PDB-5if4: Discovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) inhibitors us...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5if4

タイトル

Discovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) inhibitors using Structure-Based Design

要素

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

キーワード

apoptosis/apoptosis inhibitor / Myeloid Cell Leukemia-1 / Bcl-2 / apoptosis / apoptosis-apoptosis inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / transmembrane protein transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.392 Å

データ登録者

Zhao, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Discovery and biological characterization of potent myeloid cell leukemia-1 inhibitors.
著者: Lee, T. / Bian, Z. / Zhao, B. / Hogdal, L.J. / Sensintaffar, J.L. / Goodwin, C.M. / Belmar, J. / Shaw, S. / Tarr, J.C. / Veerasamy, N. / Matulis, S.M. / Koss, B. / Fischer, M.A. / Arnold, A.L. ...

履歴

登録	2016年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5if4.cif.gz	141.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5if4.ent.gz	111.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5if4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5if4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5if4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iezC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hw3-8 4oq5-1 4hw3-7 6o4u-2 4oq5-6 6u65-1 6qzb-d 6qz5-d 6b4l-2 4oq5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.748, 87.842, 54.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT 分子量: 18036.445 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 172-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物	ChemComp-6AK / 4-{8-chloro-11-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-1-oxo-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-4,5-dihydro-1H-[1,4]diazepino[1,2-a]indol-2(3H)-yl}-1-methyl-1H-indole-6-carboxylic acid 分子量: 712.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₃₉Cl₂N₅O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris, Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.392→30 Å / Num. obs: 13659 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 14.55
反射シェル	解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.392→29.305 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 21.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2178	1365	10.01 %
R_work	0.156	-	-
obs	0.1622	13642	93.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.392→29.305 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2425	0	100	114	2639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2577
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	3489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.04	1495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3921-2.4776	0.2928	126	0.2074	1139	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4776-2.5767	0.2938	130	0.1927	1162	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5767-2.6939	0.2568	132	0.1885	1188	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6939-2.8358	0.2752	134	0.1808	1205	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8358-3.0133	0.2437	135	0.1758	1216	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0133-3.2457	0.2358	136	0.1601	1228	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2457-3.5718	0.2254	142	0.1577	1277	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5718-4.0875	0.1877	141	0.1363	1267	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0875-5.1453	0.1791	142	0.1291	1284	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1453-29.3076	0.1821	147	0.143	1311	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4376	1.3702	-0.7016	3.9983	-1.795	3.5504	0.047	0.3547	0.3006	-0.1902	0.1995	-0.053	-0.4984	-0.1422	-0.1189	0.3502	-0.0246	0.01	0.2887	0.0308	0.2633	2.0008	5.2744	2.6541
2	2.8729	-0.2881	-0.9722	8.7201	-0.6035	4.1514	0.0211	-0.3213	0.1263	-0.0351	0.0247	-0.8206	-0.1144	0.5933	0.0461	0.1752	-0.012	0.0139	0.3921	-0.0032	0.186	5.967	-2.5075	13.8499
3	7.3623	-1.8871	-0.5177	4.4776	0.3847	7.1239	-0.0073	0.7807	-0.8724	-1.1183	-0.6329	0.6325	0.7629	-0.0353	0.1992	0.6016	0.0482	-0.0017	0.4065	-0.083	0.3542	-2.8116	-16.0227	1.8682
4	1.6366	-0.8695	0.1038	4.1945	0.9705	2.1031	-0.0532	0.0317	-0.02	0.2826	-0.0035	0.153	0.5008	-0.1149	-0.0198	0.2035	-0.0494	-0.0141	0.1819	0.042	0.179	-1.3354	-6.8508	11.8902
5	2.8811	-1.6546	-0.236	6.3104	2.5464	4.3917	0.3114	0.6029	-0.0799	-0.3071	-0.6006	0.6293	-0.2409	-1.1741	0.2678	0.1693	0.0036	-0.0478	0.3456	0.056	0.2462	-7.3747	-0.3795	7.7377
6	4.592	3.0185	6.1906	5.352	3.5759	9.0397	0.0001	0.0511	0.9342	0.2483	-0.1305	0.0432	-1.0514	0.2065	0.3067	0.4805	-0.0798	0.097	0.2618	-0.0474	0.3694	-0.4415	12.0117	17.6314
7	4.0735	-0.3763	0.825	3.0341	-0.9319	2.6659	0.2307	0.3352	-1.1092	-0.465	-0.0857	0.9667	0.5645	-0.4337	-0.1666	0.3198	-0.0303	-0.0551	0.3456	-0.0228	0.456	-19.8332	-38.9739	11.0637
8	3.3071	-0.3408	0.0611	2.3368	-0.7785	4.6491	-0.1233	-0.3699	-0.097	0.7265	0.1555	0.6088	-0.1465	-0.4984	-0.0678	0.227	0.0386	0.0057	0.3783	0.0523	0.26	-22.6257	-27.8133	20.7397
9	8.6626	-0.5388	4.5275	3.631	-2.6536	9.384	-0.4348	0.5681	-0.04	-0.3896	-0.0267	-0.2491	-0.4922	0.4008	0.2346	0.3133	-0.0249	0.0155	0.1865	0.0255	0.3039	-13.3739	-19.5843	8.3291
10	4.4708	-3.2595	2.0479	4.2164	-2.932	5.177	0.186	0.1928	-0.1187	-0.1312	-0.1265	0.1001	0.0349	0.1235	0.0133	0.1237	-0.0358	-0.0035	0.088	-0.0113	0.2178	-14.743	-28.3361	14.5042
11	6.6558	0.3665	3.069	0.2454	0.333	1.5303	-0.1087	-0.3275	-1.2097	0.0818	0.091	0.429	0.9639	-0.7761	0.1827	0.315	-0.0765	0.0184	0.328	0.0845	0.4051	-16.0943	-41.7854	25.7553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 172 through 202 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 235 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 236 through 246 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 247 through 283 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 284 through 308 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 309 through 322 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 171 through 202 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 203 through 235 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 236 through 254 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 255 through 308 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 309 through 324 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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