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- PDB-5mlr: Plantago Major multifunctional oxidoreductase V150M mutant in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mlr
タイトルPlantago Major multifunctional oxidoreductase V150M mutant in complex with citral and NADP+
要素Progesterone 5-beta-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Progesterone Reductase / Iridoid synthase / SDR / enzyme evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


3beta-hydroxy-Delta5-steroid dehydrogenase / 3-beta-hydroxy-Delta5-steroid dehydrogenase (NAD+) activity / isoprenoid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / PRISE-like Rossmann-fold domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Geranaldehyde / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Progesterone 5-beta-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Plantago major (オホバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Fellows, R. / Russo, C.M. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Chisholm, J.D. / Zubieta, C. / Nanao, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: A multisubstrate reductase from Plantago major: structure-function in the short chain reductase superfamily.
著者: Fellows, R. / Russo, C.M. / Silva, C.S. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Chisholm, J.D. / Zubieta, C. / Nanao, M.H.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Progesterone 5-beta-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9507
ポリマ－46,8211
非ポリマー1,1296
水9,458525
1
A: Progesterone 5-beta-reductase
ヘテロ分子

A: Progesterone 5-beta-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,90014
ポリマ－93,6422
非ポリマー2,25912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area28050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.510, 79.510, 137.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

21A-1011-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Progesterone 5-beta-reductase


分子量: 46820.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plantago major (オホバコ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D6N9X1, 3beta-hydroxy-Delta5-steroid dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 531分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GRQ / Geranaldehyde / ゲラニア-ル


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis Tris Propane, 5% glycerol, and 16.5%-19% Peg 5K MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 76281 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 5.87 % / Rmerge(I) obs: 1.057 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V6F

2v6f


解像度: 1.46→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9702 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9641 / SU R Cruickshank DPI: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.053
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1686 3834 5.03 %RANDOM
Rwork0.1526 ---
obs0.1534 76267 98.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4654 Å20 Å20 Å2
2---1.4654 Å20 Å2
3---2.9307 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.159 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.46→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 73 525 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14262HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1080SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes480HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3120HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion391SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies9HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4148SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.5 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 213 4.44 %
Rwork0.2299 4586 -
all0.2305 4799 -
obs--85.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87920.04480.16780.5441-0.02571.2461-0.0277-0.15450.11280.0860.0163-0.0076-0.312-0.07840.0114-0.00440.00820.0081-0.0404-0.0259-0.0522-27.9988-3.54519.2701
20.7613-0.48840.70481.12150.3520.5360.0051-0.01640.0719-0.0047-0.0136-0.0312-0.077-0.06690.00850.23030.07140.0302-0.0895-0.0252-0.0242-31.841911.723512.2749
30.7201-0.0730.11310.5557-0.0360.8952-0.0035-0.0959-0.0712-0.0020.02140.0049-0.0228-0.0384-0.018-0.0657-0.02210.0054-0.03250.0047-0.0309-21.9663-20.431514.9695
40.266-0.9813-0.16280.30930.96650.646-0.0204-0.0695-0.1417-0.04760.04830.04590.0408-0.1588-0.0279-0.02-0.1343-0.00330.0380.05590.0544-32.9227-36.994117.9893
50.28362.1481-1.18513.347-0.78531.0266-0.0265-0.2007-0.13040.29820.10790.16960.2763-0.0839-0.0813-0.0454-0.02970.02710.12610.1231-0.04-25.1405-31.109936.1027
60.5465-0.12330.05480.22850.01791.04780.0046-0.1419-0.04540.020.03220.0118-0.0407-0.0071-0.0368-0.0527-0.01850.0062-0.00380.0077-0.0112-20.7292-20.265817.9407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|26 - 187}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|188 - 194}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|195 - 300}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|301 - 311}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|312 - 327}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|328 - 389}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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