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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n7u | ||||||
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タイトル | cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-Bromo-3,5-dimethyl-1H-pyrazole | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP / kinase / PKA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / sperm flagellum / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / dendritic spine / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.371 Å | ||||||
データ登録者 | Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: A crystallographic study with cAMP-dependent protein kinase A 著者: Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n7u.cif.gz | 232.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n7u.ent.gz | 189.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n7u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4wihS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of S11, T198 and S339 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pET-16bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1993.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cAMP dependent protein kinase inhibitor peptide 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: A0A061IH64, UniProt: G3HK48*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-8PQ / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月10日 / 詳細: Silicon |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 95068 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.65 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 27.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.45 Å / 冗長度: 3.55 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 15377 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 0.599 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WIH 解像度: 1.371→43.519 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.01
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.371→43.519 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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