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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gkw | ||||||
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タイトル | crystal structure of SZ529 complex with (R,R)-cyclopentanediol | ||||||
要素 | Limonene-1,2-epoxide hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mutant R / R-selectivity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus erythropolis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, L. / Sun, Z.T. / Reetz, M.T. / Zhou, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: crystal structure of SZ529 complex with (R,R)-cyclopentanediol 著者: Wu, L. / Sun, Z.T. / Reetz, M.T. / Zhou, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gkw.cif.gz | 123.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gkw.ent.gz | 96.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gkw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gkw_validation.pdf.gz | 458.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gkw_full_validation.pdf.gz | 464.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5gkw_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gkw_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gkw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5cf1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17319.320 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-149 / 変異: M32V/M78V/I80V/L114F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: limA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-6VV / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.4M sodium citrate, 0.1M Hepes pH 7.0 / PH範囲: 6.5-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.93911 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日 |
放射 | モノクロメーター: si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26234 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 1.4 / Net I/σ(I): 12.365 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CF1 解像度: 2.01→47.556 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→47.556 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.6343 Å / Origin y: 81.2832 Å / Origin z: 145.6554 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |