳細: 0.1M glycine pH 9.4, 0.12M lithium sulfate, 29-31% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.767 Å / Num. obs: 46914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08725 / Rrim(I) all: 0.09107 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique all: 4593 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RCE

3rce


解像度: 2.7→47.767 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 25.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 4481 5.03 %
Rwork0.2171 --
obs0.2185 46899 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5875 0 46 20 5941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1178233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9313545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6999-2.73050.40141450.36812748X-RAY DIFFRACTION100
2.7305-2.76260.4191520.36952855X-RAY DIFFRACTION100
2.7626-2.79630.39131490.35812801X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-2.83170.34911500.31892806X-RAY DIFFRACTION100
2.8317-2.8690.31631520.29582831X-RAY DIFFRACTION100
2.869-2.90830.40011490.29222860X-RAY DIFFRACTION100
2.9083-2.94980.36661480.3052781X-RAY DIFFRACTION100
2.9498-2.99380.35071550.28162865X-RAY DIFFRACTION100
2.9938-3.04060.26211480.26472815X-RAY DIFFRACTION100
3.0406-3.09050.32161490.27632813X-RAY DIFFRACTION100
3.0905-3.14370.3321500.26232817X-RAY DIFFRACTION100
3.1437-3.20090.30281500.26362819X-RAY DIFFRACTION100
3.2009-3.26240.25991460.24822815X-RAY DIFFRACTION100
3.2624-3.3290.2471530.24532844X-RAY DIFFRACTION100
3.329-3.40140.31851510.25892813X-RAY DIFFRACTION100
3.4014-3.48050.24271490.21142837X-RAY DIFFRACTION100
3.4805-3.56750.21411460.21092778X-RAY DIFFRACTION100
3.5675-3.66390.24811540.20762881X-RAY DIFFRACTION100
3.6639-3.77170.24221480.20292804X-RAY DIFFRACTION100
3.7717-3.89340.23561520.19722800X-RAY DIFFRACTION100
3.8934-4.03250.18591490.19052851X-RAY DIFFRACTION100
4.0325-4.19380.25181490.19342821X-RAY DIFFRACTION100
4.1938-4.38460.21141480.18532828X-RAY DIFFRACTION100
4.3846-4.61560.21971520.18672828X-RAY DIFFRACTION100
4.6156-4.90450.2061480.17362818X-RAY DIFFRACTION100
4.9045-5.28270.1981440.1732835X-RAY DIFFRACTION100
5.2827-5.81350.20391500.19822819X-RAY DIFFRACTION100
5.8135-6.65280.21571510.20992821X-RAY DIFFRACTION100
6.6528-8.37450.22391520.20552841X-RAY DIFFRACTION100
8.3745-47.77450.26351420.24022798X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3347-0.11490.16241.51380.44552.79320.06870.0765-0.06210.17520.0150.0334-0.12820.1473-0.07750.3821-0.0340.05950.4153-0.03660.556692.386235.3888190.8281
27.3868-0.14914.46394.4829-0.28669.0056-0.1352-1.11770.50581.35660.35640.2939-1.4223-0.8653-0.1471.14360.06020.22680.6861-0.12441.031983.709761.2368215.7109
35.58892.0088-2.37552.6588-2.8042.91550.1064-0.62140.85830.42460.03060.2522-1.7323-0.2794-0.06231.43310.0387-0.1491.1729-0.11781.366572.04844.9204182.5519
46.14891.1686-0.67613.9584-4.42235.06170.2026-0.6834-0.53990.705-0.1412-0.29471.12050.14550.05531.50020.014-0.03890.7245-0.01790.805293.468514.0307225.3915
58.97765.0767-4.04026.1596-0.93137.75210.48131.43971.966-0.9429-0.27150.9445-1.3385-0.1431-0.27811.1730.1302-0.16610.76650.17751.195880.328749.9258160.2624
68.81262.39583.93485.9753.05086.34690.68960.2874-2.67160.2820.1424-0.26712.08870.8509-0.6621.02840.1093-0.12190.7686-0.07341.326985.86667.7574167.758
78.08116.47583.76445.58014.43477.3171-0.1475-0.9189-0.3125-0.1953-0.31180.6718-0.6188-0.21320.44210.6866-0.04630.11490.5664-0.08240.657988.238630.0744185.6597
80.04150.0107-0.03530.0043-0.01040.0349-0.01090.06090.0422-0.05910.0514-0.051-0.0325-0.01350.00010.9957-0.11440.10630.7398-0.15411.057784.531341.6961194.9064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 2:237) or (resseq 282:293) or (resseq 310:395) or (resseq 423:528) or (resseq 559:598) or (resseq 635:711))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 238:281))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 294:309))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 396:422))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 529:558))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resseq 599:634))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Q'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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