PDB-5fsk: MTH1 substrate recognition: Complex with 8-oxo-dGTP.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fsk

タイトル

MTH1 substrate recognition: Complex with 8-oxo-dGTP.

要素

7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / NUDT1

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Nissink, J.W.M. / Bista, M. / Breed, J. / Carter, N. / Embrey, K. / Read, J. / Phillips, C. / Winter, J.J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Mth1 Substrate Recognition--an Example of Specific Promiscuity.
著者: Nissink, J.W.M. / Bista, M. / Breed, J. / Carter, N. / Embrey, K. / Read, J. / Winter-Holt, J.J.

履歴

登録	2016年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references / Other / Refinement description
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fsk.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fsk.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/5fsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/5fsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fsiC 5fslC 5fsmC 5fsnC 5fsoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t42-d 5fsl-d 1syd-d 5anv-d 4yul-d 2rfl-4 6jvl-2 2duk-1 1sty-d 5anu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE

ヘテロ分子

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.495, 65.608, 36.348
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE / 2-HYDROXY-DATP DIPHOSPHATASE / 8-OXO-DGTPASE / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE-LINKED MOIETY X MOTIF 1 / ...2-HYDROXY-DATP DIPHOSPHATASE / 8-OXO-DGTPASE / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE-LINKED MOIETY X MOTIF 1 / NUDIX MOTIF 1 / MTH1 分子量: 18253.736 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-H6Y / 8-OXO-ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.75 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91742
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91742 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→60.5 Å / Num. obs: 21044 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.56→1.75 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称: BUSTER / バージョン: 2.11.6 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.56→44.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9482 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9275 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU R_free Blow DPI: 0.097 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.096
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2424	993	4.72 %	RANDOM
R_work	0.2038	-	-	-
obs	0.2055	21044	98.99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5228 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.0354 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5583 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→44.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1198	0	36	74	1308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	1313	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	1802	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		438	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		31	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		194	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1313	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.26
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.85
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		162	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1503	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.56→1.64 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	128	4.86 %
R_work	0.2186	2508	-
all	0.2198	2636	-
obs	-	-	98.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.3546 Å / Origin y: 19.3266 Å / Origin z: 9.4269 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0295 Å²	0.0119 Å²	-0.0061 Å²	-	-0.0167 Å²	0.007 Å²	-	-	-0.0413 Å²
L	1.1021 °²	0.4531 °²	0.1617 °²	-	1.2659 °²	-0.0791 °²	-	-	0.9445 °²
S	0.0449 Å °	0.0063 Å °	-0.0602 Å °	0.0425 Å °	0.0386 Å °	0.0063 Å °	-0.0355 Å °	-0.034 Å °	-0.0835 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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