PDB-5k3m: Crystal structure of Retinoic acid receptor-related orphan recept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k3m

タイトル

Crystal structure of Retinoic acid receptor-related orphan receptor (ROR) gamma ligand binding domain complex with UUA

要素

Nuclear receptor ROR-gamma

キーワード

PROTEIN BINDING / double helix

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.894 Å

Model details

ROR gamma ligand binding domain complex with 444

データ登録者

Huang, P. / Rastinejad, F.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Retinoic acid receptor-related orphan receptor (ROR) gamma ligand binding domain complex with UUA
著者: Lu, J. / Rastinejad, F.

履歴

登録	2016年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	5k38 5k3l 5k3n
類似構造データ	5k3l-2 5k3l-4 5k3l-3 6q7a-d 5k3l-1 5ntq-2 5k74-2 6x0p-2 6q6m-d 4wqp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclear receptor ROR-gamma

B: Nuclear receptor ROR-gamma

ヘテロ分子

58.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Nuclear receptor ROR-gamma

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nuclear receptor ROR-gamma

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.702, 89.702, 153.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma 分子量: 28721.289 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物	ChemComp-6Q5 / Ursolic acid / (3beta,5beta,18alpha,20beta)-3-hydroxyurs-12-en-28-oic acid / ウルソ-ル酸分子量: 456.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₈O₃

#1: タンパク質

Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...

分子量: 28721.289 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P51449

#2: 化合物

ChemComp-6Q5 / Ursolic acid / (3beta,5beta,18alpha,20beta)-3-hydroxyurs-12-en-28-oic acid / ウルソ-ル酸

分子量: 456.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₈O₃

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.4M Potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月17日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.11

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 15621 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Χ²: 1.39 / Net I/av σ(I): 20.13 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 84240

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.9-2.95	3.8	0.718	744	0.939	98.8
2.95-3	4.3	0.781	793	0.95	99.6
3-3.06	5.4	0.796	759	0.999	100
3.06-3.12	5.6	0.626	803	0.963	100
3.12-3.19	5.6	0.442	782	1.059	100
3.19-3.27	5.6	0.466	770	1.047	100
3.27-3.35	5.6	0.308	791	1.084	100
3.35-3.44	5.6	0.243	775	1.089	100
3.44-3.54	5.6	0.252	782	1.173	100
3.54-3.65	5.6	0.227	772	1.59	100
3.65-3.78	5.5	0.177	794	2.506	100
3.78-3.94	5.6	0.118	784	1.361	100
3.94-4.11	5.6	0.105	781	1.572	99.9
4.11-4.33	5.6	0.093	776	1.437	100
4.33-4.6	5.6	0.079	775	1.425	100
4.6-4.96	5.6	0.074	800	1.506	100
4.96-5.46	5.6	0.078	782	1.556	100
5.46-6.24	5.5	0.084	788	1.765	100
6.24-7.86	5.3	0.074	792	1.631	100
7.86-50	5.1	0.078	778	1.919	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ収集
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.894→34.67 Å / FOM work R set: 0.645 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 40.91 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	764	5.17 %
R_work	0.2654	13994	-
obs	0.2675	14791	94.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 281.64 Å² / B_iso mean: 129.25 Å² / B_iso min: 68.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.894→34.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3626	0	66	0	3692
B_iso mean	-	-	137.22	-	-
残基数	-	-	-	-	444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3770
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	5096
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.861	1444

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8971-3.1206	0.364	143	0.3766	2624	2767	85
3.1206-3.4343	0.3989	157	0.3938	2762	2919	89
3.4343-3.9304	0.3653	151	0.3507	2761	2912	89
3.9304-4.9486	0.3284	153	0.2784	2903	3056	93
4.9486-30.9609	0.2338	160	0.1959	2944	3104	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4709	0.2585	-7.9254	6.7556	3.2661	3.5364	-1.7047	0.0181	-1.8418	0.9515	-0.4808	0.2957	0.4746	0.3374	1.9753	1.3803	-0.1168	-0.1767	0.8479	0.2181	1.1312	-37.0684	21.7169	15.1437
2	3.0309	-0.5287	1.8291	2.8368	1.0324	-0.6875	-0.5779	-0.1222	-1.0944	-0.9314	0.1698	0.1012	0.2658	0.2582	0.3735	1.6172	0.3106	0.0185	1.0788	-0.113	1.0004	-5.9751	17.5002	5.9206
3	5.3694	-0.5747	-0.5272	3.0198	1.6926	0.4596	0.2981	0.5925	-1.3077	-0.117	-0.4471	-0.3309	0.4833	0.971	-0.0363	1.9596	0.2173	-0.2733	1.3859	-0.0133	0.6911	-17.7275	26.7752	-2.1565
4	7.8731	-2.0725	3.1508	2.6331	2.1263	5.2919	1.4709	-1.7985	1.1813	0.5885	-1.941	2.5762	0.5793	-1.5265	0.646	1.3488	-0.324	0.1181	2.1953	-0.7831	1.2877	-39.8485	32.2352	1.4181
5	4.6179	-2.3901	2.9851	5.2913	1.5787	4.8715	0.4032	0.4407	-0.3068	-0.2943	0.1645	-0.5071	0.3915	0.5652	-0.6184	0.9967	-0.3056	0.0894	1.2361	-0.0609	0.778	-15.9781	27.3225	7.6157
6	0.8701	-0.5247	-2.4516	1.435	-2.1546	7.5763	0.1097	0.2247	0.5545	-0.0345	0.2114	-0.6314	1.2748	1.8547	-0.731	0.8331	0.0661	-0.211	1.542	0.0007	1.3778	-6.3603	32.4046	9.2785
7	6.3216	3.0673	2.2001	2.1074	1.1308	4.02	0.0375	-0.1986	0.1326	0.0765	-0.1063	0.2107	-0.4312	0.322	0.0917	0.8534	-0.1216	0.062	0.9436	-0.0635	0.8655	-31.0345	32.9086	16.6834
8	4.1371	-0.7128	-3.9429	1.6339	-0.1308	2.3784	0.6175	-0.5063	0.1244	-0.1153	-0.6087	0.4001	-0.6734	-0.1544	0.0688	0.8585	-0.2184	-0.2853	1.1783	0.0861	1.2436	-15.474	39.7318	2.8988
9	4.4201	-3.7635	6.8347	5.1792	-4.3834	8.0821	-0.3529	-0.1342	1.6738	-0.3846	-0.2249	-0.5109	-0.7228	0.8006	0.5395	1.3101	-0.5289	0.2922	0.9365	-0.1534	1.4336	-34.9744	20.5728	-14.274
10	2.0023	-6.2019	-3.9591	9.4449	2.6718	8.7891	-0.4717	1.6221	0.172	0.3421	0.4665	-0.6021	0.2283	0.7618	0.047	1.1025	-0.2701	-0.2039	1.442	0.002	1.0323	-18.5668	5.2422	-10.2803
11	8.8758	4.8431	-4.1561	2.7902	-3.0534	2.5091	-0.3287	0.1442	-0.1734	1.5394	0.646	-0.6435	-1.2497	0.0988	-0.4415	1.1977	0.1733	-0.0619	1.4189	-0.1491	0.9777	-16.9777	-13.7624	-1.6882
12	6.8679	-1.0363	0.4635	2.6824	0.1417	6.0556	-0.1235	-0.7582	-0.213	1.7763	-1.0859	-0.3492	0.4298	1.4457	0.9884	1.2215	-0.1097	0.2362	1.4303	0.0246	0.7341	-30.422	0.447	3.4066
13	5.9979	-2.5019	-1.0392	7.1007	4.5976	2.331	-0.4351	-0.1978	0.3113	-0.0142	0.0158	0.2891	-0.3905	-0.0889	0.4283	1.7001	-0.1477	-0.2285	0.8448	0.0649	0.6029	-40.152	9.893	-3.076
14	7.4914	-4.6774	0.3335	4.6665	-5.0304	5.151	0.5115	0.8693	-0.2717	0.3514	-0.2155	0.3791	-0.355	1.031	-0.3518	1.2638	0.0284	-0.0116	1.008	-0.1899	0.8165	-27.3616	-8.7923	-9.7067
15	6.1425	-0.0738	-1.8527	0.3415	-1.6495	8.6754	0.3665	0.0995	-0.4324	-0.2788	-0.4227	0.3852	-0.2797	-0.5979	0.0248	1.2883	-0.03	-0.0909	0.4736	-0.1039	0.8565	-43.7421	12.2025	-13.4957
16	2.7535	-2.7077	-0.5251	6.6254	-2.9323	8.4691	-0.0841	0.6603	-1.3833	-0.3048	-0.2334	0.5878	-0.5439	0.2819	0.328	0.959	-0.2089	-0.0775	0.8734	-0.2244	1.053	-40.7666	-2.6043	-10.2675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 265 through 284 )	A	265 - 284
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 285 through 312 )	A	285 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 313 through 337 )	A	313 - 337
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 338 through 347 )	A	338 - 347
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 348 through 385 )	A	348 - 385
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 386 through 408 )	A	386 - 408
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 409 through 468 )	A	409 - 468
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 469 through 486 )	A	469 - 486
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 265 through 284 )	B	265 - 284
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 285 through 296 )	B	285 - 296
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 297 through 312 )	B	297 - 312
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 313 through 336 )	B	313 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 337 through 368 )	B	337 - 368
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 369 through 410 )	B	369 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 411 through 457 )	B	411 - 457
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 458 through 486 )	B	458 - 486

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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