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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h1t | ||||||
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タイトル | Complex structure of TRIM24 PHD-bromodomain and inhibitor 1 | ||||||
![]() | Transcription intermediary factor 1-alpha | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION INHIBITOR / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / calcium ion homeostasis / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Signaling by FGFR1 in disease / regulation of signal transduction by p53 class mediator / epithelial cell proliferation / male germ cell nucleus ...perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / calcium ion homeostasis / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Signaling by FGFR1 in disease / regulation of signal transduction by p53 class mediator / epithelial cell proliferation / male germ cell nucleus / nuclear receptor binding / protein catabolic process / lysine-acetylated histone binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / response to peptide hormone / negative regulation of epithelial cell proliferation / ubiquitin protein ligase activity / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / p53 binding / regulation of apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The polar warhead of a TRIM24 bromodomain inhibitor rearranges a water-mediated interaction network 著者: Liu, J. / Li, F. / Bao, H. / Jiang, Y. / Zhang, S. / Ma, R. / Gao, J. / Wu, J. / Ruan, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 303.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21231.316 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 824-1006 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' 参照: UniProt: O15164, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-7FF / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium, 2%(v/v) Polyethylene glycol 400, 2.0 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 52566 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/av σ(I): 15.147 / Net I/σ(I): 5.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3O33 解像度: 1.951→31.399 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 22.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.55 Å2 / Biso mean: 36.6442 Å2 / Biso min: 14.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.951→31.399 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.6662 Å / Origin y: -0.2955 Å / Origin z: 0.1867 Å
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精密化 TLSグループ |
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