PDB-5obp: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans with 6-hydroxybenz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5obp

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans with 6-hydroxybenzimidazolyl norcobamide cofactor

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration / anaerobic crystallisation / cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrachloroethene reductive dehalogenase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.593 Å

データ登録者

Keller, S. / Kunze, C. / Bommer, M. / Paetz, C. / Menezes, R.C. / Svatos, A. / Dobbek, H. / Schubert, T.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2018
タイトル: Selective Utilization of Benzimidazolyl-Norcobamides as Cofactors by the Tetrachloroethene Reductive Dehalogenase of Sulfurospirillum multivorans.
著者: Keller, S. / Kunze, C. / Bommer, M. / Paetz, C. / Menezes, R.C. / Svatos, A. / Dobbek, H. / Schubert, T.

履歴

登録	2017年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5obp.cif.gz	377 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5obp.ent.gz	304.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5obp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5obp_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5obp_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5obp_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	5obp_validation.cif.gz	62.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/5obp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/5obp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5obiC 4uquS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ma2-d 5m8u-d 5m2g-d 5obi-d 5m91-d 5m90-d 5m8z-d 5m8w-d 5ma0-d 5m8x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (12) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (12)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.565, 73.565, 184.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans (バクテリア) 参照: UniProt: O68252

-
非ポリマー , 5種, 875分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-9QQ / 6-hydroxybenzimidazolyl-norcobamide 分子量: 1304.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₉H₈₃CoN₁₃O₁₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月25日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.593→36.074 Å / Num. obs: 129361 / % possible obs: 99.33 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.95 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1139 / R_pim(I) all: 0.0325 / Net I/σ(I): 14.92
反射シェル	解像度: 1.593→1.65 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.9312 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 12146 / CC_1/2: 0.802 / R_pim(I) all: 0.2697 / % possible all: 93.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
XDS	Nov 1, 2016	データ削減
XDS	Nov 1, 2016	データスケーリング
PHENIX	(1.11.1_2575)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.593→36.074 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 16.8

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1766	6455	5 %	Random Selection
R_work	0.1524	-	-	-
obs	0.1536	129111	99.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.593→36.074 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6796	0	243	864	7903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	9961
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.881	6005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5932-1.6113	0.3439	330	0.3134	6295	X-RAY DIFFRACTION	78
1.6113-1.6303	0.2797	438	0.2433	8329	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6303-1.6502	0.252	429	0.2348	8146	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6502-1.6711	0.2639	428	0.2356	8202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6711-1.693	0.2637	428	0.2261	8114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.693-1.7162	0.2386	435	0.2173	8262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7162-1.7408	0.2145	428	0.2024	8139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7408-1.7667	0.214	437	0.1925	8264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7667-1.7943	0.1986	435	0.198	8231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7943-1.8238	0.2131	426	0.1918	8112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8238-1.8552	0.1894	432	0.1821	8202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8552-1.8889	0.2007	439	0.1771	8343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8889-1.9253	0.1909	425	0.1684	8060	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9253-1.9646	0.1836	432	0.1612	8182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9646-2.0073	0.1905	429	0.1605	8228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0073-2.054	0.1883	428	0.1574	8131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.054-2.1053	0.1914	436	0.1575	8267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1053-2.1622	0.1697	435	0.1532	8219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1622-2.2259	0.1656	430	0.1447	8148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2259-2.2977	0.1796	432	0.1486	8206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2977-2.3798	0.1907	431	0.1506	8187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3798-2.4751	0.1843	427	0.1511	8184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4751-2.5877	0.1717	432	0.1484	8158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5877-2.7241	0.1903	434	0.1454	8246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7241-2.8947	0.1647	429	0.1444	8134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8947-3.118	0.1639	430	0.1435	8230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.118-3.4316	0.1558	429	0.1363	8190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4316-3.9276	0.1409	433	0.1257	8199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9276-4.9464	0.1481	433	0.1205	8196	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9464-36.0832	0.162	430	0.1437	8180	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1222	0.1356	0.0197	0.2511	0.2186	0.1913	0.0321	-0.1579	0.0569	0.0454	-0.033	0.1217	-0.0461	-0.1909	0.0001	0.1875	0.0235	-0.0186	0.2355	-0.0483	0.1916	-13.6565	-18.4246	5.3896
2	0.2073	-0.1481	0.0832	0.3835	0.3207	0.4483	-0.0444	0.0798	0.0305	-0.2835	0.0509	-0.0314	-0.2348	-0.0096	0.0025	0.2914	-0.0285	-0.0126	0.1285	0.0009	0.1556	-0.8173	-16.235	-21.9884
3	0.0585	-0.0431	0.0279	0.1368	0.0105	0.0111	-0.0014	-0.0338	0.0047	0.0597	-0.0701	0.097	0.1285	-0.1308	-0	0.1962	-0.0632	-0.0003	0.1965	-0.0273	0.1692	-17.7409	-43.4747	-6.7735
4	0.2864	0.1303	-0.0428	0.6806	0.1869	0.6844	0.0071	-0.04	0.0408	-0.0665	-0.0519	0.0731	-0.1269	-0.1133	-0.0003	0.1666	0.0192	-0.034	0.1473	-0.0317	0.1529	-11.8436	-19.2429	-8.0991
5	-0.0103	-0.0098	-0.0238	0.043	0.0395	0.0276	0.0089	-0.1336	0.0673	0.0232	0.0179	-0.0011	-0.2492	0.3531	0.0001	0.2208	-0.0308	-0.016	0.2712	-0.0374	0.1722	3.341	-17.1351	12.1973
6	0.0155	0.0387	0.0399	0.096	0.0965	0.0917	0.0465	-0.1802	0.1078	0.0904	0.0186	-0.0148	0.0227	0.1104	0.0017	0.1908	-0.0446	-0.0201	0.1915	-0.0352	0.202	4.1538	-30.6682	0.3836
7	0.036	0.0483	-0.0249	0.1303	-0.165	0.1692	0.0982	-0.0744	-0.0601	-0.0915	0.0494	-0.3321	0.1061	0.1215	0.015	0.1704	0.0424	-0.0111	0.2346	-0.1204	0.366	20.018	-52.8914	-18.4538
8	0.1594	0.0634	-0.0474	0.1303	0.1277	0.1636	0.0194	0.0138	-0.0288	0.1076	-0.0182	0.0054	0.2315	-0.1592	0.0149	0.2795	-0.0833	-0.0206	0.1596	-0.0061	0.1692	-13.1699	-57.2209	-12.5689
9	0.0619	-0.0788	-0.0092	0.2644	0.3182	0.4219	-0.0175	0.0456	-0.0292	-0.1581	0.0827	-0.1203	-0.0623	0.0535	0.0092	0.2018	-0.0291	0.0091	0.1543	-0.035	0.1792	7.7811	-35.9172	-25.0096
10	0.0711	-0.0214	0.0131	0.32	0.0792	0.1588	-0.0666	0.0705	-0.0462	-0.2065	0.0985	-0.0832	-0.0233	-0.0248	0.0005	0.2722	-0.0576	0.0198	0.2016	-0.0421	0.1747	4.0429	-44.6057	-33.5536
11	0.0666	0.0618	0.0246	0.2124	0.2249	0.1829	0.0483	-0.0219	-0.0509	0.0521	-0.021	-0.0651	0.0635	0.0491	0.0027	0.1771	-0.0217	-0.0261	0.119	-0.0137	0.1438	0.6166	-42.5521	-11.8518
12	0.1468	0.1501	0.0752	0.2506	0.2414	0.2304	0.0313	0.0288	-0.1082	-0.0007	0.0915	-0.2313	0.0901	0.146	0.02	0.2068	0.0241	-0.0418	0.1613	-0.0398	0.263	13.8863	-49.1026	-14.2484
13	0.1407	0.0295	-0.0999	0.0023	0.0241	0.4298	0.0519	0.0573	-0.3096	0.0694	0.0571	-0.1455	0.4	-0.0733	0.0338	0.3295	0.0408	-0.0596	0.1193	-0.0474	0.3213	6.6207	-65.2075	-16.1776
14	0.0567	0.0416	0.1202	0.1158	0.1863	0.3026	0.1058	-0.1179	-0.0601	0.1723	-0.03	-0.1107	0.1519	0.0623	-0.0001	0.2305	-0.0185	-0.0439	0.1717	-0.0014	0.1968	4.9319	-43.9266	-1.493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 119 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 389 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 390 through 431 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 432 through 462 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 8 through 35 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 36 through 98 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 99 through 176 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 177 through 224 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 225 through 262 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 263 through 338 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 339 through 379 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 380 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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