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- PDB-5f6x: Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6x
タイトルCrystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 2 (mercaptobenzoxazole from cocktail screen)
要素SUMO-conjugating enzyme UBC9
キーワードLIGASE/LIGASE inhibitor / Ubc9 / Fragment drug design / sumoylation / LIGASE-LIGASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of SUMO transferase activity / SUMO conjugating enzyme activity / RING-like zinc finger domain binding / SUMO ligase complex / SUMOylation of nuclear envelope proteins / transferase complex / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / Vitamin D (calciferol) metabolism / mitotic nuclear membrane reassembly ...positive regulation of SUMO transferase activity / SUMO conjugating enzyme activity / RING-like zinc finger domain binding / SUMO ligase complex / SUMOylation of nuclear envelope proteins / transferase complex / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / Vitamin D (calciferol) metabolism / mitotic nuclear membrane reassembly / small protein activating enzyme binding / synaptonemal complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of immune response proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Maturation of nucleoprotein / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear export / SUMO transferase activity / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Maturation of nucleoprotein / transcription factor binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / nuclear pore / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / transcription coregulator binding / chromosome segregation / SUMOylation of intracellular receptors / protein modification process / PKR-mediated signaling / PML body / Formation of Incision Complex in GG-NER / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nuclear envelope / Processing of DNA double-strand break ends / ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of cell migration / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-chloranyl-3~{H}-1,3-benzoxazole-2-thione / SUMO-conjugating enzyme UBC9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Hewitt, W.M. / Zlotkowski, K. / Dahlhauser, S. / Saunders, L.B. / Needle, D. / Tropea, J.E. / Zhan, C. / Wei, G. / Ma, B. ...Lountos, G.T. / Hewitt, W.M. / Zlotkowski, K. / Dahlhauser, S. / Saunders, L.B. / Needle, D. / Tropea, J.E. / Zhan, C. / Wei, G. / Ma, B. / Nussinov, R. / Schneekloth, J.S.Jr. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Insights Into the Allosteric Inhibition of the SUMO E2 Enzyme Ubc9.
著者: Hewitt, W.M. / Lountos, G.T. / Zlotkowski, K. / Dahlhauser, S.D. / Saunders, L.B. / Needle, D. / Tropea, J.E. / Zhan, C. / Wei, G. / Ma, B. / Nussinov, R. / Waugh, D.S. / Schneekloth, J.S.
履歴
登録2015年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUMO-conjugating enzyme UBC9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9112
ポリマ－17,7251
非ポリマー1861
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.480, 35.558, 58.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SUMO-conjugating enzyme UBC9 / SUMO-protein ligase / Ubiquitin carrier protein 9 / Ubiquitin carrier protein I / Ubiquitin- ...SUMO-protein ligase / Ubiquitin carrier protein 9 / Ubiquitin carrier protein I / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 I / Ubiquitin-protein ligase I / p18


分子量: 17725.375 Da / 分子数: 1 / 変異: K48A,K49A,E54A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2I, UBC9, UBCE9 / プラスミド: pDN2405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P63279, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-5VM / 5-chloranyl-3~{H}-1,3-benzoxazole-2-thione / 5-クロロベンゾオキサゾ-ル-2-チオ-ル


分子量: 185.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4ClNOS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 27496 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0104精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U9B

1u9b


解像度: 1.56→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.224 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19314 1382 5 %RANDOM
Rwork0.17428 ---
obs0.17523 26103 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20.36 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.56→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1241 0 11 273 1525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9841877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8333.0012411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4835177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.74723.65163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.9215238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7611511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7151.5825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1591.5317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33321349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1563545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5854.5519
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.601 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 98 -
Rwork0.229 1818 -
obs--94.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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