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- PDB-5fg5: Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fg5
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex with PFI-4 chemical probe
要素Peregrin
キーワードTRANSCRIPTION / Peregrin / MOZ-MORF complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyltransferase activator activity / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II ...acetyltransferase activator activity / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BRPF1, PHD domain / Peregrin, ePHD domain / : / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. ...BRPF1, PHD domain / Peregrin, ePHD domain / : / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5XF / NITRATE ION / Peregrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Savitsky, P. / Chaikuad, A. / Fedorov, O. / Nunez-Alonso, G. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Savitsky, P. / Chaikuad, A. / Fedorov, O. / Nunez-Alonso, G. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Muller, S. / Brennan, P.E. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex with PFI-4 chemical probe
著者: Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Savitsky, P. / Chaikuad, A. / Fedorov, O. / Nunez-Alonso, G. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / ...著者: Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Savitsky, P. / Chaikuad, A. / Fedorov, O. / Nunez-Alonso, G. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brennan, P.E. / Bountra, C. / Muller, S. / Knapp, S.
履歴
登録2015年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peregrin
B: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2305
ポリマ－27,4072
非ポリマー8233
水4,540252
1
A: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0842
ポリマ－13,7041
非ポリマー3801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1463
ポリマ－13,7041
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.919, 68.141, 72.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Peregrin / Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 / Protein Br140


分子量: 13703.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRPF1, BR140 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55201
#2: 化合物 ChemComp-5XF / ~{N}-(1,3-dimethyl-2-oxidanylidene-6-pyrrolidin-1-yl-benzimidazol-5-yl)-2-methoxy-benzamide


分子量: 380.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N4O3
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG3350, 0.25 M sodium nitrate / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→28.88 Å / Num. all: 44788 / Num. obs: 44788 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.022 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LC2

4lc2


解像度: 1.5→28.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.813 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18614 2249 5 %RANDOM
Rwork0.1666 ---
obs0.16762 42539 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0 Å2-0.36 Å2
2---0.51 Å2-0 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 60 252 2163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8722.0212672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0683.0084351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2315228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70124.151106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.29915360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6011517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.303894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0571.3893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6511.9451116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6521.9481117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9711.6091082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.971.6091083
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1352.3081553
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.30612.2042660
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.30512.2062661
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.498→1.537 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 140 -
Rwork0.159 2799 -
obs--88.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0646-0.1672-0.06331.4464-0.04810.1864-0.0047-0.01960.0015-0.03660.0374-0.038-0.02710.0401-0.03280.0224-0.00790.02030.0158-0.01080.0194Chain A16.210828.600911.517
20.09520.1936-0.13341.0926-0.06720.31460.01590.02620.0096-0.00610.00910.0645-0.0247-0.0114-0.0250.00770.0116-0.00220.0315-0.01410.0146Chain B12.07725.8596-10.9996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B629 - 736
2X-RAY DIFFRACTION2B629 - 736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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