PDB-5mhl: FXIIIa in complex with the inhibitor Mi0621

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mhl

タイトル

FXIIIa in complex with the inhibitor Mi0621

要素

Coagulation factor XIII A chain
inhibitor Mi0621

キーワード

TRANSFERASE / factor XIII / inhibition / transglutaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FXIIIa in complex with the inhibitor Mi0621
著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mhl.cif.gz	560.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mhl.ent.gz	458.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mhl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mhmC 5mhnC 4kty C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mhm-2 4kty-2 5mhn-2 5mhn-1 5mhm-1 4kty-1 5mho-2 6u2k-d 5mho-1 3wcf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (14) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIII A chain

B: Coagulation factor XIII A chain

K: inhibitor Mi0621

O: inhibitor Mi0621

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coagulation factor XIII A chain

K: inhibitor Mi0621

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Coagulation factor XIII A chain

O: inhibitor Mi0621

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.213, 80.993, 103.329
Angle α, β, γ (deg.)	88.12, 76.87, 81.47
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABKO

#1: タンパク質	Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain 分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T649I, Q651E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A1, F13A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	inhibitor Mi0621 分子量: 928.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain

分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T649I, Q651E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A1, F13A
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

inhibitor Mi0621

分子量: 928.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 384分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 170 mM ammonium sulfate, 85 mM sodium cacodylate, 25.5 % PEG8000, 15 % glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.83 Å / Num. obs: 65090 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 7.36
反射シェル	解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.4→48.83 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.56

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2305	3254	5 %	Random selection
R_work	0.1717	-	-	-
obs	0.1747	65031	92.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10819	0	119	368	11306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.416	15237
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.184	6523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1966

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.395-2.4308	0.3158	118	0.2529	2229	X-RAY DIFFRACTION	78
2.4308-2.4688	0.3275	142	0.2473	2713	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4688-2.5093	0.3791	139	0.238	2622	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5093-2.5525	0.2871	136	0.2328	2593	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5525-2.5989	0.3239	140	0.2225	2653	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5989-2.6489	0.2654	139	0.2152	2635	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6489-2.703	0.3408	143	0.2266	2732	X-RAY DIFFRACTION	93
2.703-2.7617	0.341	139	0.2207	2628	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7617-2.826	0.3275	142	0.2192	2707	X-RAY DIFFRACTION	93
2.826-2.8966	0.2564	141	0.2122	2691	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8966-2.975	0.2846	140	0.213	2666	X-RAY DIFFRACTION	92
2.975-3.0625	0.2722	143	0.1944	2702	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0625-3.1613	0.2576	145	0.1894	2760	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1613-3.2743	0.2351	140	0.1849	2662	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2743-3.4053	0.2236	143	0.1732	2724	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4053-3.5603	0.2304	147	0.1701	2786	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5603-3.7479	0.1979	144	0.1505	2743	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7479-3.9826	0.2084	147	0.1379	2793	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9826-4.29	0.171	147	0.1247	2786	X-RAY DIFFRACTION	95
4.29-4.7214	0.1548	145	0.1175	2758	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7214-5.4038	0.1694	145	0.1253	2744	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4038-6.8053	0.2069	145	0.1633	2765	X-RAY DIFFRACTION	96
6.8053-48.843	0.1932	144	0.1684	2685	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5002	0.0505	0.9134	-0.1894	-0.1568	3.1272	0.1041	0.0044	-0.0212	-0.0797	-0.0489	0.1532	0.0871	-0.0336	-0.063	0.287	-0.0091	-0.0393	0.1941	-0.0166	0.3336	31.7512	58.916	-30.46
2	0.8384	0.0365	0.6935	1.8947	1.1349	1.4384	-0.0467	-0.1254	0.039	0.1291	0.0142	-0.0591	-0.0107	-0.1228	0.0215	0.2789	-0.0244	-0.0151	0.2452	-0.0015	0.2489	45.1473	69.626	-3.7009
3	1.3084	0.325	0.483	1.5607	0.308	1.6237	0.0226	-0.1339	-0.0437	0.3985	0.053	-0.4113	0.1327	0.1916	-0.0966	0.3881	-0.0119	-0.1196	0.2658	-0.0039	0.377	60.0746	59.4848	3.3945
4	3.4476	-1.3123	-0.2906	0.5655	0.0494	0.7207	-0.2004	-0.2353	0.0406	0.2478	0.0589	-0.3386	-0.1102	0.2119	0.114	0.4366	-0.0186	-0.1555	0.3237	0.0111	0.5055	67.48	35.8059	-1.3761
5	3.3425	0.4731	1.9122	5.3694	-0.107	5.087	-0.3925	0.4646	-0.2903	-0.2709	0.6529	-0.185	-0.1772	-0.1508	-0.2101	0.3108	-0.0147	-0.0331	0.3893	0.0276	0.2882	38.8719	15.5129	-12.6136
6	0.4717	-0.154	0.7204	0.0189	-0.2978	3.5184	0.0677	0.0279	-0.0583	-0.0583	-0.0149	0.1165	0.1215	-0.2002	-0.0554	0.2359	-0.0272	-0.0335	0.2038	0.0007	0.3046	37.5365	19.5738	19.1471
7	0.5505	-0.1802	0.1351	0.792	0.089	0.7427	-0.0515	-0.1255	0.0327	0.1234	0.0158	-0.0978	0.0508	0.0181	0.0352	0.2893	-0.0198	-0.0294	0.2477	0.0099	0.2877	58.9422	21.8892	51.3744
8	4.0892	0.5647	0.9028	0.2772	0.6969	0.4129	0.0706	-0.1802	-0.1859	0.1051	-0.0288	-0.1132	0.0989	0.0249	-0.0398	0.3252	-0.0166	-0.0347	0.2712	0.0614	0.3737	71.507	-6.6868	48.8407
9	7.9375	-1.3127	1.6393	3.5556	-1.1937	2.453	0.339	0.3829	-0.4428	-0.291	-0.0964	0.1559	0.1335	-0.2348	-0.2184	0.37	-0.0064	-0.0181	0.2579	-0.0151	0.3048	43.7901	-26.6712	35.0745
10	7.206	0.8333	3.5636	1.7133	1.3601	4.0122	-0.1262	-0.0899	-0.2087	0.0067	0.3487	0.3414	-0.5269	-0.4858	-0.2922	0.3707	0.0513	-0.0345	0.3267	0.1385	0.4302	36.4384	-20.2822	36.2739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 15:192)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 193:318)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 319:497)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 498:628)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 629:726)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 15:189)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 190:516)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 517:629)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 630:691)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 692:730)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)