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万見
- PDB-5ni3: sfGFP 204-204 mutant dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ni3
タイトルsfGFP 204-204 mutant dimer
要素(Green fluorescent ...) x 3
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP / super folder / click chemistry / SPAAC / artificial dimers
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DB5 / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Worthy, H.L. / Rizkallah, P.J.
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2020
タイトル: Association of Fluorescent Protein Pairs and Its Significant Impact on Fluorescence and Energy Transfer
著者: Pope, J.R. / Johnson, R.L. / Jamieson, W.D. / Worthy, H.L. / Kailasam, S. / Ahmed, R.D. / Taban, I. / Auhim, H.S. / Watkins, D.W. / Rizkallah, P.J. / Castell, O.K. / Jones, D.D.
履歴
登録2017年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.52020年12月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,48622
ポリマ－103,3384
非ポリマー1,14818
水17,565975
1
A: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,89610
ポリマ－51,4552
非ポリマー4418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,59012
ポリマ－51,8832
非ポリマー70710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.700, 98.020, 102.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24B
15A
25C
16A
26D
17B
27C
18B
28D
19B
29C
110B
210D
111C
211D
112C
212D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUAA3 - 641 - 62
21LYSLYSLEULEUBB3 - 641 - 62
12LYSLYSLEULEUAA3 - 641 - 62
22LYSLYSLEULEUCC3 - 641 - 62
13LYSLYSLEULEUAA3 - 641 - 62
23LYSLYSLEULEUDD3 - 641 - 62
14VALVALGLYGLYAA68 - 22864 - 224
24VALVALGLYGLYBB68 - 22864 - 224
15VALVALGLYGLYAA68 - 22864 - 224
25VALVALGLYGLYCC68 - 22864 - 224
16VALVALILEILEAA68 - 22964 - 225
26VALVALILEILEDD68 - 22964 - 225
17LYSLYSLEULEUBB3 - 641 - 62
27LYSLYSLEULEUCC3 - 641 - 62
18LYSLYSLEULEUBB3 - 641 - 62
28LYSLYSLEULEUDD3 - 641 - 62
19VALVALMETMETBB68 - 23364 - 229
29VALVALMETMETCC68 - 23364 - 229
110VALVALGLYGLYBB68 - 22864 - 224
210VALVALGLYGLYDD68 - 22864 - 224
111LYSLYSLEULEUCC3 - 641 - 62
211LYSLYSLEULEUDD3 - 641 - 62
112VALVALGLYGLYCC68 - 22864 - 224
212VALVALGLYGLYDD68 - 22864 - 224

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

-
Green fluorescent ... , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 25522.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: P42212*PLUS
#2: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 25950.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: P42212*PLUS
#3: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 25932.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: P42212*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 993分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-DB5 / [(4~{S})-4,5,6,7,8,9-hexahydro-1~{H}-cycloocta[d][1,2,3]triazol-4-yl] hydrogen carbonate


分子量: 211.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 975 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PACT condition C6: 0.1M PCTP Buffer, pH 9.0, 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→57.17 Å / Num. obs: 249821 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 17.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BT0

5bt0


解像度: 1.28→57.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.119 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19102 12228 4.9 %RANDOM
Rwork0.17411 ---
obs0.17495 237488 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20 Å2
2--1.44 Å2-0 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.28→57.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7250 0 69 975 8294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0197541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2641.97210176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1462.99716096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.715920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.99624.873355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.315151288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7591532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.21112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0218315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6750.3953635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6750.3953634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1010.5924537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1010.5924538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7250.6133906
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7180.6133906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4840.8355629
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.89510.24832243
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.89210.24732243
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A32540.09
12B32540.09
21A32140.11
22C32140.11
31A32040.12
32D32040.12
41A100300.1
42B100300.1
51A99720.1
52C99720.1
61A99840.11
62D99840.11
71B32380.11
72C32380.11
81B32400.12
82D32400.12
91B101760.1
92C101760.1
101B100480.08
102D100480.08
111C32760.08
112D32760.08
121C99480.11
122D99480.11
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.313 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 878 -
Rwork0.301 17443 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22120.29920.04841.46460.60871.88540.0808-0.0590.01450.1331-0.09110.02690.0919-0.10790.01040.204-0.0134-0.03040.0104-0.00610.1648-19.37510.093-27.075
22.3620.0280.00311.57470.16421.4550.03230.08690.0451-0.0059-0.0282-0.05380.03720.0174-0.00410.19590.0009-0.00790.0076-0.00650.1613-49.717.252-44.548
31.0256-0.28260.12041.39570.23891.4424-0.0911-0.0169-0.09490.20480.05910.17330.0194-0.07130.0320.29740.00210.03110.00750.00340.1708-43.656-13.469-46.738
41.2653-0.1173-0.15581.7718-0.2862.12490.00250.08830.0258-0.06240.0670.1612-0.0997-0.2557-0.06950.20110.01260.00080.03630.0260.2337-16.67441.278-19.775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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