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- PDB-5m7m: Novel Imidazo[1,2-a]pyridine Derivatives with Potent Autotaxin/EN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m7m
タイトルNovel Imidazo[1,2-a]pyridine Derivatives with Potent Autotaxin/ENPP2 Inhibitor Activity
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE / ATX / Inhibitor / ENPP2
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / D-type glycerophospholipase activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase A1 activity ...Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / D-type glycerophospholipase activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase A1 activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of epithelial cell migration / regulation of cell migration / cell motility / chemotaxis / nucleic acid binding / immune response / hydrolase activity / calcium ion binding / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7HR / IODIDE ION / : / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / THIOCYANATE ION / Autotaxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wolhkoning, A. / Fleury, D. / Leonard, P. / Triballeau, N. / Mollat, P. / Vercheval, L.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery, Structure-Activity Relationship, and Binding Mode of an Imidazo[1,2-a]pyridine Series of Autotaxin Inhibitors.
著者: Joncour, A. / Desroy, N. / Housseman, C. / Bock, X. / Bienvenu, N. / Cherel, L. / Labeguere, V. / Peixoto, C. / Annoot, D. / Lepissier, L. / Heiermann, J. / Hengeveld, W.J. / Pilzak, G. / ...著者: Joncour, A. / Desroy, N. / Housseman, C. / Bock, X. / Bienvenu, N. / Cherel, L. / Labeguere, V. / Peixoto, C. / Annoot, D. / Lepissier, L. / Heiermann, J. / Hengeveld, W.J. / Pilzak, G. / Monjardet, A. / Wakselman, E. / Roncoroni, V. / Le Tallec, S. / Galien, R. / David, C. / Vandervoort, N. / Christophe, T. / Conrath, K. / Jans, M. / Wohlkonig, A. / Soror, S. / Steyaert, J. / Touitou, R. / Fleury, D. / Vercheval, L. / Mollat, P. / Triballeau, N. / van der Aar, E. / Brys, R. / Heckmann, B.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,84420
ポリマ－100,1241
非ポリマー2,72019
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area29530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.450, 78.890, 78.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 100123.742 Da / 分子数: 1 / 変異: S493P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENPP2, ATX, PDNP2 / プラスミド: pTT5 / Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q13822, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 9種, 71分子

#3: 化合物 ChemComp-7HR / ~{N}-[6-[1-[3-(dimethylamino)propylsulfonyl]piperidin-4-yl]-2-ethyl-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]-4-(4-fluorophenyl)-~{N}-methyl-1,3-thiazol-2-amine


分子量: 584.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C29H37FN6O2S2
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350 25%, 0.2M thiocyanate, 0.1M ammonium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→78.89 Å / Num. obs: 26178 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.879 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.396 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→78.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 17.37 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.409 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28426 1278 5.3 %RANDOM
Rwork0.22896 ---
obs0.23193 23047 92.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.11 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→78.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5811 0 135 53 5999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9698367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.953.00312334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6995754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9123.035257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75715862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2391534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4872.713032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4852.7093030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.554.0553780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5494.0563781
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4712.6543099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4632.6483095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3443.954581
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.61521.076882
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.61521.0716883
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 93 -
Rwork0.335 1707 -
obs--94.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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