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- PDB-5fue: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with 3- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fue
タイトルCrystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with 3- benzamido-benzohydroxamate
要素HISTONE DEACETYLASE 8
キーワードHYDROLASE / PLATYHELMINTHS / INHIBITION / HISTONE / DEACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / heterochromatin formation / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLFORMAMIDE / : / 3-(benzoylamino)-N-oxobenzamide / histone deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Marek, M. / Romier, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of Novel Inhibitors Targeting Hdac8 from Schistosoma Mansoni for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Marek, M. / Melesina, J. / Hauser, A.T. / Shaik, T.B. / Duclaud, S. / Robaa, D. / Erdmann, F. / Schmidt, M. / Romier, C. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE DEACETYLASE 8
B: HISTONE DEACETYLASE 8
C: HISTONE DEACETYLASE 8
D: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,56534
ポリマ－201,7804
非ポリマー2,78630
水9,296516
1
A: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0277
ポリマ－50,4451
非ポリマー5826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0818
ポリマ－50,4451
非ポリマー6367
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,26510
ポリマ－50,4451
非ポリマー8209
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1929
ポリマ－50,4451
非ポリマー7478
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.955, 70.669, 98.656
Angle α, β, γ (deg.)77.99, 75.41, 85.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
HISTONE DEACETYLASE 8


分子量: 50444.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫)
プラスミド: PNEA-TH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5H660

-
非ポリマー , 6種, 546分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-UV4 / 3-(benzoylamino)-N-oxobenzamide


分子量: 254.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10N2O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE


分子量: 73.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE 21% (W/V) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07812
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 88530 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.88
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.199→42.145 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1957 4524 5.1 %
Rwork0.1476 --
obs0.1501 88494 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→42.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12946 0 167 516 13629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9818348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6894825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1992-2.22410.19551670.14952485X-RAY DIFFRACTION85
2.2241-2.25030.25381560.15192760X-RAY DIFFRACTION95
2.2503-2.27780.19831430.14672772X-RAY DIFFRACTION94
2.2778-2.30660.24591360.14752758X-RAY DIFFRACTION95
2.3066-2.33690.21211340.14472794X-RAY DIFFRACTION95
2.3369-2.36890.24221520.14612794X-RAY DIFFRACTION94
2.3689-2.40280.21711520.13972772X-RAY DIFFRACTION96
2.4028-2.43860.20541420.13972750X-RAY DIFFRACTION95
2.4386-2.47670.21791700.14832791X-RAY DIFFRACTION96
2.4767-2.51730.21181420.15642773X-RAY DIFFRACTION95
2.5173-2.56070.21981560.1572729X-RAY DIFFRACTION95
2.5607-2.60730.22481660.15192836X-RAY DIFFRACTION96
2.6073-2.65740.23371390.15172796X-RAY DIFFRACTION96
2.6574-2.71170.21851620.14862773X-RAY DIFFRACTION96
2.7117-2.77060.21061580.1462769X-RAY DIFFRACTION96
2.7706-2.83510.21561460.15042861X-RAY DIFFRACTION96
2.8351-2.9060.21451550.14692788X-RAY DIFFRACTION97
2.906-2.98450.22911430.15472806X-RAY DIFFRACTION97
2.9845-3.07230.20611320.15342865X-RAY DIFFRACTION97
3.0723-3.17140.20021490.15912821X-RAY DIFFRACTION98
3.1714-3.28470.1971530.15762839X-RAY DIFFRACTION97
3.2847-3.41620.20141260.15622869X-RAY DIFFRACTION97
3.4162-3.57160.1961800.15042836X-RAY DIFFRACTION98
3.5716-3.75980.18631610.15242834X-RAY DIFFRACTION98
3.7598-3.99520.17121470.13282846X-RAY DIFFRACTION98
3.9952-4.30340.16761410.13232852X-RAY DIFFRACTION98
4.3034-4.73590.1561410.12632881X-RAY DIFFRACTION98
4.7359-5.420.17641490.13972860X-RAY DIFFRACTION98
5.42-6.82390.17741740.16732831X-RAY DIFFRACTION98
6.8239-42.15270.16891520.1552829X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73830.0487-0.13520.3966-0.18780.5404-0.0156-0.084-0.03290.0118-0.0147-0.03270.01060.014-00.0937-0.0062-0.01110.13370.0050.104953.792225.356786.0988
20.703-0.25010.02180.3065-0.0090.4070.0142-0.02550.0243-0.0298-0.0249-0.0197-0.0153-0.007900.04-0.0025-0.00520.0703-0.00310.069388.945643.319670.3147
30.2937-0.0915-0.07850.8520.10860.4029-0.0293-0.0249-0.0311-0.09940.01350.0235-0.0247-0.02750.00010.10530.0022-0.00770.06920.00250.077544.49142.210641.0466
40.45150.1472-0.2790.75640.05530.6266-0.03870.0319-0.0627-0.07190.0115-0.0425-0.00340.0067-0.00010.1074-0.01180.01390.0734-0.00830.082965.05435.681725.3057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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