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- PDB-5mrh: Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mrh
タイトルCrystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with Triazolone 1
要素Sortilin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor / Vsp10p / Sortilin
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / nerve growth factor receptor activity / myotube differentiation / maintenance of synapse structure / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / retromer complex binding / Golgi to lysosome transport / plasma membrane to endosome transport / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi to endosome transport ...neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / nerve growth factor receptor activity / myotube differentiation / maintenance of synapse structure / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / retromer complex binding / Golgi to lysosome transport / plasma membrane to endosome transport / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi to endosome transport / nerve growth factor binding / vesicle organization / trans-Golgi network transport vesicle / protein targeting to lysosome / clathrin-coated vesicle / : / Golgi cisterna membrane / negative regulation of fat cell differentiation / endosome to lysosome transport / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / clathrin-coated pit / ossification / neuropeptide signaling pathway / response to insulin / endocytosis / regulation of gene expression / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / early endosome / lysosome / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / Vacuolar protein sorting 10 protein (Vps10p) domain profile. / VPS10 ...Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / Vacuolar protein sorting 10 protein (Vps10p) domain profile. / VPS10 / Complement Module; domain 1 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Ribbon / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / 3-(3-methylbutyl)-4~{H}-1,2,3-triazol-5-one / Sortilin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Andersen, J.L. / Strandbygaard, D. / Thirup, S.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
DanScatt: the Danish Centre for the Use of Synchrotron X-ray and Neutron Facilities デンマーク
Biostruct-X283570 デンマーク
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: The identification of novel acid isostere based inhibitors of the VPS10P family sorting receptor Sortilin.
著者: Andersen, J.L. / Lindberg, S. / Langgard, M. / Maltas, P.J. / Ronn, L.C.B. / Bundgaard, C. / Strandbygaard, D. / Thirup, S. / Watson, S.P.
履歴
登録2016年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_source
Item: _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9455
ポリマ－77,7911
非ポリマー1,1544
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area30810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.395, 78.230, 111.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Sortilin / 100 kDa NT receptor / Glycoprotein 95 / Gp95 / Neurotensin receptor 3 / NTR3


分子量: 77790.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORT1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99523
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-Q9Z / 3-(3-methylbutyl)-4~{H}-1,2,3-triazol-5-one


分子量: 155.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1M HEPES-Tris pH=7.3 0.4 M Sodium malonate 22 % (w/V) PEG 3350 8 (V/V) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→66.9 Å / Num. obs: 38075 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.682 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F6K

3f6k


解像度: 2.5→40.133 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 1903 5 %
Rwork0.211 --
obs0.2121 38072 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5023 0 77 57 5157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9367084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0393078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.39831340.36932559X-RAY DIFFRACTION99
2.5625-2.63180.40421370.3312590X-RAY DIFFRACTION99
2.6318-2.70920.37571350.32282575X-RAY DIFFRACTION98
2.7092-2.79670.30031380.2952617X-RAY DIFFRACTION99
2.7967-2.89660.34891350.28572582X-RAY DIFFRACTION99
2.8966-3.01250.27231360.26642597X-RAY DIFFRACTION99
3.0125-3.14960.29611370.26442577X-RAY DIFFRACTION99
3.1496-3.31560.29921370.24862616X-RAY DIFFRACTION99
3.3156-3.52320.26291360.23932586X-RAY DIFFRACTION98
3.5232-3.7950.24761360.21142578X-RAY DIFFRACTION98
3.795-4.17660.25741350.19422552X-RAY DIFFRACTION98
4.1766-4.78010.17581380.15972627X-RAY DIFFRACTION99
4.7801-6.01910.19951380.17152633X-RAY DIFFRACTION99
6.0191-40.13830.17761310.19992480X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2041-1.4526-0.43555.3475-0.46553.03350.1183-0.7316-0.06011.03580.0977-0.4115-0.27340.5807-0.28091.0638-0.313-0.19221.0414-0.03570.6168-16.51632.488641.8724
22.47470.29850.1033.29920.83845.17440.25030.42140.4733-0.0537-0.14960.0188-1.297-0.3207-0.06530.76960.07630.16610.51380.08040.6381-26.676745.590815.6108
32.7624-1.7998-1.16628.3117-1.97565.63820.13070.328-0.02950.1934-0.21580.435-0.2125-0.90410.03750.4665-0.05790.07070.9338-0.03980.5893-29.748921.79910.5243
45.30370.7717-1.00574.9399-0.43944.364-0.06390.387-0.74470.108-0.09430.00380.8576-0.71450.09460.5251-0.1780.05150.7092-0.03790.5995-27.83810.588215.1058
52.3619-0.1491-1.13641.82030.06835.19680.1115-0.2845-0.32780.6038-0.1535-0.71850.69720.7810.1020.74760.0113-0.14220.74080.20440.8284-11.829610.632325.0061
64.1894-5.14631.08776.4741-0.87422.82380.79240.2325-0.6705-1.1731-0.98690.319-0.3593-0.68390.110.83130.40750.18781.67120.07271.1123-20.839227.4395-9.4898
71.9631-1.20391.07620.7604-0.67240.57390.69961.30460.5285-0.4704-1.1694-0.87110.00070.36630.19950.7510.2860.30711.46310.34771.1454-24.040139.7647-10.9397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 55 through 193 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 194 through 352 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 353 through 397 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 398 through 470 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 471 through 627 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 628 through 662 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 663 through 715 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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