PDB-5hdp: Hydrolase StnA mutant - S185A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hdp

タイトル

Hydrolase StnA mutant - S185A

要素

Hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Chem-STM / Hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces flocculus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Qian, T.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of StnA for the Biosynthesis of Antitumor Drug Streptonigrin Reveals a Unique Substrate Binding Mode
著者: Qian, T. / Wo, J. / Zhang, Y. / Song, Q. / Feng, G. / Luo, R. / Lin, S. / Wu, G. / Chen, H.F.

履歴

登録	2016年1月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hdp.cif.gz	422.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hdp.ent.gz	347.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hdfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hdf-3 6zun-d 1dit-d 3rly-d 3o0d-1 3kkx-d 5hdf-2 3tmj-d 6t3m-d 5hdf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Hydrolase

A: Hydrolase

B: Hydrolase

C: Hydrolase

E: Hydrolase

F: Hydrolase

G: Hydrolase

ヘテロ分子

290 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Hydrolase

ヘテロ分子

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41.5 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Hydrolase

ヘテロ分子

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41.5 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Hydrolase

ヘテロ分子

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41.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.256, 92.847, 104.037
Angle α, β, γ (deg.)	115.06, 106.09, 97.69
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Hydrolase 分子量: 40983.809 Da / 分子数: 7 / 変異: S185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces flocculus (バクテリア) 遺伝子: stnA 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: L7PIJ2
#2: 化合物	ChemComp-STM / methyl 5-amino-6-(7-amino-6-methoxy-5,8-dioxo-5,8-dihydroquinolin-2-yl)-4-(2-hydroxy-3-methoxyphenyl)-3-methylpyridine-2-carboxylate 分子量: 490.465 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₂N₄O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Ammonium Citrate dibasic, 0.1 M Sodium citrate pH 5.0, 20% 2-propanol, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9818 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9818 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 57747 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 6.12
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HDF

5hdf

解像度: 2.9→46.072 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.871 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.823 / SU B: 23.518 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.51 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2976	2792	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24366	-	-	-
obs	0.24637	52120	95.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	-1.33 Å²	1.35 Å²
2-	-	0.45 Å²	-1.01 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→46.072 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16720	0	252	28	17000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	17413
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	15861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.966	23814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	36411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.471	5	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.988	23.818	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.994	15	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.198	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	20153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.54	5.075	8833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.54	5.075	8832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.159	7.609	11029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.159	7.609	11030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.648	5.277	8580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.647	5.277	8581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.37	7.812	12786
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.938	40.804	19627
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.938	40.804	19627
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.897→2.972 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	208	-
R_work	0.288	3544	-
obs	-	-	87.42 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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