PDB-5lid: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lid

タイトル

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromopromazine

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ligand-gated ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya chrysanthemi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Nys, M. / Wijckmans, E. / Farinha, A. / Brams, M. / Spurny, R. / Ulens, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Allosteric binding site in a Cys-loop receptor ligand-binding domain unveiled in the crystal structure of ELIC in complex with chlorpromazine.
著者: Nys, M. / Wijckmans, E. / Farinha, A. / Yoluk, O. / Andersson, M. / Brams, M. / Spurny, R. / Peigneur, S. / Tytgat, J. / Lindahl, E. / Ulens, C.

履歴

登録	2016年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lid.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lid.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lg3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hew-2 2yks-2 3uq5-1 5hej-2 5hew-1 2yks-1 3uq5-2 3uq4-1 3rqw-2 5heu-2 4twd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

F: Cys-loop ligand-gated ion channel

G: Cys-loop ligand-gated ion channel

H: Cys-loop ligand-gated ion channel

I: Cys-loop ligand-gated ion channel

J: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

361 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Cys-loop ligand-gated ion channel

G: Cys-loop ligand-gated ion channel

H: Cys-loop ligand-gated ion channel

I: Cys-loop ligand-gated ion channel

J: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.720, 267.910, 111.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cys-loop ligand-gated ion channel / ELIC 分子量: 35383.367 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7
#2: 化合物	ChemComp-6XY / bromopromazine 分子量: 363.315 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉BrN₂S

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 9-12 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91983 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91983 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→49.54 Å / Num. obs: 69231 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.4 % / R_merge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 11.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 4.5→49.537 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	3426	4.95 %
R_work	0.2125	-	-
obs	0.2148	69231	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.5→49.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25050	0	20	0	25070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	25730
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.219	35070
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.642	9230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.5-4.5642	0.2466	143	0.2395	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5642-4.6323	0.285	144	0.2206	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6323-4.7047	0.262	140	0.217	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7047-4.7817	0.2553	147	0.2052	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7817-4.8641	0.2537	142	0.203	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8641-4.9525	0.2245	141	0.1975	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9525-5.0476	0.2376	148	0.2019	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0476-5.1506	0.2346	142	0.188	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1506-5.2624	0.2189	146	0.1881	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2624-5.3847	0.2575	141	0.1903	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3847-5.5192	0.2291	144	0.1919	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5192-5.6682	0.2351	141	0.2056	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6682-5.8348	0.2569	147	0.202	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8348-6.0228	0.2869	141	0.2058	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0228-6.2377	0.2505	142	0.2162	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2377-6.4869	0.3174	143	0.2265	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4869-6.7814	0.3409	143	0.2436	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7814-7.138	0.2796	140	0.2256	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
7.138-7.5837	0.2868	148	0.2129	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5837-8.1669	0.2324	140	0.1972	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1669-8.9843	0.2513	142	0.171	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9843-10.2743	0.1688	143	0.1512	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
10.2743-12.9065	0.2204	138	0.186	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
12.9065-49.5404	0.3335	140	0.3077	2709	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'd' and resid ' 1 ' and name 'BR ' and altloc ' '

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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