PDB-5nr2: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nr2

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with azotochelin

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PfeA / PA2688 / outer membrane receptor / azotochelin

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobactin transmembrane transporter activity / enterobactin transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The complex of ferric-enterobactin with its transporter from Pseudomonas aeruginosa suggests a two-site model.
著者: Moynie, L. / Milenkovic, S. / Mislin, G.L.A. / Gasser, V. / Malloci, G. / Baco, E. / McCaughan, R.P. / Page, M.G.P. / Schalk, I.J. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2017年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nr2.cif.gz	289.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nr2.ent.gz	236 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nr2_validation.pdf.gz	783.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nr2_full_validation.pdf.gz	797.6 KB	表示
XML形式データ	5nr2_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	5nr2_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m9bC 5mzsC 5nc4C 5outC 6i2jC 6q5eC 6r1fC 1m9kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mzs-d 6i2j-d 6y47-d 6z2n-d 5nc3-d 6z33-d 5out-d 6yy5-d 5nc4-d 6r1f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

79.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.640, 158.080, 78.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-95B / Azotochelin / アゾトケリン分子量: 418.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₂O₈
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, ADA, Magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→86.64 Å / Num. obs: 28035 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 2.78→2.85 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.057 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2036 / CC_1/2: 0.677 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1m9k

1m9k

解像度: 2.78→86.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.876 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 34.384 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.331 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26025	1364	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22381	-	-	-
obs	0.22558	26627	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 107.054 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.78→86.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5363	0	35	0	5398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.953	7472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.683	3.001	11305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.936	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.686	24.328	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.27	15	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.46	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.934	6.13	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.93	6.128	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.883	9.217	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.884	9.219	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.088	6.462	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.088	6.463	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.385	9.556	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.83		22934
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.83		22934
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.78→2.852 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	96	-
R_work	0.34	1936	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2757	-0.1628	-0.4523	3.6383	-0.7754	6.169	0.0774	-0.1084	-0.0747	0.8271	0.1509	-0.0013	-0.4429	-0.244	-0.2283	0.213	0.0399	-0.0268	0.0563	0.0632	0.211	-1.331	27.0918	-12.9656
2	2.3567	-1.0048	-0.9552	3.5149	1.5178	7.9131	-0.085	-0.0965	0.3278	0.5367	-0.0599	-0.4955	-0.7031	0.8842	0.1449	0.3044	-0.2297	-0.1034	0.2315	0.0978	0.5458	9.281	35.2357	-15.3523
3	3.1	-1.0298	-1.5746	2.7138	0.2108	4.726	0.1523	-0.1936	0.5298	0.3364	0.0992	-0.1461	-1.5461	0.5483	-0.2515	0.5945	-0.1524	0.0455	0.1318	0.1075	0.4455	0.8978	41.0354	-17.7395
4	3.3764	-0.3981	-1.9379	2.6047	0.0486	7.478	0.018	-0.1087	0.1726	0.5219	-0.0508	0.3333	-1.3619	-0.1967	0.0328	0.4645	0.1302	0.0492	0.1494	0.125	0.5305	-9.3572	39.828	-17.4704
5	15.8422	6.5192	13.7998	78.1215	16.0583	13.4589	-0.7992	-0.7985	-0.4923	-1.5903	1.0871	0.4071	-0.8805	-0.4312	-0.2879	0.8161	-0.1778	0.3644	1.0995	0.2401	0.5919	-30.5	16.453	8.0644
6	1.2946	-0.9159	0.161	3.7856	-1.7844	5.4665	0.0614	0.163	-0.1992	0.4052	0.5266	1.0256	-0.068	-1.4087	-0.5879	0.1112	0.0217	0.0268	0.5067	0.204	0.5405	-16.8375	26.0457	-21.0212
7	3.0452	-0.6358	-1.3599	4.6961	-1.9759	12.6647	0.2922	0.4822	-0.2527	-0.772	0.2581	0.7027	0.5555	-0.7332	-0.5503	0.2067	-0.0083	-0.1986	0.595	0.0612	0.437	-15.2188	29.4113	-43.9262
8	1.0697	-0.2405	-1.094	6.1266	-3.7916	3.975	-0.3408	0.1258	-0.1908	-0.5	0.2253	0.0923	1.0397	-0.2788	0.1155	0.6319	-0.0514	-0.0559	0.0915	-0.0768	0.2862	1.2741	11.7632	-17.9266
9	2.5927	-0.626	0.4685	3.9288	-1.5854	5.7216	0.2093	0.2895	-0.096	0.4052	-0.4357	-0.918	0.259	1.5979	0.2265	0.1124	0.094	-0.1061	0.4743	0.1016	0.4263	13.6677	20.8691	-18.2505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	167 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	243 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	297 - 355
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	356 - 360
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	361 - 529
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	530 - 561
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	562 - 646
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	647 - 721

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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