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万見
- PDB-5k75: IRAK4 in complex with Compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k75
タイトルIRAK4 in complex with Compound 1
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Inhibitor / Kinase / Protein tyrosine kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MyD88 dependent cascade initiated on endosome / IRAK4 deficiency (TLR5) / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity ...MyD88 dependent cascade initiated on endosome / IRAK4 deficiency (TLR5) / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor signaling pathway / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6QX / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery and Optimization of Pyrrolopyrimidine Inhibitors of Interleukin-1 Receptor Associated Kinase 4 (IRAK4) for the Treatment of Mutant MYD88L265P Diffuse Large B-Cell Lymphoma.
著者: Scott, J.S. / Degorce, S.L. / Anjum, R. / Culshaw, J. / Davies, R.D.M. / Davies, N.L. / Dillman, K.S. / Dowling, J.E. / Drew, L. / Ferguson, A.D. / Groombridge, S.D. / Halsall, C.T. / Hudson, ...著者: Scott, J.S. / Degorce, S.L. / Anjum, R. / Culshaw, J. / Davies, R.D.M. / Davies, N.L. / Dillman, K.S. / Dowling, J.E. / Drew, L. / Ferguson, A.D. / Groombridge, S.D. / Halsall, C.T. / Hudson, J.A. / Lamont, S. / Lindsay, N.A. / Marden, S.K. / Mayo, M.F. / Pease, J.E. / Perkins, D.R. / Pink, J.H. / Robb, G.R. / Rosen, A. / Shen, M. / McWhirter, C. / Wu, D.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,44315
ポリマ－135,5054
非ポリマー1,93811
水7,314406
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1932
ポリマ－33,8761
非ポリマー3161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4815
ポリマ－33,8761
非ポリマー6054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3854
ポリマ－33,8761
非ポリマー5093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3854
ポリマ－33,8761
非ポリマー5093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.870, 141.620, 88.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 33876.215 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 160-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-6QX / ~{N}1-(7,8-dihydro-6~{H}-cyclopenta[2,3]thieno[2,4-~{c}]pyrimidin-1-yl)-~{N}4,~{N}4-dimethyl-cyclohexane-1,4-diamine


分子量: 316.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H24N4S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→58.86 Å / Num. obs: 89974 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 49.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.03-2.144.90.699189.3
6.42-45.184.50.022199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.11.7精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NRU

2nru


解像度: 2.03→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.167
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4487 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.24 89818 97 %-
原子変位パラメータBiso max: 168.3 Å2 / Biso mean: 64.42 Å2 / Biso min: 27.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.912 Å20 Å2-6.2256 Å2
2--6.9101 Å20 Å2
3----2.9981 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8844 0 123 409 9376
Biso mean--63.92 52.81 -
残基数----1115
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3261SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes268HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1281HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9166HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1187SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11006SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9166HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12384HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.3
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 270 5.02 %
Rwork0.264 5104 -
all-5374 -
obs--78.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39560.5364-0.73562.0935-0.2583.8768-0.14340.59020.1204-0.31590.218-0.0884-0.34880.0559-0.0746-0.2968-0.10050.0192-0.24770.0232-0.408338.138716.4716-5.8286
23.50330.6752-0.92282.2647-0.39972.2148-0.0097-0.1675-0.26280.17030.00320.09460.1095-0.44820.0065-0.3544-0.03490.0157-0.28320.0628-0.32434.5132-16.000638.6045
32.31770.0689-0.21912.1258-0.13611.683-0.09150.3123-0.3904-0.2195-0.0199-0.18490.15110.09160.1114-0.29940.00620.0491-0.363-0.0898-0.225334.2295-15.33910.3441
41.5662-0.11830.13961.42720.30083.2918-0.0327-0.16440.0460.13060.06750.1023-0.4351-0.3486-0.0348-0.20320.07420.0245-0.3764-0.0206-0.302219.123816.029130.5786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A164 - 458
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B163 - 458
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C164 - 458
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D164 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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