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- PDB-5kdb: The crystal structure of 4-isopropylbenzoate-bound CYP199A4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kdb
タイトルThe crystal structure of 4-isopropylbenzoate-bound CYP199A4
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / Substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-propan-2-ylbenzoic acid / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.644 Å
データ登録者Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP140103229 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of 4-isopropylbenzoate-bound CYP199A4
著者: Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32026年8月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order
解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7154
ポリマ－42,8991
非ポリマー8163
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.313, 51.453, 79.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 42898.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2) (光合成細菌)
株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-4IA / 4-propan-2-ylbenzoic acid


分子量: 164.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 % / 解説: Rectangular plates, good thickness.
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Magnesium acetate PEG 3350 - 23% w/v 0.1M Bis-Tris, pH 5.5
PH範囲: 5.25 - 6 / Temp details: 16 degrees C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→44.29 Å / Num. obs: 43487 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 13.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.64-1.676.80.81192.3
9-44.296.70.032199.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB: 4DO1

4do1


解像度: 1.644→43.154 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.65
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1863 1998 4.6 %Randomly selected.
Rwork0.1466 ---
obs0.1484 43470 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.57 Å2 / Biso mean: 18.1195 Å2 / Biso min: 5.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.644→43.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3021 0 97 483 3601
Biso mean--10.55 31.46 -
残基数----393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3514324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8011165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6435-1.68460.24971270.21562832295997
1.6846-1.73020.26631520.200729493101100
1.7302-1.78110.22831340.176429673101100
1.7811-1.83860.21161470.176229593106100
1.8386-1.90430.19011430.164529253068100
1.9043-1.98060.2021470.162929723119100
1.9806-2.07070.22991370.152329553092100
2.0707-2.17990.17761460.14529523098100
2.1799-2.31640.16641410.134329833124100
2.3164-2.49530.1961420.132529713113100
2.4953-2.74630.16111380.141629593097100
2.7463-3.14360.19091440.147529873131100
3.1436-3.96020.16091500.127429933143100
3.9602-43.16860.17321500.134730683218100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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