PDB-5hh4: Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-1 in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hh4

タイトル

Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-1 in complex with a phosphonate-based inhibitor

要素

Beta-lactamase IMP-1

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / carbapenamase / pyridine / phosphonate / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural and Kinetic Studies of the Potent Inhibition of Metallo-beta-lactamases by 6-Phosphonomethylpyridine-2-carboxylates.
著者: Hinchliffe, P. / Tanner, C.A. / Krismanich, A.P. / Labbe, G. / Goodfellow, V.J. / Marrone, L. / Desoky, A.Y. / Calvopina, K. / Whittle, E.E. / Zeng, F. / Avison, M.B. / Bols, N.C. / Siemann, ...

履歴

登録	2016年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hh4.cif.gz	369.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hh4.ent.gz	301.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5hh4_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hh4_full_validation.pdf.gz	481 KB	表示
XML形式データ	5hh4_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	5hh4_validation.cif.gz	57.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/5hh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/5hh4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hh5C 5hh6C 1ddkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jje-2 1wuo-1 6lvj-1 6s0h-1 6lvj-2 3td8-d 6qgo-1 6zys-2 5syn-2 3wxc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase IMP-1

B: Beta-lactamase IMP-1

C: Beta-lactamase IMP-1

D: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.943, 78.309, 260.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase IMP-1 / BLAIMP / Beta-lactamase type II / Penicillinase / Class B1 Metallo-beta-lactamase IMP-1 分子量: 25285.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 638分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-60M / 6-(phosphonomethyl)pyridine-2-carboxylic acid 分子量: 217.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈NO₅P
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.2 M sodium acetate, 25% PEG 8000. 1ul protein (25 mg/ml) mixed with 1ul reagent

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→67.12 Å / Num. obs: 68602 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DDK

1ddk

解像度: 2→58.158 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2057	3396	4.95 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.1733	68593	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→58.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6864	0	49	624	7537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7092
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	9623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.253	2564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0286	0.2526	152	0.2268	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0286-2.0589	0.2786	124	0.222	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0589-2.091	0.2685	152	0.2073	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.091-2.1253	0.2515	132	0.2067	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.162	0.215	135	0.1952	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.162-2.2013	0.2427	148	0.1978	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2013-2.2436	0.2937	143	0.1953	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2436-2.2894	0.2456	135	0.186	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3392	0.2301	129	0.1915	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3392-2.3936	0.2378	121	0.182	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3936-2.4535	0.2214	158	0.1807	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4535-2.5198	0.2483	146	0.1783	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.594	0.2274	128	0.1713	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.594-2.6777	0.2023	163	0.176	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6777-2.7734	0.2479	143	0.1769	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7734-2.8844	0.2147	145	0.1841	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8844-3.0157	0.2458	130	0.1832	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0157-3.1747	0.227	148	0.1796	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1747-3.3736	0.2104	156	0.1712	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3736-3.634	0.177	147	0.1665	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-3.9996	0.177	123	0.1547	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9996-4.5782	0.1649	139	0.1372	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5782-5.7672	0.1505	135	0.1428	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7672-58.1827	0.1783	164	0.1701	2904	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7146	2.3443	0.7202	4.3385	1.362	1.7409	-0.085	0.4174	0.058	-0.4242	0.0624	-0.0224	-0.1721	0.2043	0.0122	0.3396	-0.0707	0.0932	0.4398	-0.0656	0.3032	22.1495	-8.8575	-42.5673
2	1.2673	-0.2841	-0.2325	2.2334	-0.2137	2.0206	-0.0318	0.2227	-0.1186	-0.3598	0.0178	-0.0348	0.0456	-0.1221	0.0367	0.2272	0.0038	0.0012	0.1848	-0.0156	0.1866	15.8076	-8.9943	-37.162
3	2.8313	-0.0811	0.1607	1.0943	-0.0104	0.7772	-0.1555	0.2808	-0.295	-0.2405	0.1579	-0.1888	0.1604	0.1469	-0.0233	0.1682	0.0248	0.0201	0.191	-0.0529	0.2341	18.6511	-13.5088	-32.336
4	0.8272	-0.1288	0.0268	1.1617	-0.0183	1.326	0.0157	0.077	-0.003	-0.0647	-0.0484	-0.0045	-0.2169	-0.0528	0.0205	0.1796	0.0188	-0.0105	0.1252	0.0142	0.1883	10.7577	-3.4908	-27.2091
5	2.1988	0.1993	-0.0082	1.6844	0.3801	1.1862	-0.1331	0.2571	0.453	-0.2324	0.0489	-0.0825	-0.4061	-0.0199	0.0343	0.5026	0.068	-0.0541	0.1824	0.0802	0.2558	10.677	7.8457	-35.5056
6	3.2265	-0.2026	-0.5726	1.7231	-0.6748	1.4019	-0.0202	0.3184	0.3024	-0.2439	0.0016	0.2401	-0.2661	-0.2707	-0.1024	0.6534	0.2174	-0.1308	0.3671	0.1733	0.3581	2.6783	10.9801	-41.1256
7	1.8799	-0.7223	1.1834	1.2801	-0.5334	1.5891	-0.0592	-0.3101	0.0374	0.3977	-0.017	-0.1527	-0.0006	0.0317	0.0735	0.2972	0.037	-0.0172	0.3555	0.0121	0.2632	8.9053	-13.5476	13.3394
8	1.1101	0.3277	0.097	1.5523	0.0412	1.3431	0.0286	-0.1224	-0.024	0.2874	-0.105	0.0192	-0.2011	0.2085	0.0628	0.1767	0.0065	-0.0265	0.198	0.0044	0.1493	11.3147	-9.7457	6.3573
9	1.7553	0.8463	-0.23	1.0969	-0.4472	1.0054	-0.0507	-0.1446	-0.0841	0.166	-0.0181	0.0495	-0.1821	0.0156	0.0851	0.0632	0.0215	-0.0076	0.1572	0.0274	0.1832	9.9577	-14.7731	0.9985
10	0.7048	0.1879	-0.0036	1.1586	-0.0016	1.3604	-0.0315	-0.1121	0.2055	0.1878	0.0038	0.1002	-0.493	-0.0608	0.0281	0.2136	0.0212	-0.0463	0.1218	-0.0254	0.2474	11.2184	0.6519	-0.58
11	1.3517	0.5089	-0.1774	1.6996	0.1042	1.0267	-0.0944	-0.1674	0.2593	0.2072	-0.0519	-0.0977	-0.3467	0.0695	-0.0769	0.8125	-0.0317	-0.0738	0.3423	-0.2679	0.5234	15.6374	12.9805	12.3644
12	1.107	-0.3475	0.2289	1.6525	0.5566	1.4497	-0.027	-0.2617	-0.0138	0.2559	-0.0297	-0.0463	0.3612	0.0955	0.0585	0.5132	0.0205	-0.0474	0.2971	0.0376	0.2528	4.5016	-40.9715	-21.5728
13	1.03	-0.1482	-0.2722	1.6724	0.1282	0.7082	-0.0246	-0.1359	-0.1359	0.2418	-0.0316	-0.2384	0.5809	0.246	0.0378	0.3917	0.0586	-0.0118	0.2066	-0.0158	0.2476	6.9877	-44.3269	-31.2534
14	1.2617	-0.2882	-0.3471	1.127	0.1823	1.2794	0.057	0.1284	-0.0685	-0.0487	-0.0848	0.0292	0.3169	-0.2143	0.0154	0.2131	-0.0337	-0.0094	0.1945	-0.0375	0.1796	-2.1742	-35.3063	-37.4909
15	1.9767	-0.61	-0.0633	2.7183	-0.9768	1.4258	-0.0577	-0.0038	0.0157	0.1797	-0.0544	0.2257	0.2426	-0.3659	0.1116	0.2266	-0.0644	0.0361	0.3079	-0.073	0.2072	-11.4231	-32.018	-25.0645
16	0.8809	0.0148	0.3251	1.4083	0.6597	0.9466	0.1167	-0.1603	-0.0715	0.2417	0.098	0.1344	0.0889	-0.2614	-0.1271	0.5966	-0.1766	-0.0545	1.366	0.0288	0.3194	-5.8009	1.2217	-52.0884
17	1.1984	-0.1027	0.7048	1.9401	0.1103	1.9199	0.2965	-0.137	-0.3193	0.0765	-0.1901	0.0284	0.3868	0.074	-0.1377	0.4824	-0.2763	-0.1702	1.1362	0.1258	0.3062	-1.9458	-8.4839	-55.1632
18	0.3403	0.1034	0.1084	0.6255	0.0478	1.5253	0.0764	-0.1754	-0.0743	0.0279	-0.1479	0.1598	-0.0814	-0.57	-0.1225	0.4822	-0.2495	-0.0726	1.3601	0.1348	0.0532	-7.8838	0.5075	-60.7514
19	1.301	0.1712	0.4265	0.7433	0.0104	1.2198	0.2402	-0.2182	-0.1343	-0.0443	-0.2108	-0.0124	0.1944	-0.5468	0.0084	0.4102	-0.053	-0.0323	0.7077	0.1271	0.2541	2.3695	-1.9739	-68.6213
20	2.1232	-0.5222	-0.6424	1.5296	0.427	2.1936	-0.0537	-0.0539	0.0077	0.0802	-0.0761	-0.3745	0.0315	0.3257	0.109	0.2919	-0.1215	-0.0099	0.6453	0.127	0.3385	16.5353	-2.3911	-58.9245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 172 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 173 through 202 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 203 through 220 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 16 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 85 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 86 through 202 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 203 through 220 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 4 through 28 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 29 through 85 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 86 through 187 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 188 through 219 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 3 through 15 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 16 through 28 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 29 through 65 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 66 through 172 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 173 through 219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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