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- PDB-5jab: Structure of the biliverdin reductase Rv2074 from Mycobacterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jab
タイトルStructure of the biliverdin reductase Rv2074 from Mycobacterium tuberculosis in complex with F420
要素Biliverdin reductase Rv2074
キーワードOXIDOREDUCTASE / biliverdin reductase / split beta-barrel fold / flavin/deazaflavin oxidoreductase / F420 binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; FMN電子受容体を用いる / coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / peptidoglycan-based cell wall / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
F420-binding domain, putative / : / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME F420-3 / F420H(2)-dependent biliverdin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ahmed, F.H. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Rv2074 is a novel F420 H2 -dependent biliverdin reductase in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ahmed, F.H. / Mohamed, A.E. / Carr, P.D. / Lee, B.M. / Condic-Jurkic, K. / O'Mara, M.L. / Jackson, C.J.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Biliverdin reductase Rv2074
B: Biliverdin reductase Rv2074
C: Biliverdin reductase Rv2074
D: Biliverdin reductase Rv2074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,02012
ポリマ－59,2674
非ポリマー3,7538
水11,782654
1
A: Biliverdin reductase Rv2074
B: Biliverdin reductase Rv2074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5106
ポリマ－29,6342
非ポリマー1,8764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
2
C: Biliverdin reductase Rv2074
D: Biliverdin reductase Rv2074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5106
ポリマ－29,6342
非ポリマー1,8764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.756, 88.620, 98.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLEULEUAA9 - 1349 - 134
21ARGARGLEULEUBB9 - 1349 - 134
12ARGARGLEULEUAA9 - 1349 - 134
22ARGARGLEULEUCC9 - 1349 - 134
13ALAALALEULEUAA2 - 1342 - 134
23ALAALALEULEUDD2 - 1342 - 134
14ARGARGASPASPBB9 - 1359 - 135
24ARGARGASPASPCC9 - 1359 - 135
15ARGARGLEULEUBB9 - 1349 - 134
25ARGARGLEULEUDD9 - 1349 - 134
16ARGARGLEULEUCC9 - 1349 - 134
26ARGARGLEULEUDD9 - 1349 - 134

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Biliverdin reductase Rv2074


分子量: 14816.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2074, MTCY49.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WLL7
#2: 化合物
ChemComp-6J4 / COENZYME F420-3


分子量: 902.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H43N6O21P
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 27% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1 M BisTris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→65.92 Å / Num. obs: 65830 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.65-1.686.71.261199.9
9.04-65.925.90.094198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ASF

2asf


解像度: 1.65→65.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.29 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 3266 5 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1801 62534 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.08 Å2 / Biso mean: 20.763 Å2 / Biso min: 7.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→65.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 252 654 4940
Biso mean--22.89 30.46 -
残基数----523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.024273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9622.0216078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.68239756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5565547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.05221.841201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34515708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1031564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.025044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0141.7792128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0071.7772127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9242.652662
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A73040.12
12B73040.12
21A74500.1
22C74500.1
31A77620.1
32D77620.1
41B75000.1
42C75000.1
51B74680.11
52D74680.11
61C74090.1
62D74090.1
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 223 -
Rwork0.295 4565 -
all-4788 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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