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- PDB-5fdx: Structure of DDR1 receptor tyrosine kinase in complex with D2164 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdx
タイトルStructure of DDR1 receptor tyrosine kinase in complex with D2164 inhibitor at 2.65 Angstroms resolution.
要素Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
キーワードTRANSFERASE / DDR1 Kinase / inhibitors / Structural Genomics / PSI-Biology / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell-matrix adhesion / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation ...smooth muscle cell-matrix adhesion / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / smooth muscle cell migration / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / collagen binding / lactation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / embryo implantation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein autophosphorylation / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5X1 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Bartual, S.G. / Pinkas, D.M. / Wang, Z. / Ding, K. / Mahajan, P. / Kupinska, K. / Mukhopadhyay, S. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. / Borkowska, O. ...Bartual, S.G. / Pinkas, D.M. / Wang, Z. / Ding, K. / Mahajan, P. / Kupinska, K. / Mukhopadhyay, S. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Talon, R. / Kopec, J. / Williams, E. / Tallant, C. / Chaikuad, A. / Sorell, F. / Newman, J. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of DDR1 receptor tyrosine kinase in complex with D2164 inhibitor at 2.65 Angstroms resolution.
著者: Bartual, S.G. / Ding, K. / Wang, Z. / Bullock, N.A.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
B: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,24312
ポリマ－76,5662
非ポリマー1,67810
水2,540141
1
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1627
ポリマ－38,2831
非ポリマー8796
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0825
ポリマ－38,2831
非ポリマー7994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.548, 120.340, 63.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Epithelial discoidin domain-containing receptor 1 / Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase ...Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase / Discoidin receptor tyrosine kinase / HGK2 / Mammary carcinoma kinase 10 / MCK-10 / Protein-tyrosine kinase 3A / Protein-tyrosine kinase RTK-6 / TRK E / Tyrosine kinase DDR / Tyrosine-protein kinase CAK / DDR1 receptor tyrosine kinase


分子量: 38282.805 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 601-913 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1, CAK, EDDR1, NEP, NTRK4, PTK3A, RTK6, TRKE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-5X1 / 3-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-~{N}-[(4~{R})-4-methyl-2-pyrimidin-5-yl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-7-yl]-5-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 524.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31F3N6O
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG3350 10% ethylene glycol 0.1M bis-tris-propane pH6.5 0.2M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92818 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→43.44 Å / Num. obs: 19393 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Rpim(I) all: 0.629 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CKR

4ckr


解像度: 2.65→43.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9196 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8647 / SU R Cruickshank DPI: 1.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.921 / SU Rfree Blow DPI: 0.344 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.352
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2734 961 4.96 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.198 19357 98.37 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.976 Å20 Å26.9601 Å2
2---1.7601 Å20 Å2
3---13.7361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.381 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→43.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4311 0 117 141 4569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014529HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.096127HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1541SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes655HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4529HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion565SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5034SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 141 5.01 %
Rwork0.2365 2675 -
all0.2386 2816 -
obs--98.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55960.1283-0.08422.3013-0.60782.0141-0.0869-0.02030.05920.01360.07210.0642-0.2374-0.28510.01480.12740.05340.0377-0.1625-0.0187-0.22591.7435-25.4277-23.7654
20.70920.20350.96221.86560.29683.50050.0816-0.1496-0.12530.0180.0337-0.14230.5275-0.0217-0.11540.15050.00260.0886-0.210.0297-0.280511.1351-40.50568.9469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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