+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ktd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FdhC with bound products: Coenzyme A and dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-d-glucose | ||||||
要素 | FdhC | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GNAT / Sugar / O-antigen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter nosocomialis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Salinger, A.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Structural and Functional Investigation of FdhC from Acinetobacter nosocomialis: A Sugar N-Acyltransferase Belonging to the GNAT Superfamily. 著者: Salinger, A.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ktd.cif.gz | 62.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ktd.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ktd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/5ktd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/5ktd | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22321.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter nosocomialis (バクテリア) 遺伝子: fdhC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5RDR9 |
---|
-非ポリマー , 5種, 106分子
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / |
---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-QUH / [[( |
#4: 化合物 | ChemComp-COA / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 5 詳細: 30% monomethylether poly(ethylene glycol) 5000, 200 mM LiCl, and 100 mM Homo-PIPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 17505 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 29.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 21.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5kta 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 4.733 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.168 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|