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- PDB-5mql: Crystal structure of dCK mutant C3S in complex with masitinib and UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mql
タイトルCrystal structure of dCK mutant C3S in complex with masitinib and UDP
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Deoxycytidine kinase / dCK / masitinib
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Masitinib / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Rebuffet, E. / Hammam, K. / Saez-Ayala, M. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. ...Rebuffet, E. / Hammam, K. / Saez-Ayala, M. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. / Lugari, A. / Combes, S. / Pez, D. / Letard, S. / Mansfield, C. / Moussy, A. / de Sepulveda, P. / Morelli, X. / Dubreuil, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ARCSL220130606659 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Dual protein kinase and nucleoside kinase modulators for rationally designed polypharmacology.
著者: Hammam, K. / Saez-Ayala, M. / Rebuffet, E. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. / Lugari, A. / Combes, S. / Letard, S. / Casteran, N. / ...著者: Hammam, K. / Saez-Ayala, M. / Rebuffet, E. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. / Lugari, A. / Combes, S. / Letard, S. / Casteran, N. / Mansfield, C. / Moussy, A. / De Sepulveda, P. / Morelli, X. / Dubreuil, P.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
C: Deoxycytidine kinase
D: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,84712
ポリマ－136,0934
非ポリマー2,7548
水32418
1
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6616
ポリマ－68,0462
非ポリマー1,6144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
2
C: Deoxycytidine kinase
D: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1866
ポリマ－68,0462
非ポリマー1,1404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.330, 88.330, 342.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Deoxycytidine kinase / dCK


分子量: 34023.195 Da / 分子数: 4 / 変異: C9S,C45S,C59S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase

-
非ポリマー , 5種, 26分子

#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-G65 / Masitinib / マシチニブ


分子量: 498.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N6OS / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


分子量: 307.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium acetate, 20% PEG 3350, 50 mM NaCl, 24h soaking with 10 mM Masitinib

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885602 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885602 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→42.8 Å / Num. obs: 22378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 138.18 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.2677 / Net I/σ(I): 11.94
反射 シェル解像度: 3.25→3.366 Å / 冗長度: 8.6 % / Num. unique obs: 2164 / CC1/2: 0.832 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P60

1p60


解像度: 3.25→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.519
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1120 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.219 22381 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.3324 Å20 Å20 Å2
2---18.3324 Å20 Å2
3---36.6649 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.25→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7332 0 177 18 7527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0117702HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1610509HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2587SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes196HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1138HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7702HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion998SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9078SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.41 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3249 146 5 %
Rwork0.2887 2773 -
all0.2905 2919 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1785-0.3250.88062.9868-0.92532.70250.0119-0.04-0.05260.1910.076-0.10960.1774-0.3633-0.0879-0.086-0.1366-0.0577-0.1270.045-0.14329.905768.59497.3041
22.93050.39640.3131.60420.53462.33340.03280.1071-0.2805-0.07780.02490.07350.29120.2422-0.0577-0.02320.053-0.0686-0.27490.01210.040464.906768.811521.0617
33.6920.17930.36683.70490.11143.0413-0.00020.2761-0.24090.02980.1660.0822-0.0380.5071-0.1657-0.21020.0431-0.018-0.16960.0602-0.060425.523444.66634.2287
43.4217-0.31941.57143.8967-0.57513.9284-0.10730.25180.09580.140.0637-0.35390.2761-0.22830.0436-0.1727-0.0901-0.0604-0.23790.1076-0.0722-1.728421.831323.9017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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