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- PDB-5mkj: Crystal structure of the Retinoid X Receptor alpha in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mkj
タイトルCrystal structure of the Retinoid X Receptor alpha in complex with synthetic honokiol derivative 9 and a fragment of the TIF2 co-activator.
要素
  • LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN-ASP
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / RXR TIF2 honokiol
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway ...retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / nuclear steroid receptor activity / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / positive regulation of bone mineralization / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / peptide binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear receptor activity / Transcriptional regulation of granulopoiesis / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4CU / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Andrei, S.A. / Brunsveld, L. / Scheepstra, M. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWOECHO 711011017 オランダ
引用ジャーナル: ACS Chem Neurosci / 年: 2017
タイトル: Ligand Dependent Switch from RXR Homo- to RXR-NURR1 Heterodimerization.
著者: Scheepstra, M. / Andrei, S.A. / de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Ma, J.N. / Burstein, E.S. / Olsson, R. / Ottmann, C. / Milroy, L.G. / Brunsveld, L.
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年8月10日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2453
ポリマ－26,9062
非ポリマー3381
水1,22568
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4896
ポリマ－53,8134
非ポリマー6772
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.139, 64.139, 111.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-627-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 25767.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質・ペプチド LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN-ASP


分子量: 1138.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-4CU / (~{E})-3-[4-oxidanyl-3-(5-prop-2-enyl-2-propoxy-phenyl)phenyl]prop-2-enoic acid


分子量: 338.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M PIPES, pH 7.0, 0.1M NaCl, 22% PEG 2K MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→64.14 Å / Num. obs: 8650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 41.77 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 128885 / Scaling rejects: 40
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.615.90.9760.7881100
9.01-64.1411.70.0770.997199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.31 Å55.66 Å
Translation6.31 Å55.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EC9

5ec9


解像度: 2.5→45.353 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 839 9.75 %
Rwork0.1927 --
obs0.1977 8602 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.22 Å2 / Biso mean: 47.6189 Å2 / Biso min: 20.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→45.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1744 0 46 68 1858
Biso mean--52.26 41.37 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3672468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.311116
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.65660.31591370.257412621399
2.6566-2.86170.30541330.227112481381
2.8617-3.14970.29871370.221612771414
3.1497-3.60530.25051350.20212851420
3.6053-4.54160.19931490.156212931442
4.5416-45.36070.22711480.182413981546
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64660.10260.54462.00350.07444.4468-0.0024-0.3086-0.37630.1009-0.0732-0.2090.24590.53160.08060.2862-0.0001-0.03230.47960.07470.352511.3278-13.01396.8797
22.61390.33180.62682.8779-0.15371.66690.00620.08680.0344-0.0878-0.0386-0.2791-0.20210.6120.00020.2686-0.06970.04080.47290.04250.2749.363-5.8249-2.6924
34.10561.40890.42443.8723-0.81992.5233-0.0523-0.1356-0.4551-0.06540.07440.29420.3559-0.2383-0.05570.39010.03170.07540.42040.02510.3342-0.8033-14.6661.4904
44.50682.2472-1.50492.1085-0.63864.40890.3433-1.1351-0.77870.7497-0.285-0.6386-0.4631-0.00210.22570.44380.04080.04630.74290.15520.41228.9017-20.79718.8783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 229 through 317 )A229 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 318 through 413 )A318 - 413
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 414 through 458 )A414 - 458
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 473 through 481 )B473 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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