PDB-5ofi: PllA lectin, Fluorophore carbohydrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ofi

タイトル

PllA lectin, Fluorophore carbohydrate complex

要素

PIIA

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / PIIA / Complex / Lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Photorhabdus luminescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Photorhabdus luminescens lectin A (PllA): A new probe for detecting alpha-galactoside-terminating glycoconjugates.
著者: Beshr, G. / Sikandar, A. / Jemiller, E.M. / Klymiuk, N. / Hauck, D. / Wagner, S. / Wolf, E. / Koehnke, J. / Titz, A.

履歴

登録	2017年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ofi.cif.gz	400.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ofi.ent.gz	330.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ofi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ofi_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ofi_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5ofi_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	5ofi_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5ofi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5ofi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oduC 5ofxC 5ofzC 1l7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5odu-2 5odu-4 5odu-3 4kue-1 4kue-2 4kuh-4 4kuh-1 6fqi-d 4pze-4 4pze-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: PIIA

A: PIIA

B: PIIA

D: PIIA

E: PIIA

F: PIIA

G: PIIA

H: PIIA

ヘテロ分子

107 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: PIIA

B: PIIA

E: PIIA

G: PIIA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, DLS
53.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: PIIA

D: PIIA

ヘテロ分子

F: PIIA

H: PIIA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: PIIA

H: PIIA

ヘテロ分子

A: PIIA

D: PIIA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.564, 134.331, 153.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PIIA 分子量: 12969.544 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: plu2096 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N561
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-9TQ / 5-[2-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyethylcarbamothioylamino]-2-(6-oxidanyl-3-oxidanylidene-4,9-dihydroxanthen-9-yl)benzoic acid 分子量: 614.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₂O₁₁S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M DL-Malic acid, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.56 Å / Num. obs: 65944 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 43402 / Num. unique all: 9603 / CC_1/2: 0.92 / R_pim(I) all: 0.213 / R_rim(I) all: 0.477 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L7L

1l7l

解像度: 2→45.671 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	3335	5.06 %
R_work	0.1762	-	-
obs	0.1787	65904	95.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7264	0	180	885	8329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.681	10432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.509	4420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0286	0.2826	136	0.2299	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0286-2.0589	0.3078	141	0.2332	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0589-2.091	0.2702	134	0.2335	2591	X-RAY DIFFRACTION	97
2.091-2.1253	0.2693	128	0.2165	2498	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1253-2.162	0.2745	110	0.208	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.162-2.2013	0.2653	145	0.2088	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2013-2.2436	0.2753	159	0.2028	2578	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2436-2.2894	0.2374	161	0.1931	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2894-2.3392	0.2143	141	0.195	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3392-2.3936	0.2458	158	0.1992	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3936-2.4534	0.2578	142	0.1999	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4534-2.5198	0.2425	130	0.1842	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5198-2.5939	0.2495	141	0.1878	2618	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5939-2.6776	0.2488	125	0.1884	2617	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6776-2.7733	0.2832	108	0.1816	2491	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7733-2.8843	0.2472	133	0.1787	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8843-3.0156	0.2003	136	0.1821	2666	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0156-3.1745	0.2135	155	0.1664	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1745-3.3734	0.2066	151	0.1604	2610	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3734-3.6337	0.2111	134	0.1594	2629	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6337-3.9992	0.2023	112	0.1485	2520	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9992-4.5775	0.1896	151	0.132	2598	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5775-5.7653	0.2038	163	0.1412	2588	X-RAY DIFFRACTION	93
5.7653-45.6829	0.2178	141	0.2066	2587	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8332	1.3553	-0.1073	3.9431	-3.0092	7.1707	0.1675	0.2327	-0.5222	-0.127	0.1304	0.0851	0.6655	-0.1299	-0.2725	0.1954	-0.0318	-0.0487	0.2212	-0.0648	0.3337	11.5972	-9.9882	-37.3311
2	1.899	-0.0743	0.8474	2.6261	-1.4375	2.4923	-0.0325	0.4267	-0.0651	-0.1326	0.0732	0.0747	-0.0102	0.0185	-0.0612	0.1268	0.015	-0.0077	0.252	0.0038	0.181	16.9301	1.2836	-37.9343
3	4.8323	2.6223	-0.0791	3.9143	-1.5957	6.5296	0.3982	0.5606	-0.2329	0.1123	0.3201	0.8656	-0.4343	-1.1366	-0.5923	0.2104	0.0723	-0.0152	0.2726	0.0771	0.3973	8.1462	-1.2295	-29.1691
4	1.9314	-0.4076	1.217	1.1694	-1.3354	2.7972	0.023	0.1229	-0.299	-0.0047	0.1458	0.1739	0.0523	-0.2443	-0.1661	0.1616	0.0044	0.0065	0.2088	-0.0164	0.227	11.7627	-2.2761	-33.5992
5	1.1978	-0.2	0.5693	1.5084	-2.5633	6.8854	0.0346	0.0104	-0.2926	0.005	0.1816	0.1468	0.4512	-0.1404	-0.2456	0.168	0.0102	-0.0073	0.1392	-0.0094	0.2884	16.4547	-11.1961	-22.9206
6	1.515	-0.7801	1.0159	3.4763	-2.7631	3.3019	-0.1252	-0.2756	0.3283	0.1122	-0.0341	-0.2183	-0.2022	-0.1348	0.1883	0.2424	0.0339	-0.0054	0.3329	-0.1433	0.3489	14.8574	-26.0268	-40.8339
7	1.7855	-0.8114	-0.7322	3.461	-1.3965	5.7198	0.1384	0.0714	0.4568	-0.1219	0.0646	0.0128	-0.0077	-0.3002	-0.183	0.1546	0.0182	0.0031	0.245	-0.0436	0.23	17.7868	-27.5216	-53.4663
8	2.5039	0.7137	0.1865	4.2242	-1.065	1.5096	0.1226	-0.1641	-0.0229	0.1217	-0.2192	0.1384	-0.0177	0.0718	0.1309	0.148	-0.036	0.0062	0.3163	-0.0908	0.1765	21.2255	-41.7928	-33.3726
9	6.3222	-2.6937	3.1684	6.6277	-3.7446	2.6378	0.2674	-0.5011	0.1798	-0.014	-0.0201	0.859	0.1214	-1.0118	-0.2282	0.242	-0.0089	-0.0028	0.41	-0.0575	0.3151	11.4305	-35.2178	-48.5232
10	1.5035	0.5807	-0.244	0.7062	-1.0165	1.7585	0.0393	-0.0416	0.2143	0.0358	-0.0515	0.1278	-0.0472	-0.0667	0.0176	0.1734	0.002	0.0099	0.2898	-0.1155	0.2439	16.9497	-31.8567	-44.7987
11	1.7177	-0.24	-1.2033	4.4749	3.7258	3.6882	-0.0323	0.3093	-0.2804	-0.2297	-0.1644	0.038	0.0852	-1.3247	0.1335	0.2151	-0.0182	0.0063	0.3544	0.0501	0.3248	15.7918	-24.7078	-68.849
12	3.3069	-0.6017	0.5668	3.3828	-2.4917	2.5066	-0.0411	0.243	0.0238	0.1095	-0.03	0.0343	-0.1186	0.0673	0.0438	0.1611	-0.0156	0.0039	0.1477	-0.0432	0.1355	35.424	1.8002	-30.5245
13	1.6495	-0.1651	1.1423	3.143	-3.2447	5.4473	0.0772	1.0367	-0.3459	-0.2234	-0.2911	-0.0272	0.3216	0.5961	0.2244	0.1848	0.0039	-0.0015	0.3848	-0.0392	0.2026	35.41	-1.0934	-40.6101
14	1.1695	0.8062	-0.6515	2.466	-1.7147	2.1245	-0.0003	0.1046	-0.1911	0.0821	-0.0891	-0.0161	0.0527	0.0556	0.0767	0.1302	0.0174	-0.0101	0.1512	-0.0296	0.189	36.2177	-4.5652	-28.8975
15	1.5086	1.2926	-2.0493	6.0788	-2.1924	9.0684	-0.2505	0.1231	0.1057	-0.8001	0.1019	0.1179	-0.0194	-0.5192	0.0369	0.3423	0.0105	-0.0373	0.3381	-0.1074	0.1874	36.9646	-39.6366	-53.6864
16	1.3701	-0.4048	-0.6002	5.5227	-4.3147	4.0676	0.0474	-0.0239	0.1458	-0.1725	-0.3644	-0.1619	0.2304	0.3792	0.4194	0.1894	0.039	-0.0408	0.3001	-0.086	0.2385	44.7426	-34.0731	-51.6633
17	1.5874	0.3484	-0.0383	2.729	-2.6889	2.7191	0.0456	-0.1188	-0.0361	0.0884	-0.0067	0.0209	-0.0495	-0.0421	-0.0488	0.1817	0.0297	0.0043	0.2876	-0.107	0.1533	33.9927	-40.8615	-39.9654
18	1.3135	-1.144	0.5117	1.4744	-0.4825	4.1928	-0.0689	-0.4079	0.3991	0.3539	-0.0411	0.015	-0.1465	-0.1134	0.0845	0.1846	-0.0216	0.0056	0.3051	-0.1248	0.2087	35.1471	-37.8048	-32.4972
19	6.0704	1.5904	-3.6461	5.9706	-3.8993	6.6485	-0.0414	-0.1891	-0.0052	0.1564	-0.312	-0.6644	0.0779	0.9284	0.2327	0.2191	0.0089	-0.0176	0.3615	-0.0745	0.2416	44.8816	-29.5717	-45.1568
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精密化 TLSグループ

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10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 75 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 117 through 122 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 2 through 43 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 44 through 74 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 75 through 122 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 9 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 10 through 26 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 27 through 43 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 44 through 63 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 64 through 74 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 75 through 84 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 85 through 106 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 107 through 116 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 117 through 122 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 2 through 9 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 10 through 19 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 20 through 26 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 27 through 37 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 38 through 63 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 64 through 74 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 75 through 84 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 85 through 104 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 105 through 116 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 117 through 122 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 2 through 9 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 10 through 19 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 20 through 26 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 27 through 37 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 38 through 52 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 53 through 63 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 64 through 74 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 75 through 104 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 105 through 116 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 117 through 122 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 2 through 19 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 20 through 26 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 27 through 37 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 38 through 63 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 64 through 74 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 75 through 104 )
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 34 through 43 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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