PDB-5i3r: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an In...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i3r

タイトル

Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an Indazole inhibitor

要素

BMP-2-inducible protein kinase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Elkins, J.M. / Axtman, A. / Drewry, D. / Wells, C. / Zhang, C. / Zuercher, W. ...

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an Indazole inhibitor
著者: Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Elkins, J.M. / Gileadi, O. / Willson, T.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arruda, P.

履歴

登録	2016年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i3r.cif.gz	256.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i3r.ent.gz	208.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i3r_validation.pdf.gz	955.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i3r_full_validation.pdf.gz	959.2 KB	表示
XML形式データ	5i3r_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	5i3r_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i3oC 4w9wS 4w9x C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wsq-2 2g1n-2 6fer-4 3dbe-d 5i3o-1 3db6-d 5qcx-1 3oag-2 5u6b-4 4d89-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BMP-2-inducible protein kinase

B: BMP-2-inducible protein kinase

ヘテロ分子

69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BMP-2-inducible protein kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BMP-2-inducible protein kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.433, 78.433, 255.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

Monomer according to Gel filtration

#1: タンパク質	BMP-2-inducible protein kinase / BIKe 分子量: 34014.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2K, BIKE, HRIHFB2017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9NSY1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-IDK / N-[6-(3-{[(cyclopropylmethyl)sulfonyl]amino}phenyl)-1H-indazol-3-yl]cyclopropanecarboxamide 分子量: 410.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₄O₃S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 8000; 0.2 M Ammonium chloride; 10% Ethyleneglycol; 0.1M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→29.55 Å / Num. obs: 32194 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 52.9 Å² / Net I/σ(I): 9.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4W9W

4w9w

解像度: 2.4→21.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.305 / SU R_free Blow DPI: 0.221 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.218

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1550	4.83 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.188	32097	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.7631 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.7631 Å²	0 Å²
3-	-	-	17.5263 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→21.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4735	0	68	192	4995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4910	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	6669	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2278	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		124	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		737	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4910	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.26
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.9
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		641	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5590	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.48 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	146	5.06 %
R_work	0.212	2739	-
obs	-	-	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3367	1.7574	-0.1378	1.0144	0.1632	2.2256	0.0406	-0.0328	0.1113	0.113	0.0917	-0.329	-0.0832	0.3864	-0.1322	-0.0276	0.0598	-0.0275	0.2124	0.0473	-0.0946	17.0757	45.2341	31.4109
2	2.129	1.8373	-1.0779	1.9813	0.8648	4.2335	0.0182	-0.1216	-0.0644	0.0972	0.0192	-0.2534	0.1368	0.483	-0.0374	-0.1782	0.0204	-0.0572	0.1074	0.0268	-0.1683	15.6648	47.7552	29.0241
3	2.3259	0.3319	-0.2569	0.7858	-1.2905	3.5043	0.2049	-0.3297	0.4011	0.3175	-0.1285	0.045	-0.4711	0.3848	-0.0764	-0.0336	-0.0317	0.0409	0.0856	-0.0258	-0.0779	6.4587	54.5426	29.4174
4	1.0231	-0.1353	-0.9525	4.501	0.1059	0	-0.0319	0.0867	-0.1961	0.1197	0	-0.281	0.2149	0.0645	0.0318	-0.1259	0.152	-0.0368	0.1124	0.0162	-0.0435	14.4306	41.9003	8.366
5	1.7162	0.9489	0.5443	2.6427	0.4448	1.5825	0.0182	-0.0195	0.229	0.1796	0.0296	0.1506	-0.0249	-0.0758	-0.0478	-0.0533	0.0284	0.0006	0.0407	0.0294	-0.0429	1.2235	49.545	12.1232
6	0.8526	1.4777	-0.0268	2.4492	0.4215	0.4197	-0.0604	-0.2919	0.4683	0.134	-0.0381	0.2892	-0.2715	0.0885	0.0985	-0.0109	0.0479	-0.0175	-0.0625	-0.0346	0.0809	3.5505	69.6074	16.9951
7	2.1334	1.1644	0.1953	2.247	0.5097	1.6001	-0.2481	0.312	0.4235	-0.2381	0.095	0.3874	-0.2563	-0.0496	0.1532	-0.0842	0.0477	-0.0851	-0.0218	0.0903	-0.0403	0.418	57.7681	0.4319
8	2.5811	1.4527	-0.1911	1.0574	-1.3727	1.8655	-0.0617	0.2198	-0.3909	-0.4145	0.286	0.1304	0.2216	-0.4466	-0.2243	0.0044	-0.0701	-0.0811	-0.02	0.0671	-0.0877	25.5688	68.44	0.0669
9	1.8962	-0.7833	0.4903	0.7565	-1.2185	0	0.0127	-0.0409	0.1495	-0.1192	0.1748	0.1649	-0.1879	-0.1413	-0.1875	0.0917	0.1063	-0.0547	0.0021	0.082	-0.021	24.9644	85.8479	1.6193
10	0.4244	0.9168	-1.707	2.2277	0.8595	3.1527	-0.0124	0.312	0.1278	-0.174	0.1384	0.3473	-0.1286	-0.3153	-0.1261	0.0334	-0.0293	-0.037	-0.0001	0.0861	-0.0986	26.6674	77.476	0.2666
11	0.7312	-1.421	0.1274	0	2.6211	0.4812	-0.0114	-0.0499	-0.2495	-0.0372	0.0346	0.117	0.0181	-0.0862	-0.0232	0.0253	-0.0294	-0.0953	0.026	0.1032	-0.0948	27.8602	66.5903	22.7088
12	1.3676	-1.0059	2.4185	1.9349	-2.2428	3.532	-0.023	0.0772	0.0769	-0.1007	0.053	-0.1286	-0.5436	-0.1605	-0.0299	0.0591	0.037	0.0113	-0.0021	0.0469	-0.1378	32.3587	81.0763	19.1351
13	3.2531	-0.3924	0.6714	0.65	-1.5615	0	-0.0411	0.1077	0.2114	-0.13	-0.0419	0.0646	-0.2806	-0.2104	0.0831	0.1352	0.152	-0.0733	0.0855	0.106	-0.1769	17.3313	94.0676	12.7376
14	0.9983	1.3961	-0.2089	0	-0.8671	1.3118	-0.0532	0.0415	0.2526	-0.0295	0.0782	0.2559	-0.2944	-0.3152	-0.025	0.0996	0.152	-0.0265	-0.0349	0.0205	-0.0903	20.4409	89.0807	24.6535
15	2.5276	0.1464	0.1573	1.7455	-0.3488	3.3402	-0.0721	-0.33	0.3967	0.1603	0.0569	0.2618	-0.5442	-0.4394	0.0152	0.0822	0.0813	-0.0019	-0.0774	-0.0215	-0.154	29.065	87.3155	32.843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|42 - 62}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|63 - 85}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|86 - 131}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|132 - 151}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|152 - 196}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|197 - 224}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|225 - 343}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|42 - 85}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|86 - 102}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|103 - 131}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|132 - 151}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|152 - 196}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|197 - 224}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|225 - 261}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|262 - 343}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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