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- PDB-5jj5: Crystal structure of iron uptake ABC transporter substrate-bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jj5
タイトルCrystal structure of iron uptake ABC transporter substrate-binding protein PiaA from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to hydroxymate siderophore ferrioxamine E and iron(III)
要素ABC transporter substrate-binding protein-iron transport
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / ALPHA AND BETA PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TYPE III FOLD / IRON TRANSPORT / IRON UPTAKE / HYDROXYMATE SIDEROPHORE / FERRIOXAMINE E / PUTATIVE MEMBRANE-ANCHORED LIPOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6L0 / : / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kurdritska, M. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of iron uptake ABC transporter substrate-binding protein PiaA from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to hydroxymate siderophore ferrioxamine E and iron(III)
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate-binding protein-iron transport
B: ABC transporter substrate-binding protein-iron transport
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,36611
ポリマ－67,6532
非ポリマー1,7139
水9,782543
1
A: ABC transporter substrate-binding protein-iron transport
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7016
ポリマ－33,8261
非ポリマー8745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC transporter substrate-binding protein-iron transport
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6655
ポリマ－33,8261
非ポリマー8394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.809, 73.844, 87.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ABC transporter substrate-binding protein-iron transport / Iron ABC transporter substrate-binding protein / Iron compound ABC uptake transporter substrate- ...Iron ABC transporter substrate-binding protein / Iron compound ABC uptake transporter substrate-binding protein PiaA


分子量: 33826.449 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 35-341 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: yhfQ, yhfQ_1, yhfQ_2, yhfQ_3 / プラスミド: p15Tv lic 298255319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A062WLD9

-
非ポリマー , 5種, 552分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-6L0 / (8E)-6,17,28-trihydroxy-1,6,12,17,23,28-hexaazacyclotritriacont-8-ene-2,5,13,16,24,27-hexone


分子量: 598.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N6O9
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Jeffamine ED-2001 pH 7.0 30%, HEPES 0.1M pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 39761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.17
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H59

4h59


解像度: 2.3→29.24 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 2468 4.98 %RANDOM
Rwork0.1455 ---
obs0.148 36164 63.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4738 0 111 543 5392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6166625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3571841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2967-2.34090.2549440.1861890X-RAY DIFFRACTION22
2.3409-2.38860.2164680.17761283X-RAY DIFFRACTION31
2.3886-2.44060.2398810.20241531X-RAY DIFFRACTION37
2.4406-2.49730.274870.19711704X-RAY DIFFRACTION41
2.4973-2.55970.2161960.20671778X-RAY DIFFRACTION44
2.5597-2.62890.24191000.21081900X-RAY DIFFRACTION46
2.6289-2.70620.25821070.20852035X-RAY DIFFRACTION50
2.7062-2.79350.25161100.20922091X-RAY DIFFRACTION51
2.7935-2.89320.22961180.19472154X-RAY DIFFRACTION52
2.8932-3.0090.24081220.18712361X-RAY DIFFRACTION57
3.009-3.14580.26651300.17242748X-RAY DIFFRACTION67
3.1458-3.31140.20211720.15363238X-RAY DIFFRACTION79
3.3114-3.51850.17651920.1433591X-RAY DIFFRACTION87
3.5185-3.78970.18922090.12613746X-RAY DIFFRACTION92
3.7897-4.17010.17722010.10583910X-RAY DIFFRACTION95
4.1701-4.77120.15142070.10093967X-RAY DIFFRACTION96
4.7712-6.00270.15662180.12924056X-RAY DIFFRACTION99
6.0027-29.24190.20462060.14964088X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.01876.27147.29137.93775.75519.3327-0.1044-0.5970.68450.5269-0.30080.1343-0.6492-0.41290.33350.57750.0824-0.04550.3049-0.01270.2087-5.96853.7793.269
22.6265-0.55530.39761.51230.00224.2108-0.0613-0.1943-0.04410.41310.0896-0.17170.15870.2304-0.01860.3307-0.0062-0.06690.1359-0.01590.1273-0.0436-7.3175-10.208
31.8520.3781-0.34113.0462-0.16317.08170.0828-0.02330.24990.45630.044-0.1258-0.70530.1684-0.10590.23970.01050.00880.0867-0.01750.2513-3.288910.9078-19.8526
43.4853-0.30021.29393.40450.62573.45820.19480.2207-0.16-0.1161-0.22590.25880.1012-0.27370.00950.13030.0197-0.00150.18210.01540.1507-12.4652-2.3228-33.9792
57.18131.06062.8846.8982-0.38867.8619-0.0407-0.25-0.5760.0897-0.04130.44850.5983-0.4109-0.02480.1899-0.01210.06830.0878-0.01630.2222-2.8187-49.0339-22.9601
62.1671-0.07480.17682.857-0.54442.65460.0767-0.18780.03010.3565-0.07050.0822-0.0738-0.05130.00680.1392-0.03570.02580.1214-0.03260.092-3.0796-31.9331-23.822
74.29372.906-3.2755.6938-3.42897.9868-0.24210.5103-0.2205-0.51870.0588-0.09330.1663-0.11910.0850.16180.0717-0.01010.1934-0.07930.16373.7086-36.3925-43.3122
85.19021.3524-0.48362.81770.16382.24990.1601-0.13770.0379-0.0718-0.1328-0.3725-0.13020.2531-0.00930.1459-0.00790.03710.18030.01780.150618.549-22.5513-37.0078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 34:56
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 57:159
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 160:205
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resi 206:341
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resi 38:56
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resi 57:159
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resi 160:205
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resi 206:341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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